#=GF ID MmeI_TRD
#=GF AC PF20466.2
#=GF DE MmeI, target recognition domain
#=GF AU Paysan-Lafosse T;0000-0001-5663-0894
#=GF SE MGnify-UniProt clustering
#=GF GA 27.00 27.00;
#=GF TC 27.00 27.00;
#=GF NC 26.90 26.90;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 75585367 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF RC Paper describing PDB structure 5hr4
#=GF RN [1]
#=GF RM 27082731
#=GF RT Structure of Type IIL Restriction-Modification Enzyme MmeI in
#=GF RT Complex with DNA Has Implications for Engineering New
#=GF RT Specificities.
#=GF RA Callahan SJ, Luyten YA, Gupta YK, Wilson GG, Roberts RJ, Morgan
#=GF RA RD, Aggarwal AK;
#=GF RL PLoS Biol. 2016;14:e1002442.
#=GF RN [2]
#=GF RM 18931376
#=GF RT MmeI: a minimal Type II restriction-modification system that
#=GF RT only modifies one DNA strand for host protection.
#=GF RA Morgan RD, Bhatia TK, Lovasco L, Davis TB;
#=GF RL Nucleic Acids Res. 2008;36:6558-6570.
#=GF RN [3]
#=GF RM 3016643
#=GF RT Isolation and computer-aided characterization of MmeI, a type II
#=GF RT restriction endonuclease from Methylophilus methylotrophus.
#=GF RA Boyd AC, Charles IG, Keyte JW, Brammar WJ;
#=GF RL Nucleic Acids Res. 1986;14:5255-5274.
#=GF RN [4]
#=GF RM 9858752
#=GF RT Two intertwined methylation activities of the MmeI
#=GF RT restriction-modification class-IIS system from Methylophilus
#=GF RT methylotrophus.
#=GF RA Tucholski J, Zmijewski JW, Podhajska AJ;
#=GF RL Gene. 1998;223:293-302.
#=GF DR INTERPRO; IPR046820;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC Type IIL Restriction-Modification Enzyme MmeI is a large enzyme
#=GF CC that integrates DNA recognition and methyltransferase and
#=GF CC endonuclease activities within the same polypeptide [2, 3, 4].
#=GF CC MmeI is composed of five domains. An N-terminal endonuclease
#=GF CC domain (residues 1-155), connects to a DNA-methyltransferase
#=GF CC domain (MTase, residues 301-320) via a multi-helical spacer
#=GF CC (residues 156-300). These are followed by the target
#=GF CC recognition domain (TRD, residues 621-825), and a final
#=GF CC C-terminal helical bundle (residues 826-919) [1]. The DNA is
#=GF CC embedded between the TRD and the MTase domain. The TRD makes
#=GF CC contacts to the DNA bases primarily in the major groove, while
#=GF CC the MTase domain makes several contacts to the DNA in the minor
#=GF CC groove [1]. This domain corresponds to the TRD. It consists of
#=GF CC two alpha/beta subdomains.
