#=GF ID ParD_antitoxin
#=GF AC PF03693.18
#=GF DE Bacterial antitoxin of ParD toxin-antitoxin type II system and RHH
#=GF PI RHH_2;
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF SE SWISS-PROT
#=GF GA 21.00 21.00;
#=GF TC 21.00 21.00;
#=GF NC 20.90 20.90;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 75585367 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF WK Toxin-antitoxin_system
#=GF CL CL0057
#=GF RN [1]
#=GF RM 15718296
#=GF RT Toxin-antitoxin loci are highly abundant in free-living but lost
#=GF RT from host-associated prokaryotes.
#=GF RA Pandey DP, Gerdes K;
#=GF RL Nucleic Acids Res. 2005;33:966-976.
#=GF RN [2]
#=GF RM 20487277
#=GF RT Interaction specificity, toxicity and regulation of a paralogous
#=GF RT set of ParE/RelE-family toxin-antitoxin systems.
#=GF RA Fiebig A, Castro Rojas CM, Siegal-Gaskins D, Crosson S;
#=GF RL Mol Microbiol. 2010;77:236-251.
#=GF RN [3]
#=GF RM 20143871
#=GF RT A conserved mode of protein recognition and binding in a
#=GF RT ParD-ParE toxin-antitoxin complex.
#=GF RA Dalton KM, Crosson S;
#=GF RL Biochemistry. 2010;49:2205-2215.
#=GF DR INTERPRO; IPR022789;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC ParD is the antitoxin of a bacterial toxin-antitoxin gene pair.
#=GF CC The cognate toxin is ParE in, Pfam:PF05016. The family contains
#=GF CC several related antitoxins from Cyanobacteria, Proteobacteria
#=GF CC and Actinobacteria. Antitoxins of this class carry an
#=GF CC N-terminal ribbon-helix-helix domain, RHH, that is highly
#=GF CC conserved across all type II bacterial antitoxins, which
#=GF CC dimerises with the RHH domain of a second VapB molecule. A hinge
#=GF CC section follows the RHH, with an additional pair of flexible
#=GF CC alpha helices at the C-terminus. This C-terminus is the
#=GF CC toxin-binding region of the dimer, and so is specific to the
#=GF CC cognate toxin, whereas the RHH domain has the specific function
#=GF CC of lying across the RNA-binding groove of the toxin dimer and
#=GF CC inactivating the active-site - a more general function of all
#=GF CC type II antitoxins.
#=GF SQ 3024
#=GS A0A2S9Q969_9HYPH/1-81 AC A0A2S9Q969.1
