#=GF ID PHA-1
#=GF AC PF06542.15
#=GF DE Regulator protein PHA-1
#=GF PI DUF1114;
#=GF AU Vella Briffa B;0000-0003-4380-1783
#=GF AU Sammut SJ;0000-0003-4472-904X
#=GF AU Pollington J;0000-0002-8158-8998
#=GF SE Pfam-B_16084 (release 10.0)
#=GF GA 26.00 26.00;
#=GF TC 29.30 29.20;
#=GF NC 25.80 25.50;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch --cpu 4 -Z 75585367 -E 1000 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 15196946
#=GF RT The coordinate regulation of pharyngeal development in C.
#=GF RT elegans by lin-35/Rb, pha-1, and ubc-18.
#=GF RA Fay DS, Qiu X, Large E, Smith CP, Mango S, Johanson BL;
#=GF RL Dev Biol. 2004;271:11-25.
#=GF DR INTERPRO; IPR009497;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This family represents the protein product of the gene pha-1
#=GF CC which coordinates with lin-35 Rb during animal development. The
#=GF CC protein is expressed during embryonic development and functions
#=GF CC in the cytoplasm. PHA-1 acts in a parallel pathway with UBC-18
#=GF CC to regulate the activity of a common cellular target [1].
#=GF SQ 153
#=GS G0NND9_CAEBE/143-389 AC G0NND9.1
#=GS E3MIQ6_CAERE/2-400 AC E3MIQ6.1
#=GS G0PJQ8_CAEBE/69-509 AC G0PJQ8.1
#=GS E3MIS3_CAERE/42-460 AC E3MIS3.1
#=GS G0ML94_CAEBE/99-357 AC G0ML94.1
#=GS E3LEZ9_CAERE/43-439 AC E3LEZ9.1
#=GS E3MFZ9_CAERE/42-461 AC E3MFZ9.1
#=GS O17552_CAEEL/56-488 AC O17552.2
#=GS E3MIN5_CAERE/42-397 AC E3MIN5.1
#=GS G0M8U9_CAEBE/39-399 AC G0M8U9.1
#=GS E3MW83_CAERE/45-461 AC E3MW83.1
#=GS E3NS99_CAERE/45-459 AC E3NS99.1
#=GS E3NP21_CAERE/45-311 AC E3NP21.1
#=GS E3MIQ5_CAERE/42-439 AC E3MIQ5.1
#=GS G0MNI6_CAEBE/37-441 AC G0MNI6.1
#=GS E3MIS8_CAERE/42-429 AC E3MIS8.1
#=GS E3MIS5_CAERE/3-401 AC E3MIS5.1
#=GS B6IEY9_CAEBR/69-438 AC B6IEY9.1
#=GS E3NJU0_CAERE/45-460 AC E3NJU0.1
#=GS A0A2G5SEP8_9PELO/71-466 AC A0A2G5SEP8.1
#=GS A0A2G5UTQ3_9PELO/36-443 AC A0A2G5UTQ3.1
#=GS E3MIM6_CAERE/48-448 AC E3MIM6.1
#=GS E3MV41_CAERE/43-429 AC E3MV41.1
#=GS E3MIN7_CAERE/5-328 AC E3MIN7.1
#=GS E3MIT0_CAERE/42-464 AC E3MIT0.1
#=GS A0A261CU07_9PELO/76-398 AC A0A261CU07.1
#=GS E3MIS4_CAERE/42-460 AC E3MIS4.1
#=GS E3NJU1_CAERE/45-461 AC E3NJU1.1
#=GS E3MIS0_CAERE/39-419 AC E3MIS0.1
#=GS A0A2G5SMJ1_9PELO/51-411 AC A0A2G5SMJ1.1
#=GS A0A2G5UUF3_9PELO/41-320 AC A0A2G5UUF3.1