#=GF SQ 1258
#=GS A0A6I2M619_9RHOB/626-831 AC A0A6I2M619.1
#=GS A0A1G6EKC3_9HYPH/1009-1206 AC A0A1G6EKC3.1
#=GS A0A2V1ITJ4_9BACT/544-749 AC A0A2V1ITJ4.1
#=GS A0A494YYA6_9BACI/634-838 AC A0A494YYA6.1
#=GS A0A3A5MRP7_9MICO/638-837 AC A0A3A5MRP7.1
#=GS A0A5P8WAM3_9NOSO/37-244 AC A0A5P8WAM3.1
#=GS A0A4U1IVN8_9DELT/319-523 AC A0A4U1IVN8.1
#=GS A0A106BKN7_THIDE/642-848 AC A0A106BKN7.1
#=GS A0A2Z3IG87_9HYPH/724-929 AC A0A2Z3IG87.1
#=GS A0A7U6KNI9_9GAMM/125-165 AC A0A7U6KNI9.1
#=GS A1VX57_POLNA/787-927 AC A1VX57.1
#=GS S2VHC3_9ACTO/493-698 AC S2VHC3.1
#=GS A0A0A1PG93_9BACT/625-830 AC A0A0A1PG93.1
#=GS A0A1U7JBP4_9CYAN/608-806 AC A0A1U7JBP4.1
#=GS A0A6J4F8H8_9PROT/624-828 AC A0A6J4F8H8.1
#=GS A0A318T2L0_9HYPH/8-147 AC A0A318T2L0.1
#=GS A0A2X0V7P9_9GAMM/664-750 AC A0A2X0V7P9.1
#=GS A0A261F840_9BIFI/123-331 AC A0A261F840.1
#=GS A0A1M6P2C9_9FIRM/641-844 AC A0A1M6P2C9.1
#=GS A0A0L8ESW3_9BURK/1-21 AC A0A0L8ESW3.1
#=GS R7MQ55_9FIRM/1-97 AC R7MQ55.1
#=GS A0A6N9PZF7_9FIRM/639-843 AC A0A6N9PZF7.1
#=GS A0A1E5SZV8_9BACT/628-833 AC A0A1E5SZV8.1
#=GS W7SB10_9PSEU/1015-1202 AC W7SB10.1
#=GS A0A0T6UKD9_9PSED/628-832 AC A0A0T6UKD9.1
#=GS I4BJG4_MYCCN/702-833 AC I4BJG4.1
#=GS A0A196QUB9_9RHOB/621-824 AC A0A196QUB9.1
#=GS I3ZJA4_TERRK/943-1158 AC I3ZJA4.1
#=GS A0A4S4BGX5_9BACL/447-652 AC A0A4S4BGX5.1
#=GS A0A6N9H4B5_9MICO/606-810 AC A0A6N9H4B5.1
#=GS A0A0Q8KHE2_9HYPH/718-919 AC A0A0Q8KHE2.1
#=GS A0A7U7GDD5_9GAMM/722-838 AC A0A7U7GDD5.1
#=GS C8X715_NAKMY/1002-1214 AC C8X715.1
#=GS U1PZ82_9ACTO/1064-1279 AC U1PZ82.1
#=GS I9WHX2_9SPHN/822-961 AC I9WHX2.1
#=GS A0A177PN67_9HYPH/463-666 AC A0A177PN67.1
#=GS A0A4U0H689_9MICC/605-809 AC A0A4U0H689.1
#=GS A0A1H4F4N0_9SPHI/2-182 AC A0A1H4F4N0.1
#=GS A0A6I4TF32_9SPHN/764-885 AC A0A6I4TF32.1
#=GS A0A0N1BLT8_9PROT/624-828 AC A0A0N1BLT8.1
#=GS A0A5M3WE48_9ACTN/1024-1228 AC A0A5M3WE48.1
#=GS A0A1H7XPU7_9DELT/656-820 AC A0A1H7XPU7.1
#=GS A0A7U6QMR0_9GAMM/1-84 AC A0A7U6QMR0.1
#=GS A0A1R3UUD6_9ACTN/1069-1271 AC A0A1R3UUD6.1
#=GS A0A4R3HPK5_PAULE/640-845 AC A0A4R3HPK5.1
#=GS A0A8H9J2L3_9PSEU/1031-1221 AC A0A8H9J2L3.1
#=GS A0A076HS45_9BACT/619-823 AC A0A076HS45.1
#=GS A0A023X0P4_9ACTN/623-839 AC A0A023X0P4.1