#=GS A0A2Z5EEN0_9SPHN/2-76 AC A0A2Z5EEN0.1
#=GS A0A5Q0EGD7_9GAMM/1-80 AC A0A5Q0EGD7.1
#=GS A0A327KKV3_9HYPH/2-68 AC A0A327KKV3.1
#=GS A0A8B2NDS4_9HYPH/1-64 AC A0A8B2NDS4.1
#=GS A0A7Y6YD17_9GAMM/1-76 AC A0A7Y6YD17.1
#=GS A0A4V3IAG6_9MICO/1-77 AC A0A4V3IAG6.1
#=GS A0A181C5T9_9PROT/1-79 AC A0A181C5T9.1
#=GS I3CB03_9FLAO/1-80 AC I3CB03.1
#=GS A0A1Q4R4S5_9CYAN/1-47 AC A0A1Q4R4S5.1
#=GS A0A139XG60_9CYAN/1-83 AC A0A139XG60.1
#=GS A0A8J6XG33_9CYAN/1-73 AC A0A8J6XG33.1
#=GS A0A1X7QEB2_AZOLI/3-78 AC A0A1X7QEB2.1
#=GS A0A5C4XPP8_9HYPH/1-69 AC A0A5C4XPP8.1
#=GS A0A518RJ11_9SPHN/2-82 AC A0A518RJ11.1
#=GS A0A5J6Q9F3_9PSED/1-82 AC A0A5J6Q9F3.1
#=GS A0A2N3HGL4_9FLAO/1-80 AC A0A2N3HGL4.1
#=GS A0A518RBK7_9SPHN/2-75 AC A0A518RBK7.1
#=GS V4PZN8_9CAUL/2-79 AC V4PZN8.1
#=GS A0A7G9TRW5_9MICO/3-67 AC A0A7G9TRW5.1
#=GS A0A142ELE3_9BACT/1-81 AC A0A142ELE3.1
#=GS A0A4R3MEU0_9HYPH/2-67 AC A0A4R3MEU0.1
#=GS A0A2G4EY93_9CYAN/1-76 AC A0A2G4EY93.1
#=GS A0A3A8B3M5_9RHOB/1-80 AC A0A3A8B3M5.1
#=GS A0A7G5IIY4_9SPHN/2-76 AC A0A7G5IIY4.1
#=GS A0A1I0XUY2_9HYPH/3-55 AC A0A1I0XUY2.1
#=GS A0A1D3RPW7_9BACT/1-66 AC A0A1D3RPW7.1
#=GS A0A0A0D509_9PROT/1-79 AC A0A0A0D509.1
#=GS A0A2K8UI99_9GAMM/1-81 AC A0A2K8UI99.1
#=GS A0A3T0E8P4_9PROT/2-79 AC A0A3T0E8P4.1
#=GS A0A858RBV0_9PROT/3-87 AC A0A858RBV0.1
#=GS H0TZN1_9BRAD/4-89 AC H0TZN1.1
#=GS A0A2L0WFG6_9HYPH/1-76 AC A0A2L0WFG6.1
#=GS A0A8G2CP99_ACIRU/2-69 AC A0A8G2CP99.1
#=GS A0A1V0GQ41_9RHOB/1-80 AC A0A1V0GQ41.1
#=GS A0A327K4J5_9HYPH/2-81 AC A0A327K4J5.1
#=GS I4EAW6_METSZ/3-64 AC I4EAW6.1
#=GS A0A0B8Y2R0_9SPHI/5-85 AC A0A0B8Y2R0.1
#=GS W7QY11_9ALTE/3-83 AC W7QY11.1
#=GS A0A7Z0VIA1_9GAMM/1-79 AC A0A7Z0VIA1.1
#=GS A0A8J7E0Y5_9CYAN/1-68 AC A0A8J7E0Y5.1
#=GS A0A498QKK6_9MYCO/42-122 AC A0A498QKK6.1
#=GS A0A5B9QS55_9BACT/1-78 AC A0A5B9QS55.1
#=GS R5HYX0_9BACT/1-77 AC R5HYX0.1
#=GS A0A3P3W045_9FLAO/1-77 AC A0A3P3W045.1
#=GS A0A159Z970_9RHOB/2-77 AC A0A159Z970.1
#=GS A0A1Z4R0W1_9CYAN/1-79 AC A0A1Z4R0W1.1
#=GS W4LBY8_9BACT/5-47 AC W4LBY8.1
#=GS A0A1X7BTD0_9RHOB/1-81 AC A0A1X7BTD0.1
#=GS A0A8J7RXB1_9PROT/7-93 AC A0A8J7RXB1.1
#=GS A0A0M0HIC6_VIBNE/1-80 AC A0A0M0HIC6.1
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#=GS A0A367RQ87_9NOSO/1-82 AC A0A367RQ87.1
