#=GF ID   Ebp1_C
#=GF AC   PF21204.1
#=GF DE   Ell binding protein Ebp1, C-terminal
#=GF AU   Chuguransky S;0000-0002-0520-0736
#=GF SE   Wood V
#=GF GA   26.00 26.00;
#=GF TC   26.00 26.00;
#=GF NC   25.90 25.90;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -Z 75585367 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP   Domain
#=GF CL   CL0746
#=GF RN   [1]
#=GF RM   30102332
#=GF RT   Schizosaccharomyces pombe Pol II transcription elongation factor
#=GF RT   ELL functions as part of a rudimentary super elongation complex.
#=GF RA   Gopalan S, Gibbon DM, Banks CA, Zhang Y, Florens LA, Washburn
#=GF RA   MP, Dabas P, Sharma N, Seidel CW, Conaway RC, Conaway JW;
#=GF RL   Nucleic Acids Res. 2018;46:10095-10105.
#=GF DR   SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC   This is the conserved C-terminal domain of Ell binding protein 1
#=GF CC   (Ebp1) from S. pombe, which is distantly related to AFF family
#=GF CC   of proteins from metazoans. This domain is known as AFF4
#=GF CC   C-terminal homology domain (CHD) or C-terminal signature
#=GF CC   sequence (CSS) [1]. The function of ebp1 is not clear. It
#=GF CC   colocalizes with Ell1 and Eaf1, being part of the SEC-like
#=GF CC   complex that regulates Pol II transcription [1]. This domain has
#=GF CC   been found in several fungal fungal species, but not in S.
#=GF CC   cerevisiae [1].
#=GF SQ   139
#=GS C5GNM2_AJEDR/563-834      AC C5GNM2.1
#=GS A0A5N6D448_ASPPA/529-794  AC A0A5N6D448.1
#=GS A0A165AKX7_XYLHT/564-715  AC A0A165AKX7.1
#=GS D4AJ00_ARTBC/644-877      AC D4AJ00.1
#=GS F0UML7_AJEC8/593-823      AC F0UML7.1
#=GS A0A4S3JE09_9EURO/16-283   AC A0A4S3JE09.1
#=GS A0A1U7LP52_NEOID/251-537  AC A0A1U7LP52.1
#=GS A0A7R7VFU8_ASPCH/474-731  AC A0A7R7VFU8.1
#=GS A0A397G025_9EURO/536-804  AC A0A397G025.1
#=GS A0A1V6NZQ9_PENDC/479-745  AC A0A1V6NZQ9.1
#=GS A0A0F7TI95_PENBI/490-757  AC A0A0F7TI95.1
#=GS Q0C7W6_ASPTN/501-768      AC Q0C7W6.1
#=GS A1D3L3_NEOFI/521-761      AC A1D3L3.1
#=GS A0A1E3PEY8_9ASCO/626-862  AC A0A1E3PEY8.1
#=GS A0A1L9R735_ASPWE/534-803  AC A0A1L9R735.1
#=GS S8C0E8_DACHA/522-738      AC S8C0E8.1
#=GS A0A8E0V5U5_9EURO/536-775  AC A0A8E0V5U5.1
#=GS A0A317V333_9EURO/523-795  AC A0A317V333.1
#=GS Q4WJ08_ASPFU/533-772      AC Q4WJ08.1
#=GS A0A1L9X4C7_ASPA1/547-801  AC A0A1L9X4C7.1
#=GS A0A8H6P900_9EURO/535-775  AC A0A8H6P900.1
#=GS A0A1V6N5T4_PENPO/466-734  AC A0A1V6N5T4.1
#=GS A0A1Q5TUG8_9EURO/502-768  AC A0A1Q5TUG8.1
#=GS K9GH61_PEND2/466-734      AC K9GH61.1
#=GS A0A319BYE6_9EURO/494-755  AC A0A319BYE6.1
#=GS A0A401KEW0_ASPAW/531-795  AC A0A401KEW0.1