#=GS A0A2G5SMF7_9PELO/89-253 AC A0A2G5SMF7.1
#=GS E3M1J0_CAERE/38-454 AC E3M1J0.1
#=GS D3NQB8_CAEEL/46-121 AC D3NQB8.1
#=GS E3N6R4_CAERE/45-461 AC E3N6R4.1
#=GS E3MMK2_CAERE/6-137 AC E3MMK2.1
#=GS A0A2G5UHV5_9PELO/41-433 AC A0A2G5UHV5.1
#=GS G0P6D6_CAEBE/37-441 AC G0P6D6.1
#=GS E3MIP9_CAERE/42-461 AC E3MIP9.1
#=GS A0A8R1I2T0_CAEJA/68-461 AC A0A8R1I2T0.1
#=GS E3LWG8_CAERE/45-478 AC E3LWG8.1
#=GS E3MIQ2_CAERE/42-459 AC E3MIQ2.1
#=GS E3MIS2_CAERE/5-303 AC E3MIS2.1
#=GS A0A8R1HZI4_CAEJA/82-475 AC A0A8R1HZI4.1
#=GS E3NJU5_CAERE/45-460 AC E3NJU5.1
#=GS G0MLF5_CAEBE/45-489 AC G0MLF5.1
#=GS A8X335_CAEBR/1-109 AC A8X335.1
#=GS A0A2G5SLR5_9PELO/171-438 AC A0A2G5SLR5.1
#=GS E3NJU4_CAERE/45-460 AC E3NJU4.1
#=GS E3MW82_CAERE/45-460 AC E3MW82.1
#=GS Q18255_CAEEL/67-507 AC Q18255.2
#=GS A0A2G5V5J6_9PELO/67-509 AC A0A2G5V5J6.1
#=GS E3MIN1_CAERE/42-424 AC E3MIN1.1
#=GS A0A260ZS95_9PELO/182-354 AC A0A260ZS95.1
#=GS A0A8R1DTQ6_CAEJA/169-346 AC A0A8R1DTQ6.1
#=GS E3MIP8_CAERE/42-432 AC E3MIP8.1
#=GS E3NFF5_CAERE/33-356 AC E3NFF5.1
#=GS A0A260ZMZ9_9PELO/47-430 AC A0A260ZMZ9.1
#=GS A0A261CCV1_9PELO/46-206 AC A0A261CCV1.1
#=GS G0N1N8_CAEBE/38-411 AC G0N1N8.1
#=GS E3NFF6_CAERE/45-148 AC E3NFF6.1
#=GS E3LIB5_CAERE/15-314 AC E3LIB5.1
#=GS A0A2G5UIS2_9PELO/9-384 AC A0A2G5UIS2.1
#=GS E3NFF8_CAERE/188-511 AC E3NFF8.1
#=GS A0A2G5SF32_9PELO/61-456 AC A0A2G5SF32.1
#=GS E3N2Z7_CAERE/43-460 AC E3N2Z7.1
#=GS G0NQG5_CAEBE/10-317 AC G0NQG5.1
#=GS A0A2G5SLY8_9PELO/78-341 AC A0A2G5SLY8.1
#=GS A0A261CCV1_9PELO/198-368 AC A0A261CCV1.1
#=GS E3N305_CAERE/43-435 AC E3N305.1
#=GS E3MIP2_CAERE/1-190 AC E3MIP2.1
#=GS E3MQ21_CAERE/1-340 AC E3MQ21.1
#=GS G0P8F8_CAEBE/34-412 AC G0P8F8.1
#=GS G0N1C6_CAEBE/500-890 AC G0N1C6.1
#=GS E3MIQ0_CAERE/161-436 AC E3MIQ0.1
#=GS E3MIN0_CAERE/42-435 AC E3MIN0.1
#=GS G0PHS4_CAEBE/3-272 AC G0PHS4.1
#=GS A0A2G5UIU7_9PELO/41-448 AC A0A2G5UIU7.1
#=GS E3MIR5_CAERE/42-427 AC E3MIR5.1
#=GS E3MIS1_CAERE/1-189 AC E3MIS1.1
#=GS A0A8R1DVT1_CAEJA/316-493 AC A0A8R1DVT1.1
#=GS E3MIQ1_CAERE/42-435 AC E3MIQ1.1
#=GS E3MV40_CAERE/48-404 AC E3MV40.1
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#=GS A0A261BPS2_9PELO/72-483 AC A0A261BPS2.1
#=GS A8XSK8_CAEBR/41-182 AC A8XSK8.2
#=GS E3LIB4_CAERE/38-204 AC E3LIB4.1
#=GS G0MPL6_CAEBE/45-451 AC G0MPL6.1
#=GS Q9TXT7_CAEEL/40-452 AC Q9TXT7.2
#=GS E3NJU3_CAERE/45-461 AC E3NJU3.1
