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Database: Pfam
Entry: RLL
LinkDB: RLL
Original site: RLL 
#=GF ID   RLL
#=GF AC   PF10036.13
#=GF DE   RNA transcription, translation and transport factor protein
#=GF AU   El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF AU   KOGs;
#=GF AU   Finn RD;0000-0001-8626-2148
#=GF AU   Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE   KOGs (KOG4380)
#=GF GA   24.60 24.60;
#=GF TC   28.30 24.90;
#=GF NC   24.50 24.10;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF RN   [1]
#=GF RM   24608264
#=GF RT   hCLE/C14orf166 associates with DDX1-HSPC117-FAM98B in a novel
#=GF RT   transcription-dependent shuttling RNA-transporting complex.
#=GF RA   Perez-Gonzalez A, Pazo A, Navajas R, Ciordia S,
#=GF RA   Rodriguez-Frandsen A, Nieto A;
#=GF RL   PLoS One. 2014;9:e90957.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   24870230
#=GF RT   Analysis of orthologous groups reveals archease and DDX1 as tRNA
#=GF RT   splicing factors.
#=GF RA   Popow J, Jurkin J, Schleiffer A, Martinez J;
#=GF RL   Nature. 2014;511:104-107.
#=GF RN   [3]
#=GF RM   16950395
#=GF RT   hCLE/CGI-99, a human protein that interacts with the influenza
#=GF RT   virus polymerase,  is a mRNA transcription modulator.
#=GF RA   Perez-Gonzalez A, Rodriguez A, Huarte M, Salanueva IJ, Nieto A;
#=GF RL   J Mol Biol. 2006;362:887-900.
#=GF RN   [4]
#=GF RM   21900157
#=GF RT   Cellular human CLE/C14orf166 protein interacts with influenza
#=GF RT   virus polymerase and is required for viral replication.
#=GF RA   Rodriguez A, Perez-Gonzalez A, Nieto A;
#=GF RL   J Virol. 2011;85:12062-12066.
#=GF DR   INTERPRO; IPR019265;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   This entry represents RNA transcription, translation and
#=GF CC   transport factor protein (RTRAF, also known as hCLE/C14orf166)
#=GF CC   from eukaryotes. It is part of the DDX1-HSPC117-FAM98B complex
#=GF CC   that shuttles between the nucleus and the cytoplasm transporting
#=GF CC   RNAs [1]. It is also a component of the tRNA-splicing ligase
#=GF CC   complex and is required for tRNA ligation [2]. Human RTRAF works
#=GF CC   as a positive modulator of the RNA polymerase II activity [3].
#=GF CC   It also interacts with influenza virus polymerase subunit PA and
#=GF CC   plays an important role in influenza virus replication [4].
#=GF CC   Family members carry a characteristic RLL sequence-motif.
#=GF SQ   1274
#=GS A0A1D3PBV0_PLAMA/4-294     AC A0A1D3PBV0.1
#=GS W5JCW3_ANODA/246-482       AC W5JCW3.1
#=GS A0A0L7KUX5_OPEBR/5-175     AC A0A0L7KUX5.1
#=GS A0A3Q2FMU4_CYPVA/2-243     AC A0A3Q2FMU4.1
#=GS A0A8C5UX09_MICMU/2-239     AC A0A8C5UX09.1
#=GS B9EPN8_SALSA/2-244         AC B9EPN8.1
#=GS T1K580_TETUR/2-249         AC T1K580.1
#=GS A0A6H5GNZ8_9HEMI/2-97      AC A0A6H5GNZ8.1
#=GS A0A667GJ44_LYNCA/2-244     AC A0A667GJ44.1
#=GS A0A7L0J1D8_PIPCL/2-237     AC A0A7L0J1D8.1