#=GS A0A844MLC7_9CYAN/1-80 AC A0A844MLC7.1
#=GS A0A0A2HY68_9DELT/1-82 AC A0A0A2HY68.1
#=GS A0A0T1WQH0_9HYPH/4-89 AC A0A0T1WQH0.1
#=GS Q7NNQ4_GLOVI/2-80 AC Q7NNQ4.1
#=GS A0A563W0E9_9CYAN/1-85 AC A0A563W0E9.1
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#=GS A0A399IUN8_9RHOB/2-77 AC A0A399IUN8.1
#=GS A0A1Y0ICX5_9GAMM/26-103 AC A0A1Y0ICX5.1
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#=GS A0A3A1P6V6_9SPHN/3-82 AC A0A3A1P6V6.1
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#=GS A0A372EQL6_9RHOB/2-80 AC A0A372EQL6.1
#=GS A0A1W2AK73_9BURK/1-78 AC A0A1W2AK73.1
#=GS J7QHS9_METSZ/1-83 AC J7QHS9.1
#=GS A0A7X3MSI3_9HYPH/4-52 AC A0A7X3MSI3.1
#=GS A0A286D5L3_9GAMM/3-67 AC A0A286D5L3.1
#=GS A0A7X0NGD9_9GAMM/1-79 AC A0A7X0NGD9.1
#=GS A0A1G6WG25_NIADE/1-81 AC A0A1G6WG25.1
#=GS G5ZZD4_9PROT/2-80 AC G5ZZD4.1
#=GS A0A1X1QQZ3_9GAMM/1-81 AC A0A1X1QQZ3.1
#=GS A0A5Q2QE28_9GAMM/1-82 AC A0A5Q2QE28.1
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#=GS A0A1M5BGT7_9RHOB/2-79 AC A0A1M5BGT7.1
#=GS A0A1I2VTJ0_9GAMM/1-78 AC A0A1I2VTJ0.1
#=GS A0A2N4YLE4_9RHOB/3-80 AC A0A2N4YLE4.1
#=GS A0A318T555_9HYPH/1-78 AC A0A318T555.1
#=GS A0A3S0Z2J4_9RHOB/1-87 AC A0A3S0Z2J4.1
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#=GS A0A1C0VD17_9CYAN/1-78 AC A0A1C0VD17.1
#=GS A0A563VN63_9CYAN/2-78 AC A0A563VN63.1
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#=GS A0A1W2D002_9HYPH/2-79 AC A0A1W2D002.1
#=GS A0A1H9DHX0_9HYPH/2-80 AC A0A1H9DHX0.1
#=GS A0A6B8M2Z6_9HYPH/4-84 AC A0A6B8M2Z6.1
#=GS A0A2Z4LWP3_9FLAO/3-80 AC A0A2Z4LWP3.1
#=GS A0A432MI21_9BACT/1-83 AC A0A432MI21.1
#=GS A0A2T7G295_9RHOB/2-80 AC A0A2T7G295.1
#=GS A0A1I4EX09_9PROT/2-82 AC A0A1I4EX09.1
#=GS A0A372EQN7_9RHOB/1-81 AC A0A372EQN7.1
#=GS A0A418WHM0_9PROT/4-88 AC A0A418WHM0.1
#=GS A0A1C0VN15_9CYAN/2-79 AC A0A1C0VN15.1
#=GS A0A7W6G884_9SPHN/2-80 AC A0A7W6G884.1
#=GS A0A5C4NBX9_9RHOB/5-62 AC A0A5C4NBX9.1
#=GS A0A1H4CTU0_9BURK/2-72 AC A0A1H4CTU0.1
#=GS A0A1I5ENQ7_9HYPH/8-88 AC A0A1I5ENQ7.1
#=GS A0A856MGC2_9CYAN/1-34 AC A0A856MGC2.1
#=GS A0A5J4G3H1_9FLAO/1-81 AC A0A5J4G3H1.1
#=GS A0A1H4G2X2_ALKAM/1-80 AC A0A1H4G2X2.1
#=GS A0A2R5FYP7_NOSCO/2-65 AC A0A2R5FYP7.1
#=GS A0A085F8D5_9HYPH/2-79 AC A0A085F8D5.1