#=GS E3MIQ8_CAERE/42-461 AC E3MIQ8.1
#=GS A0A2G5UTF5_9PELO/41-462 AC A0A2G5UTF5.1
#=GS E3MIP7_CAERE/43-442 AC E3MIP7.1
#=GS G0MPN1_CAEBE/64-354 AC G0MPN1.1
#=GS E3M464_CAERE/67-505 AC E3M464.1
#=GS E3MDB2_CAERE/45-459 AC E3MDB2.1
#=GS A0A261AGA7_9PELO/111-361 AC A0A261AGA7.1
#=GS A0A261CRB4_9PELO/115-462 AC A0A261CRB4.1
#=GS G0N1C6_CAEBE/38-435 AC G0N1C6.1
#=GS E3NC06_CAERE/45-470 AC E3NC06.1
#=GS G0PHS5_CAEBE/34-180 AC G0PHS5.1
#=GS E3MYD5_CAERE/173-349 AC E3MYD5.1
#=GS E3M1J1_CAERE/4-293 AC E3M1J1.1
#=GS G0MPL8_CAEBE/107-399 AC G0MPL8.1
#=GS G0P6J5_CAEBE/79-358 AC G0P6J5.1
#=GS A0A2G5UIQ6_9PELO/39-414 AC A0A2G5UIQ6.1
#=GS E3NFF8_CAERE/45-152 AC E3NFF8.1
#=GS G0MPL9_CAEBE/45-440 AC G0MPL9.1
#=GS G0NNE0_CAEBE/129-359 AC G0NNE0.1
#=GS Q9U2D4_CAEEL/51-430 AC Q9U2D4.2
#=GS A0A2G5SLT2_9PELO/89-293 AC A0A2G5SLT2.1
#=GS E3CU39_CAEBR/31-322 AC E3CU39.1
#=GS A0A2G5UIR9_9PELO/1-243 AC A0A2G5UIR9.1
#=GS E3MIP5_CAERE/42-437 AC E3MIP5.1
#=GS A0A1I6CM72_CAEEL/37-358 AC A0A1I6CM72.1
#=GS A0A2G5SM26_9PELO/78-389 AC A0A2G5SM26.1
#=GS E3MIS7_CAERE/33-426 AC E3MIS7.1
#=GS A0A2G5USN3_9PELO/80-501 AC A0A2G5USN3.1
#=GS B6IEY8_CAEBR/57-399 AC B6IEY8.1
#=GS A0A2G5SML3_9PELO/171-494 AC A0A2G5SML3.1
#=GS E3MIP6_CAERE/33-420 AC E3MIP6.1
#=GS E3MIN6_CAERE/2-376 AC E3MIN6.1
#=GS Q17791_CAEEL/1-225 AC Q17791.2
#=GS A0A2G5UHV0_9PELO/41-391 AC A0A2G5UHV0.1
#=GS G0MA34_CAEBE/104-490 AC G0MA34.1
#=GS G0N7F6_CAEBE/68-463 AC G0N7F6.1
#=GS A0A0K3AVC3_CAEEL/46-332 AC A0A0K3AVC3.1
#=GS E3MIM9_CAERE/42-428 AC E3MIM9.1
#=GS E3M826_CAERE/43-303 AC E3M826.1
#=GS E3MIP0_CAERE/42-437 AC E3MIP0.1
#=GS Q7YXC4_CAEEL/51-438 AC Q7YXC4.1
#=GS D1MN84_CAEEL/39-428 AC D1MN84.1
#=GS G0MQ11_CAEBE/69-509 AC G0MQ11.1
#=GS E3MIQ0_CAERE/42-167 AC E3MIQ0.1
#=GS A0A2G5SM20_9PELO/69-395 AC A0A2G5SM20.1
#=GS A0A261AGB0_9PELO/33-452 AC A0A261AGB0.1
#=GS E3MIP1_CAERE/39-427 AC E3MIP1.1
#=GS A0A261CBC2_9PELO/34-472 AC A0A261CBC2.1
#=GS G0NND0_CAEBE/38-442 AC G0NND0.1
#=GS G0MPM2_CAEBE/43-441 AC G0MPM2.1
#=GS Q4TTB2_CAEEL/34-401 AC Q4TTB2.2
#=GS E3MIP3_CAERE/18-332 AC E3MIP3.1
#=GS O02293_CAEEL/180-363 AC O02293.2
#=GS Q19309_CAEEL/80-514 AC Q19309.2
#=GS E3LZ28_CAERE/34-460 AC E3LZ28.1
#=GS E3MII7_CAERE/39-452 AC E3MII7.1
#=GS A8XY81_CAEBR/97-518 AC A8XY81.2
#=GS E3N4F2_CAERE/48-464 AC E3N4F2.1
#=GS E3MMJ2_CAERE/63-215 AC E3MMJ2.1