#=GS A0A5N6UKH4_9EURO/532-796  AC A0A5N6UKH4.1
#=GS A0A0U5GPF3_ASPCI/489-761  AC A0A0U5GPF3.1
#=GS A0A1V6XNR7_PENNA/472-734  AC A0A1V6XNR7.1
#=GS A0A8H7YJP9_9EURO/594-823  AC A0A8H7YJP9.1
#=GS C0NYG2_AJECG/593-823      AC C0NYG2.1
#=GS E4UZ14_ARTGP/599-870      AC E4UZ14.1
#=GS Q5B2X2_EMENI/530-795      AC Q5B2X2.1
#=GS A0A0A2L7B1_PENIT/482-731  AC A0A0A2L7B1.1
#=GS B6GYV0_PENRW/455-723      AC B6GYV0.1
#=GS A0A7H8R4Z4_9EURO/549-780  AC A0A7H8R4Z4.1
#=GS C1HCD7_PARBA/556-827      AC C1HCD7.1
#=GS E9CRY9_COCPS/535-695      AC E9CRY9.1
#=GS A0A0F8WZE8_9EURO/532-806  AC A0A0F8WZE8.1
#=GS A0A642V1H0_DIURU/167-375  AC A0A642V1H0.1
#=GS C1GLE0_PARBD/556-827      AC C1GLE0.1
#=GS A0A1V6R064_9EURO/471-731  AC A0A1V6R064.1
#=GS A0A4V5NHS8_9PEZI/627-875  AC A0A4V5NHS8.1
#=GS A0A2V5H5Q2_ASPV1/542-802  AC A0A2V5H5Q2.1
#=GS A0A319E2I8_ASPSB/493-756  AC A0A319E2I8.1
#=GS A0A3A2ZD92_9EURO/529-801  AC A0A3A2ZD92.1
#=GS A0A0N0RYC1_9EURO/466-733  AC A0A0N0RYC1.1
#=GS C5FRG8_ARTOC/589-860      AC C5FRG8.1
#=GS A0A318Z1K9_9EURO/541-758  AC A0A318Z1K9.1
#=GS A0A5N7BAG2_9EURO/527-790  AC A0A5N7BAG2.1
#=GS A0A178F6I8_TRIRU/595-828  AC A0A178F6I8.1
#=GS A0A0E1S0W2_COCIM/536-695  AC A0A0E1S0W2.1
#=GS A0A8H6R0V4_9EURO/534-774  AC A0A8H6R0V4.1
#=GS A0A100IDA3_ASPNG/532-795  AC A0A100IDA3.1
#=GS A0A0L1ISJ9_ASPNO/532-794  AC A0A0L1ISJ9.1
#=GS A0A2I1CA52_ASPN1/535-775  AC A0A2I1CA52.1
#=GS S9X4Z3_SCHCR/193-447      AC S9X4Z3.1
#=GS A0A0H1BR73_9EURO/563-836  AC A0A0H1BR73.1
#=GS G1X683_ARTOA/488-705      AC G1X683.1
#=GS A0A1V6PUJ6_9EURO/456-733  AC A0A1V6PUJ6.1
#=GS A0A8H7YPW6_AJECA/593-823  AC A0A8H7YPW6.1
#=GS A0A2B7Y6R9_9EURO/557-784  AC A0A2B7Y6R9.1
#=GS A0A1B7NM49_9EURO/565-837  AC A0A1B7NM49.1
#=GS A0A1L9TA34_9EURO/515-788  AC A0A1L9TA34.1
#=GS A0A0F4YTE4_TALEM/566-837  AC A0A0F4YTE4.1
#=GS A0A179UTE7_BLAGS/535-807  AC A0A179UTE7.1
#=GS Q2UBF7_ASPOR/528-794      AC Q2UBF7.1
#=GS A0A1R3RP01_ASPC5/531-765  AC A0A1R3RP01.1
#=GS A0A2I2FXJ2_9EURO/517-779  AC A0A2I2FXJ2.1
#=GS A0A2B7Z842_9EURO/563-834  AC A0A2B7Z842.1
#=GS A0A1J9QVW0_9EURO/563-834  AC A0A1J9QVW0.1
#=GS A0A8H4H1C6_9EURO/534-770  AC A0A8H4H1C6.1
#=GS A0A5N5WQE5_9EURO/530-796  AC A0A5N5WQE5.1
#=GS A0A395HSH6_ASPHC/484-742  AC A0A395HSH6.1
#=GS A0A2B7WPP7_9EURO/565-838  AC A0A2B7WPP7.1
#=GS A0A167CMV3_9ASCO/312-559  AC A0A167CMV3.1
#=GS A0A0U1LVV6_TALIS/510-783  AC A0A0U1LVV6.1
#=GS A0A1L9SAQ0_9EURO/536-808  AC A0A1L9SAQ0.1
#=GS A0A0A2IVG5_PENEN/476-734  AC A0A0A2IVG5.1
#=GS A0A1L9VZW7_ASPGL/471-723  AC A0A1L9VZW7.1
#=GS A0A1F5LWR3_9EURO/462-732  AC A0A1F5LWR3.1