#=GS A0A8D2GNJ3_UROPR/2-244     AC A0A8D2GNJ3.1
#=GS A0A2Y9F5Y9_PHYMC/2-211     AC A0A2Y9F5Y9.1
#=GS A0A6P6XL78_DERPT/2-254     AC A0A6P6XL78.1
#=GS A0A452J6F1_9SAUR/19-247    AC A0A452J6F1.1
#=GS A0A0L0DLY6_THETB/4-259     AC A0A0L0DLY6.1
#=GS A0A7J7JW29_BUGNE/2-107     AC A0A7J7JW29.1
#=GS A0A0V0VAC4_9BILA/2-244     AC A0A0V0VAC4.1
#=GS A0A7L1QIT6_9PASS/1-224     AC A0A7L1QIT6.1
#=GS A0A8B7XMN5_ACAPL/2-239     AC A0A8B7XMN5.1
#=GS A0A2I2Y742_GORGO/2-214     AC A0A2I2Y742.1
#=GS A7AX04_BABBO/1-114         AC A7AX04.1
#=GS A0A7L3B576_9AVES/2-238     AC A0A7L3B576.1
#=GS A0A7L2U2C6_BALRX/2-238     AC A0A7L2U2C6.1
#=GS A0A433SWF9_ELYCH/1-142     AC A0A433SWF9.1
#=GS A0A1S3KHT1_LINUN/2-243     AC A0A1S3KHT1.1
#=GS M2XH95_GALSU/5-245         AC M2XH95.1
#=GS A0A0V1AZX9_TRISP/2-256     AC A0A0V1AZX9.1
#=GS M2W1C2_GALSU/5-250         AC M2W1C2.1
#=GS A0A7L1STU0_ARAGA/2-244     AC A0A7L1STU0.1
#=GS A0A1S3RH36_SALSA/2-241     AC A0A1S3RH36.1
#=GS A0A8C0KQ26_CANLU/1-191     AC A0A8C0KQ26.1
#=GS A0A182E9L8_ONCOC/2-251     AC A0A182E9L8.1
#=GS A0A2S2QI31_9HEMI/2-249     AC A0A2S2QI31.1
#=GS A0A2K5D8H8_AOTNA/2-188     AC A0A2K5D8H8.1
#=GS A0A821UUB5_9NEOP/5-175     AC A0A821UUB5.1
#=GS A0A8C6DEM0_MOSMO/2-229     AC A0A8C6DEM0.1
#=GS A0A7J6SFC9_PEROL/305-384   AC A0A7J6SFC9.1
#=GS A0A061DBV8_BABBI/150-238   AC A0A061DBV8.1
#=GS A0A504YJ19_FASGI/7-75      AC A0A504YJ19.1
#=GS A0A7K7W733_9AVES/2-244     AC A0A7K7W733.1
#=GS A0A4D9DD70_9STRA/8-269     AC A0A4D9DD70.1
#=GS A0A7K5DL15_9TYRA/2-244     AC A0A7K5DL15.1
#=GS A0A7L1AJI2_GYMTI/1-224     AC A0A7L1AJI2.1
#=GS A0A7S4A3V6_9STRA/6-131     AC A0A7S4A3V6.1
#=GS A0A8B8GHK3_9HEMI/1-223     AC A0A8B8GHK3.1
#=GS A0A8D2QQC6_ZOSLA/141-221   AC A0A8D2QQC6.1
#=GS A0A384B0V7_BALAS/2-244     AC A0A384B0V7.1
#=GS A0A7K8PS13_COCCO/1-218     AC A0A7K8PS13.1
#=GS H9GPU9_ANOCA/55-298        AC H9GPU9.2
#=GS A0A852AH40_CALOR/1-149     AC A0A852AH40.1
#=GS A0A8C8WGX8_PANLE/2-244     AC A0A8C8WGX8.1
#=GS A0A8C0KZT0_CANLU/82-145    AC A0A8C0KZT0.1
#=GS A0A7K7V2F6_EUDEL/2-238     AC A0A7K7V2F6.1
#=GS A0A851P0K3_9GALL/2-237     AC A0A851P0K3.1
#=GS G4M0B9_SCHMA/7-244         AC G4M0B9.1
#=GS A0A673HWF5_9TELE/2-242     AC A0A673HWF5.1
#=GS S4RXL4_PETMA/45-295        AC S4RXL4.1
#=GS A0A6P3FJA5_OCTDE/2-244     AC A0A6P3FJA5.1
#=GS A0A183JQZ5_9TREM/1-65      AC A0A183JQZ5.1
#=GS A0A8C5P4P9_JACJA/2-244     AC A0A8C5P4P9.1
#=GS A0A6J8APW2_MYTCO/2-104     AC A0A6J8APW2.1
#=GS A0A2G8JI67_STIJA/2-238     AC A0A2G8JI67.1
#=GS A0A183MHG7_9TREM/7-98      AC A0A183MHG7.1
#=GS A0A7K5JA11_TOXRE/2-237     AC A0A7K5JA11.1
#=GS A0A6J1P355_BICAN/36-244    AC A0A6J1P355.1
#=GS A0A6I9WMZ9_9HYME/5-251     AC A0A6I9WMZ9.1
#=GS A0A3P8J2J3_TRIRE/59-147    AC A0A3P8J2J3.1
#=GS A0A7K6QXY4_9PASS/2-244     AC A0A7K6QXY4.1
#=GS A0A267H7Q9_9PLAT/2-244     AC A0A267H7Q9.1
#=GS A0A7L0KA55_CHATO/1-220     AC A0A7L0KA55.1
#=GS A0A7K8S9V5_9PASS/1-183     AC A0A7K8S9V5.1