#=GS A0A0K3AXL9_CAEEL/46-225 AC A0A0K3AXL9.1
#=GS G5EGL5_CAEEL/89-476 AC G5EGL5.1
#=GS E3MIQ9_CAERE/42-437 AC E3MIQ9.1
#=GS A0A2G5SMD1_9PELO/78-398 AC A0A2G5SMD1.1
G0NND9_CAEBE/143-389 ......................................................................f----------------..--..-----....----.-.-----................--.....----------------......---.--.-...--.....--........--........-----...--....---.--......................---.--.--...-.-.------------.-..........---.....-------........--.-.-.-.-....--.....--.---...-----..--.-.-.-----..--.--.-.--------.---------LDKLAN.......SCISDSES....R.EDCYK.ML.EdR.FSK.P..N.ISCTTLTL.CIhenrdTD........N.......T.........M......I...........H.......Q.......N....H......T......P......I......P..........................FEVLQ.MALKKWKVQSIEI...................KFI.R.-..-N........WNDM...L...H...I...E.T.WSASN.Y.FTGI..R.F..N.DPvddl....egleFSQ....KFSHVQVDLS...RS.F..ECGKEL.KLQH...................---LLRG...Y..ENV..VANIRRIF.H.P.D.QISF..DFTH-W...LFMEP..SNPQQLLENLLRVSRL..AHC....QYLTIN.FKIYL.....-EILDAIQLSE.VFKA--.--.---.---------...........---------------........................--------tgslrplyhnalnkkhifktvkwvgerfr...................................................................................
E3MIQ6_CAERE/2-400 ..................................................................kieyv----------------..--..-----....----.C.ERKER................EK.....TSKDFIYINYRKVKTQ......DVL.GY.F...IF.....LN........TA........VGAKI...EK....ITT.RR......................LWM.LK.NK..fM.I.RLHDLIHSQLIG.S..........NGT.....HIQSLIG........LE.E.I.C.-....NG.....CE.KCF...NIAKK..CL.E.Y.GPLRF..ST.LQ.T.M-TYSKNY.KKLHVTDKLFEDIAE.......YCISKSKN....K.EECFQ.EL.D.N.TIF.P..V.ISCDTLSI.WI.....NEtrv.fpdgM.......E.........G......L...........E.......Y.......D....H......R......H......M......P..........................REVID.VILRKWSVKSIQL...................NMI.Y.F..TN.......eGMCS...V...DwlqY...D.Y.FTRVR.L.NDPY.fK.T..Q.KS............PDL....KFTNVDVEMS...DS.I..YCVRDL.GVRY..................pKYKSPRG...Y..ANF..IPNIRRLF.P.T.D.KISM..DLSH-W...CCIAN..DDIEKKMSTILYVVSM..EQP....QNLSVD.IKFFV.....-ESAIVKKLNE.ETK---.--.---.---------...........---------------........................--------keelfgiapkynfrkhclqcykkslpfevklgpdafnsekwigrrf..................................................................