#=GS A0A1E3QFB4_LIPST/267-510  AC A0A1E3QFB4.1
#=GS A0A397HSM9_9EURO/534-804  AC A0A397HSM9.1
#=GS A0A225AV70_9EURO/529-799  AC A0A225AV70.1
#=GS A0A059JF17_TRIIM/609-844  AC A0A059JF17.1
#=GS A0A5N6IJY9_9EURO/528-794  AC A0A5N6IJY9.1
#=GS A0A1E3BRN0_ASPCR/474-731  AC A0A1E3BRN0.1
#=GS A0A3N4LXB6_9PEZI/344-483  AC A0A3N4LXB6.1
#=GS A0A2G7FQC5_9EURO/529-794  AC A0A2G7FQC5.1
#=GS A0A1J9RBK8_9EURO/561-834  AC A0A1J9RBK8.1
#=GS A0A507QM24_MONPU/542-813  AC A0A507QM24.1
#=GS A0A395HAZ6_9EURO/477-712  AC A0A395HAZ6.1
#=GS G3XZV6_ASPNA/470-734      AC G3XZV6.1
#=GS A0A8H6A9Q2_ASPBU/529-793  AC A0A8H6A9Q2.1
#=GS A0A5N7CT39_9EURO/532-794  AC A0A5N7CT39.1
#=GS A0A5N6FGF7_PETAA/529-793  AC A0A5N6FGF7.1
#=GS A0A5N6ZS33_9EURO/538-797  AC A0A5N6ZS33.1
#=GS A0A0F0IFS4_ASPPU/529-794  AC A0A0F0IFS4.1
#=GS A0A1L9PY19_ASPVE/514-787  AC A0A1L9PY19.1
#=GS A0A5N6THA4_9EURO/520-758  AC A0A5N6THA4.1
#=GS A0A1E3QVP3_9ASCO/273-499  AC A0A1E3QVP3.1
#=GS A0A2I2FF12_ASPCN/541-805  AC A0A2I2FF12.1
#=GS A0A1Y2EU14_PROLT/129-363  AC A0A1Y2EU14.1
#=GS C6HQL9_AJECH/593-823      AC C6HQL9.1
#=GS A0A364KUF2_9EURO/540-804  AC A0A364KUF2.1
#=GS A0A436ZP80_9PEZI/492-715  AC A0A436ZP80.1
#=GS A0A3D8R570_9EURO/530-795  AC A0A3D8R570.1
#=GS A0A3M2T6I7_9EURO/529-772  AC A0A3M2T6I7.1
#=GS A0A5N6SHA1_ASPPS/531-796  AC A0A5N6SHA1.1
#=GS A1CQQ0_ASPCL/537-796      AC A1CQQ0.1
#=GS A0A1L9UMZ8_ASPBC/532-796  AC A0A1L9UMZ8.1
#=GS V5G8U6_BYSSN/523-786      AC V5G8U6.1
#=GS A0A317VX88_9EURO/489-749  AC A0A317VX88.1
#=GS K0KEK7_WICCF/261-483      AC K0KEK7.1
#=GS A0A5M3ZHI6_ASPTE/496-768  AC A0A5M3ZHI6.1
#=GS A0A1S9DRQ2_ASPOZ/528-794  AC A0A1S9DRQ2.1
#=GS A0A1F7ZR78_9EURO/531-795  AC A0A1F7ZR78.1
#=GS B6QHW1_TALMQ/539-806      AC B6QHW1.1
#=GS A0A443HTE6_BYSSP/518-782  AC A0A443HTE6.1
#=GS A0A5N6YRR7_9EURO/523-757  AC A0A5N6YRR7.1
#=GS A0A5N6E5N0_9EURO/528-794  AC A0A5N6E5N0.1
#=GS A0A2B7WKS2_9EURO/546-824  AC A0A2B7WKS2.1
#=GS A0A8J8W9B7_9EURO/513-786  AC A0A8J8W9B7.1
#=GS A0A3N4L2B9_9PEZI/523-792  AC A0A3N4L2B9.1
#=GS C4JPL3_UNCRE/518-665      AC C4JPL3.1
#=GS A0A1M3T9X9_ASPLC/532-746  AC A0A1M3T9X9.1
#=GS B6K1X5_SCHJY/235-488      AC B6K1X5.1
#=GS A0A3F3QI62_9EURO/531-795  AC A0A3F3QI62.1
#=GS A2QPR0_ASPNC/531-795      AC A2QPR0.1
#=GS Q6CHN6_YARLI/100-259      AC Q6CHN6.1
#=GS S7ZFI8_PENO1/506-777      AC S7ZFI8.1
#=GS A0A1V6SQV5_9EURO/457-722  AC A0A1V6SQV5.1
#=GS A0A101MKH1_9EURO/456-734  AC A0A101MKH1.1
#=GS YDHF_SCHPO/211-465        AC Q92360.1
#=GS A0A7R7XNF4_9EURO/494-766  AC A0A7R7XNF4.1
#=GS A0A017SRJ4_ASPRC/466-722  AC A0A017SRJ4.1
#=GS F2SU04_TRIRC/549-782      AC F2SU04.2