#=GS I7F4G6_PHAIB/1-73 AC I7F4G6.1
#=GS A0A4Q2RCG4_9HYPH/2-83 AC A0A4Q2RCG4.1
#=GS A0A2T1G7G8_9CYAN/1-77 AC A0A2T1G7G8.1
#=GS A0A2Z3HHD9_9BACT/1-83 AC A0A2Z3HHD9.1
#=GS A0A0Q4FLJ9_9SPHI/1-81 AC A0A0Q4FLJ9.1
#=GS Q7WXG3_CUPNH/2-79 AC Q7WXG3.1
#=GS A0A0D7ETG4_RHOPL/4-84 AC A0A0D7ETG4.1
#=GS A0A5C6Q8Z2_9GAMM/1-48 AC A0A5C6Q8Z2.1
#=GS A0A4R0YD03_9PROT/4-72 AC A0A4R0YD03.1
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#=GS A0A2R8BPT6_9RHOB/1-84 AC A0A2R8BPT6.1
#=GS A0A372IQM2_9BACT/1-81 AC A0A372IQM2.1
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#=GS A0A5C6EB37_9BACT/72-145 AC A0A5C6EB37.1
#=GS Q3SN01_NITWN/2-79 AC Q3SN01.1
#=GS A0A6I2M0X0_9RHOB/1-81 AC A0A6I2M0X0.1
#=GS A0A437M6L0_9SPHN/2-81 AC A0A437M6L0.1
#=GS A0A3T1DJK5_9GAMM/1-82 AC A0A3T1DJK5.1
#=GS A0A1X7NA76_9HYPH/3-81 AC A0A1X7NA76.1
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#=GS A0A1Z4RPX1_9CHRO/1-76 AC A0A1Z4RPX1.1
#=GS A0A2G4F4F4_9CYAN/1-79 AC A0A2G4F4F4.1
#=GS A0A1S1Y2N4_9GAMM/1-81 AC A0A1S1Y2N4.1
#=GS A0A238UB79_9FLAO/2-80 AC A0A238UB79.1
#=GS Q7NE81_GLOVI/2-80 AC Q7NE81.1
#=GS A0A1Z4R2K2_9CYAN/1-82 AC A0A1Z4R2K2.1
#=GS A0A5J6N5D4_9PROT/2-80 AC A0A5J6N5D4.1
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#=GS A0A011P5X4_ACCRE/1-76 AC A0A011P5X4.1
#=GS A0A0K8NZU6_IDESA/1-82 AC A0A0K8NZU6.1
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#=GS A0A132C1P8_9RHOB/2-82 AC A0A132C1P8.1
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#=GS Q8PBT5_XANCP/18-93 AC Q8PBT5.1
#=GS A0A073CIC3_PLAAG/22-105 AC A0A073CIC3.1
#=GS A0A2A3CCM6_9HYPH/3-86 AC A0A2A3CCM6.1
#=GS A0A132C0E6_9RHOB/1-86 AC A0A132C0E6.1
#=GS A0A257HV09_9BACT/1-81 AC A0A257HV09.1
#=GS A0A4U1C5X2_9SPHI/1-81 AC A0A4U1C5X2.1
#=GS A0A3S2V3A1_9SPHN/2-75 AC A0A3S2V3A1.1
#=GS A0A5E4WKD7_9BURK/2-54 AC A0A5E4WKD7.1
#=GS A0A021X2T6_9HYPH/1-82 AC A0A021X2T6.1
#=GS K7W172_9NOST/1-65 AC K7W172.1
#=GS A0A1A8T918_9GAMM/2-81 AC A0A1A8T918.1
#=GS A0A1Y6IT24_9VIBR/1-41 AC A0A1Y6IT24.1
#=GS A0A2S7JMS1_9BURK/1-81 AC A0A2S7JMS1.1
#=GS A0A7L9S6L4_9GAMM/1-79 AC A0A7L9S6L4.1
#=GS A0A2S4HK27_9GAMM/2-81 AC A0A2S4HK27.1
#=GS A0A8J2YW82_9PROT/1-78 AC A0A8J2YW82.1
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