#=GS A0A1T4V1H0_9GAMM/675-880 AC A0A1T4V1H0.1
#=GS A0A841I2X2_9DEIO/1009-1228 AC A0A841I2X2.1
#=GS A0A5C6RHM1_9BACT/629-833 AC A0A5C6RHM1.1
#=GS A0A143X918_9ACTN/637-842 AC A0A143X918.1
#=GS A0A368P6F5_9FLAO/895-1091 AC A0A368P6F5.1
#=GS A0A1S9B201_9BACT/638-842 AC A0A1S9B201.1
#=GS A0A7U7J432_9GAMM/714-830 AC A0A7U7J432.1
#=GS A0A3N0CPR3_9ACTN/389-595 AC A0A3N0CPR3.1
#=GS A0A238UV73_9ACTN/1007-1211 AC A0A238UV73.1
#=GS A0A2S9XJ25_9DELT/543-747 AC A0A2S9XJ25.1
#=GS A0A5A9XHK5_9BURK/632-836 AC A0A5A9XHK5.1
#=GS A0A0M1JXN7_9CYAN/738-920 AC A0A0M1JXN7.1
#=GS A0A7L5YFK7_9PROT/644-848 AC A0A7L5YFK7.1
#=GS A0A7Y8GUU1_9BURK/627-832 AC A0A7Y8GUU1.1
#=GS F0NXA3_WEEVC/615-819 AC F0NXA3.1
#=GS I0IB01_PHYMF/640-845 AC I0IB01.1
#=GS A0A2U8E4S7_9BACT/630-835 AC A0A2U8E4S7.1
#=GS A0A1Z4UP07_9CYAN/673-892 AC A0A1Z4UP07.1
#=GS D7AYX8_NOCDD/1022-1228 AC D7AYX8.1
#=GS A0A5C6EBN8_9BACT/598-802 AC A0A5C6EBN8.1
#=GS A0A1B8QLI4_9GAMM/203-412 AC A0A1B8QLI4.1
#=GS A0A1G7R2J4_9SPHN/1079-1192 AC A0A1G7R2J4.1
#=GS A0A1H7KYQ4_9SPHN/651-856 AC A0A1H7KYQ4.1
#=GS A0A4R9BAY2_9MICO/623-806 AC A0A4R9BAY2.1
#=GS M4SF92_9SPHN/727-914 AC M4SF92.1
#=GS A0A5C7FCR4_9BACT/724-812 AC A0A5C7FCR4.1
#=GS A0A1Y0ED51_9RHOB/787-945 AC A0A1Y0ED51.1
#=GS A0A399FXD2_9ACTN/1017-1218 AC A0A399FXD2.1
#=GS A0A0L6CR92_9RHOB/767-947 AC A0A0L6CR92.1
#=GS A0A8J7Z103_9CYAN/604-811 AC A0A8J7Z103.1
#=GS A0A3S2VB57_9SPHN/637-842 AC A0A3S2VB57.1
#=GS D1BVM1_XYLCX/1044-1243 AC D1BVM1.1
#=GS A0A839HLK1_9GAMM/619-825 AC A0A839HLK1.1
#=GS A0A0J8G1H2_CLOCY/611-815 AC A0A0J8G1H2.1
#=GS A0A5J5G6N1_9GAMM/565-771 AC A0A5J5G6N1.1
#=GS A0A844ZJM4_9SPHN/627-829 AC A0A844ZJM4.1
#=GS A0A2R8AUL2_9RHOB/625-823 AC A0A2R8AUL2.1
#=GS A0A099S3X3_9CLOT/622-827 AC A0A099S3X3.1
#=GS A0A5J4KSA7_9CHLR/29-235 AC A0A5J4KSA7.1
#=GS A0A0F7PN22_9HYPH/750-948 AC A0A0F7PN22.1
#=GS A0A370G670_9BACI/596-807 AC A0A370G670.1
#=GS A0A841H225_9BACT/340-545 AC A0A841H225.1
#=GS S3B4G9_9ACTN/1052-1252 AC S3B4G9.1
#=GS A0A1G6XC33_9GAMM/618-822 AC A0A1G6XC33.1
#=GS C3PJZ1_CORA7/66-271 AC C3PJZ1.1
#=GS E8LIJ7_SUCHY/294-499 AC E8LIJ7.1
#=GS G7UWN8_PSEUP/619-823 AC G7UWN8.1
#=GS A0A1Y4C117_9BACT/545-750 AC A0A1Y4C117.1