G0PJQ8_CAEBE/69-509 .......................................................................VNKSFNSVILSKVRSE..YV..QIQVS....PILK.P.ETNGEysdn........eeaeDDm...nQQDRKFTINDQRVSLS......TAP.KF.F...DF.....LN........NV........ARIRV...RD....LLF.--......................SGF.TQ.PD...K.R.-VHDCILYSLMD.A..........TWF.....SLNSYKG........AE.E.V.C.-....NG.....CA.ACT...EIAAR..VN.I.Y.GPIQL.cTL.LE.P.IC-GKKHY.EQLIVTEILLAEIAF.......YCVTMIGS....K.EEAFV.RL.A.K.VIT.P..E.ISCDQLDL.VF.....SD........R.......C.........M......W...........S.......K.......D....T......L......A......H......P..........................REVID.WIVKAWKIKSINV...................RFM.T.-..--........GYSS...I...D...Y...K.Q.WACKR.V.FTEM..R.F..D.EMfvkdhnsrprndRRD....HFERVEVDMQ...AG.D..EIATCF.AQSMgm..............ferSGMSATA...F..QNV..CANVKRIF.P.T.Q.DMYL..ILPVEL...AHVAS..LEFDGFCEALLEFAWK..DERt..aRHSRLF.FRLYTf..giTEKEVMRQIEK.QFKINC.RP.VAA.MLSDPSVRRsflkwlpgttsAFDRSLLSFTDVSNN........................--------cvlhlevc........................................................................................................
E3MIS3_CAERE/42-460 ......................................................................l-NKRINNTFLRLIRRN..HR..KMKIE....YAYD.I.EHFET................--.....RLKDYIYINYRKINNQ......DVL.PY.F...IF.....LN........TV........VGVKV...EK....ITT.RR.....................lWML.EK.KF...K.R.RLHDLIHSQLIG.T..........NGT.....HIQSLIN........LE.E.I.C.-....DG.....CV.KCS...NIAQK..CL.E.Y.GPLRF.sTL.QT.M.I--YSKNY.KKLHVTDKLFENIAE.......YCISKSKN....K.DECFK.EL.D.K.TIL.S..T.ISCDKLAI.WV.....NE........S.......Rifp..edgeG......L...........E.......Y.......D....H......R......H......M......P..........................REVID.IILRKWNVKSIKL...................SML.H.I..TNeq....mcSVEW...L...Q...Y...D.Y.FTRVR.L.NDPY..L.G..T.KQ............SDL....KFNHVEVSLS...YS.Q..GCVRGL.GNLP..................pETNPPAA...Y..DNF..IPNIRRMF.P.T.D.RISM..ELSHWY...-FVPK..IDIEKKMSTILQVVSM..EQQ....HNLSLD.IKFFV.....-KSGIVKKLNE.ET----.--.---.---------...........---------------........................--------kreellgvasgyvhqekrlhcfkksspfnakhgpevfidnkwigrrfq................................................................
G0ML94_CAEBE/99-357 .....................................................................qq----------------..--..-----....----.-.-----................--.....----------------......---.--.-...--.....--........--........-----...--....---.--......................---.--.--...-.-.------------.-..........---.....-------........--.-.-.-.-....--.....--.---...-----..--.-.-.-----..--.--.-.--------.---------IHLLAI.......KLLEASKN....K.ESCFE.SV.S.R.FIE.N..N.IECETLIF.TL.....SD........-.......-.........-......-...........-.......R.......N....F......H......T......L......P..........................FELID.SIFKKWKVKKVKL...................VFL.D.I..D-........FDES...L...P...G...-.K.WLHRS.I.FTEF..N.F..N.SKid........weSDN....CFDSVEVDMM...DA.-..--FNTF.QEYF...................KSEALTK...N..HNF..LANVRRLF.P.T.N.RIMI..TLPSFM...--IEV..CQMDKHIEKLMNIINE..ERQ....RNLDIT.VRVAP....qIMNNTNNEIPD.IFNSGA.CL.LNE.TSPE-----...........---------------........................--------ddlvrwklkelktlpvlivdsiwslqrktfkrklfelqnvfnn.....................................................................
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