#=GS B8MIL5_TALSN/533-799      AC B8MIL5.1
#=GS A0A319D3J0_9EURO/530-801  AC A0A319D3J0.1
C5GNM2_AJEDR/563-834                 .........mntstpgsaekattkhspvtpsdnpqnkprdtaesrswqeesqkyfnigrelkrssqrypgph----------------........-----....----------...----...-...----...---.-.-..-.-......------...--.-------..-....-.........-..........A..........T..........D.........A..............D..............H....K.....LS..AA..IAVEAVLCFILAFILDDRHRTLNRRLGDSSTWLSIVPYW.K....MV..KGNMD.K-Y.PHLHALCS-LLGAVF.H.EII.HgLDLER.....LAM....Tal.psD....H.....S....P.A...P......T.....P....G....S....DGNT...V.....TS..E..E..S..K........KqqQH....RD.F..MDLRKRLVDSHREA....R....ALWLE....GSRK...LSEEVLTHQYPETW....S....K....--.........-.........-..-.........-.........-.........-.........--...........-----------------------rsmnfsergrekalvlgeysgeyflpldrtatpleairfgwvfltew...........................
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A0A165AKX7_XYLHT/564-715             ..alpekeksrtatkreplgtasetkrkegeiwrlenkkylelgrklkheadellkpqtgsgalevsaaklg----------------........-----....----------...----...-...----...---.-.-..-.-......------...--.-------..-....-.........-..........-..........-..........-.........-..............-..............-....-.....--..VV..LAVETILCYFVAFTAADQSRQMNRQSGEAQNWRSLLPFW.E....FV..EKKAR.RF-.PALQGLCLQI-GAVC.R.EIIhT.LDIER.....LH-....-.....-....-.....-....-.-...-......-.....-....-....-....----...-.....--..-..-..-..-........-..--....--.-..--------------....-....-----....----...--------------....-....-....--.........-.........-..-.........-.........-.........-.........--...........-----------------------ndpl......................................................................
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A0A4S3JE09_9EURO/16-283              ....................................................................svvk----------------........-NTVA....EAVATAKLSP...LQSS...G...QPTV...QRN.S.D..R.R......AWKDEY...QK.YGNLGRE..L....K.........H..........A..........A..........E.........Rh...........taKdtv.......tgadE....K.....LA..VA..TAIEAILCFILAFVADDQSKTLPSQAGDSSSWLSILAYW.R....VV..KKNS-.ISY.PHLHSLCSILGAVSY.D.AIH.S.LDLER.....LAI....T.....P....Lp..reNt..pA.Q...A......P.....L....S....D....ESSA...L.....I-..E..E..S..R........R..NR....KE.I..QELKNRLPEYYRES....Q....RLWLE....GLRG...LSEDVLAREFPSTW....S....KrsrnFS.........E.........Q..G.........R.........Q.........Q.........LKvgdf..sgeffLPLGRANSPVETVRFGYEVLKEW..........................................................................
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