#=GS K9WZG2_9NOST/591-798 AC K9WZG2.1
#=GS A0A0M1J5W1_9GAMM/254-459 AC A0A0M1J5W1.1
#=GS A0A850DHC0_9MYCO/1045-1229 AC A0A850DHC0.1
#=GS A0A2P8NJX6_9HYPH/718-918 AC A0A2P8NJX6.1
#=GS A0A117V0G2_9SPHN/637-842 AC A0A117V0G2.1
#=GS V7EHG2_9RHOB/597-800 AC V7EHG2.1
#=GS A0A6J4FMZ4_9PROT/629-833 AC A0A6J4FMZ4.1
#=GS A0A5C5Y3K0_9PLAN/619-823 AC A0A5C5Y3K0.1
#=GS C8NB92_CARH6/626-832 AC C8NB92.1
#=GS A0A5J6N2V2_9PROT/621-824 AC A0A5J6N2V2.1
#=GS A0A074KZ91_9BACT/621-825 AC A0A074KZ91.1
#=GS A0A5R9AMX9_9FLAO/624-827 AC A0A5R9AMX9.1
#=GS A0A4Y9RDL7_9CAUL/762-948 AC A0A4Y9RDL7.1
#=GS F8E1U1_CORRG/605-811 AC F8E1U1.1
#=GS A0A1Q2MGR8_9BACT/618-821 AC A0A1Q2MGR8.1
#=GS A0A425W4A9_9FIRM/660-865 AC A0A425W4A9.1
#=GS E1IB28_9CHLR/1-173 AC E1IB28.1
#=GS A0A7W9EFV4_9SPHN/632-836 AC A0A7W9EFV4.1
#=GS A0A0W1RRP4_9GAMM/739-922 AC A0A0W1RRP4.1
#=GS A0A552A5S6_MICAE/108-312 AC A0A552A5S6.1
#=GS A1BG05_CHLPD/900-1093 AC A1BG05.1
#=GS D5ES57_PRER2/634-837 AC D5ES57.1
#=GS A0A257EY58_9RHOB/603-807 AC A0A257EY58.1
#=GS A0A7S7M2A2_9PROT/592-796 AC A0A7S7M2A2.1
#=GS A0A7W8ILU3_9BACT/623-826 AC A0A7W8ILU3.1
#=GS A0A0A1H4S5_9BURK/628-833 AC A0A0A1H4S5.1
#=GS A0A3A9F6Q7_9BACT/639-844 AC A0A3A9F6Q7.1
#=GS A0A0F6TEK7_9CORY/651-857 AC A0A0F6TEK7.1
#=GS A0A0M4MYU0_9ACTN/479-684 AC A0A0M4MYU0.1
#=GS A0A657LWW2_9HYPH/629-834 AC A0A657LWW2.1
#=GS R7KP59_9FIRM/90-295 AC R7KP59.1
#=GS A0A0Q9IYJ5_9HYPH/734-926 AC A0A0Q9IYJ5.1
#=GS A0A1E5Q6L6_9PROT/628-832 AC A0A1E5Q6L6.1
#=GS A0A521DWQ4_9RHOB/628-832 AC A0A521DWQ4.1
#=GS A0A2W7NJT4_9BACT/593-797 AC A0A2W7NJT4.1
#=GS A0A317D8D5_9ACTN/747-829 AC A0A317D8D5.1
#=GS A0A2K8UCX2_9GAMM/724-817 AC A0A2K8UCX2.1
#=GS A0A1H9RR71_9SPHN/627-831 AC A0A1H9RR71.1
#=GS A0A4R3LSY8_9HYPH/622-838 AC A0A4R3LSY8.1
#=GS A1WIP5_VEREI/631-835 AC A1WIP5.1
#=GS B0JX56_MICAN/599-806 AC B0JX56.1
#=GS A0A142L3G0_9BACT/616-820 AC A0A142L3G0.1
#=GS A0A1Y4TW38_9FIRM/648-852 AC A0A1Y4TW38.1
#=GS A0A1H2ESB9_9PSED/632-835 AC A0A1H2ESB9.1
#=GS A0A0Q5WIW9_9HYPH/622-826 AC A0A0Q5WIW9.1
#=GS B1XIC9_SYNP2/616-820 AC B1XIC9.1
#=GS A0A2T5PD50_9PSED/626-831 AC A0A2T5PD50.1
#=GS A0A0G3GT47_9CORY/608-813 AC A0A0G3GT47.1
#=GS A0A1L7CH95_9CORY/657-861 AC A0A1L7CH95.1
#=GS A0A5P8E9G2_9BACT/640-843 AC A0A5P8E9G2.1
#=GS A0A2U1C476_9BURK/840-972 AC A0A2U1C476.1
#=GS A0A6H9YC87_9PROT/766-836 AC A0A6H9YC87.1
#=GS A0A1B1YVR2_9GAMM/619-821 AC A0A1B1YVR2.1
#=GS A0A497XIG0_9PROT/663-822 AC A0A497XIG0.1
#=GS A0A147EHB7_9SPHN/791-857 AC A0A147EHB7.1
#=GS A0A1M5EMQ7_9BACT/605-809 AC A0A1M5EMQ7.1
#=GS A0A839HMA0_9GAMM/349-417 AC A0A839HMA0.1
#=GS A0A073CCU9_PLAAG/616-821 AC A0A073CCU9.1
#=GS A0A238ZQR0_9ACTN/1029-1233 AC A0A238ZQR0.1
#=GS A0A0P0LBS7_9BURK/625-794 AC A0A0P0LBS7.1
#=GS A0A1B1BLZ2_9MICO/606-810 AC A0A1B1BLZ2.1
#=GS A0A4Y8KPR8_9MICO/605-809 AC A0A4Y8KPR8.1
#=GS A0A516X9G9_9ACTN/653-858 AC A0A516X9G9.1
#=GS A0A251X7M3_9GAMM/661-828 AC A0A251X7M3.1
#=GS A0YZE8_LYNSP/615-822 AC A0YZE8.1
#=GS A0A7Y5NMS3_9DELT/382-566 AC A0A7Y5NMS3.1
#=GS A0A7U7J2Y9_9GAMM/616-820 AC A0A7U7J2Y9.1
#=GS A0A518N7D5_9GAMM/750-913 AC A0A518N7D5.1
#=GS A0A1M6JAD6_9ACTN/495-681 AC A0A1M6JAD6.1
#=GS A0A2U1DNE7_9FIRM/639-842 AC A0A2U1DNE7.1
#=GS G2IRG8_SPHSK/714-830 AC G2IRG8.1
#=GS A0A2T4J3W3_9RHOB/157-237 AC A0A2T4J3W3.1
#=GS A0A7X2FYD7_9PROT/770-939 AC A0A7X2FYD7.1
#=GS W2EY28_9ACTN/1039-1240 AC W2EY28.1
#=GS A0A5C8HQ85_9MICO/606-813 AC A0A5C8HQ85.1
#=GS A0A7Y2WV67_9CHLR/714-830 AC A0A7Y2WV67.1
#=GS A0A7X1KPY9_9SPHN/622-825 AC A0A7X1KPY9.1
#=GS A0A3A9F9S2_9BACT/638-846 AC A0A3A9F9S2.1
#=GS A0A1J1LI39_9CYAN/616-823 AC A0A1J1LI39.1
#=GS A0A0Q4J863_9SPHN/627-844 AC A0A0Q4J863.1
#=GS A0A4R6YJI4_9GAMM/619-823 AC A0A4R6YJI4.1
#=GS A0A2T5IVS2_9GAMM/525-729 AC A0A2T5IVS2.1
#=GS A0A5C8Z533_9GAMM/623-826 AC A0A5C8Z533.1
#=GS H2JUP8_STRHJ/1067-1261 AC H2JUP8.1
#=GS A0A0U4WSN3_9MICO/604-805 AC A0A0U4WSN3.1
#=GS A0A1H1PAB0_9ACTN/628-832 AC A0A1H1PAB0.1
#=GS A0A6I5X217_9SPHN/668-833 AC A0A6I5X217.1
#=GS A0A8J3YQ78_9ACTN/1017-1220 AC A0A8J3YQ78.1
#=GS A0A6P0CG16_9RHOB/1035-1165 AC A0A6P0CG16.1
#=GS A0A0A0F5E9_9GAMM/620-834 AC A0A0A0F5E9.1
#=GS A0A1B3MVK7_9SPHN/627-831 AC A0A1B3MVK7.1
#=GS A0A2T0H1J4_ACTMO/1015-1214 AC A0A2T0H1J4.1
#=GS A0A238DVA8_9BURK/628-833 AC A0A238DVA8.1
#=GS A0A160T976_9CHLR/655-856 AC A0A160T976.1
#=GS A0A326U7I8_THEHA/1039-1236 AC A0A326U7I8.1
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