#=GS A0A816C595_ADIRI/2-232     AC A0A816C595.1
#=GS A0A4Z2BQN6_9TELE/2-266     AC A0A4Z2BQN6.1
#=GS A0A3P9AWP3_9CICH/2-242     AC A0A3P9AWP3.1
#=GS A0A8C6X4U8_NAJNA/2-245     AC A0A8C6X4U8.1
#=GS F0Z847_DICPU/3-266         AC F0Z847.1
#=GS A0A0V1CW31_TRIBR/229-418   AC A0A0V1CW31.1
#=GS A0A091H0Q3_BUCRH/1-197     AC A0A091H0Q3.1
#=GS A0A6F9BF32_9TELE/2-241     AC A0A6F9BF32.1
#=GS D7G3K0_ECTSI/142-227       AC D7G3K0.1
#=GS A0A812XH81_9DINO/36-268    AC A0A812XH81.1
#=GS A0A452SPR6_URSAM/2-188     AC A0A452SPR6.1
#=GS A0A7K6AAL1_ONYCO/2-244     AC A0A7K6AAL1.1
#=GS A0A1U7S3G4_ALLSI/2-244     AC A0A1U7S3G4.1
#=GS A0A5A9NNB6_9TELE/2-236     AC A0A5A9NNB6.1
#=GS A0A8C4CFA0_9TELE/89-329    AC A0A8C4CFA0.1
#=GS A0A1S4ES89_DIACI/6-253     AC A0A1S4ES89.1
#=GS A0A673ZRW7_SALTR/2-241     AC A0A673ZRW7.1
#=GS A0A482W703_9CUCU/90-146    AC A0A482W703.1
#=GS A0A835NL67_9PASS/2-244     AC A0A835NL67.1
#=GS A0A6J3FMT0_SAPAP/2-244     AC A0A6J3FMT0.1
#=GS Q9VEG8_DROME/4-250         AC Q9VEG8.2
#=GS A0A6F9B5J9_9TELE/2-73      AC A0A6F9B5J9.1
#=GS A0A813E9G3_POLGL/40-274    AC A0A813E9G3.1
#=GS A0A7L0P9B0_9AVES/1-218     AC A0A7L0P9B0.1
#=GS A0A835W0V5_9CHLO/5-285     AC A0A835W0V5.1
#=GS A0A8C5VS34_MICMU/2-184     AC A0A8C5VS34.1
#=GS A0A852FVH7_PEUTA/1-125     AC A0A852FVH7.1
#=GS A0A091S2W6_NESNO/3-125     AC A0A091S2W6.1
#=GS A0A8C9ES32_PAVCR/2-244     AC A0A8C9ES32.1
#=GS A0A5J4P3E6_9TREM/37-189    AC A0A5J4P3E6.1
#=GS A0A024VP00_PLAFA/4-284     AC A0A024VP00.1
#=GS A0A3Q7P689_CALUR/2-244     AC A0A3Q7P689.1
#=GS A0A851UZR7_9PASS/2-244     AC A0A851UZR7.1
#=GS A0A671DPK3_RHIFE/2-244     AC A0A671DPK3.1
#=GS A0A8C0H146_CHEAB/2-180     AC A0A8C0H146.1
#=GS A0A1Y3AYG9_EURMA/2-268     AC A0A1Y3AYG9.1
#=GS A0A0V1H9M0_9BILA/2-245     AC A0A0V1H9M0.1
#=GS A0A8C8E761_9STRI/2-244     AC A0A8C8E761.1
#=GS A0A6J2W198_CHACN/2-242     AC A0A6J2W198.1
#=GS A0A0L7KAG3_PLAFX/1-199     AC A0A0L7KAG3.1
#=GS A0A8R1WPY2_BOMMO/172-225   AC A0A8R1WPY2.1
#=GS A0NGX4_ANOGA/4-263         AC A0NGX4.1
#=GS A0A7L3VZ38_MOLAT/1-224     AC A0A7L3VZ38.1
#=GS A0A8C8Z4L6_PROSS/2-244     AC A0A8C8Z4L6.1
#=GS A0A6J1S060_FRAOC/2-247     AC A0A6J1S060.1
#=GS A0A093PL73_9PASS/2-237     AC A0A093PL73.1
#=GS A0A5N3XP98_MUNRE/49-178    AC A0A5N3XP98.1
#=GS A0A2H6KHI2_9APIC/7-250     AC A0A2H6KHI2.1
#=GS A0A851CK71_CALVR/2-244     AC A0A851CK71.1
#=GS F7E9I3_MACMU/2-187         AC F7E9I3.2
#=GS A0A8I5MUJ6_PAPAN/2-67      AC A0A8I5MUJ6.1
#=GS A0A6J0VC76_9SAUR/2-245     AC A0A6J0VC76.1
#=GS A0A7K8ZL78_9PASS/1-142     AC A0A7K8ZL78.1
#=GS A0A4D9DY72_9SAUR/8-188     AC A0A4D9DY72.1
#=GS A0A7R8CMU2_LEPSM/4-236     AC A0A7R8CMU2.1
#=GS A0A4W5RVD9_9TELE/2-241     AC A0A4W5RVD9.1
#=GS A0A7K4X2H0_REGSA/2-244     AC A0A7K4X2H0.1
#=GS Q4SEE5_TETNG/2-241         AC Q4SEE5.1
#=GS A0A093I3E0_FULGA/1-224     AC A0A093I3E0.1
#=GS A0A3Q2ZAJ1_KRYMA/2-242     AC A0A3Q2ZAJ1.1
#=GS A0A0V0WWV9_9BILA/2-255     AC A0A0V0WWV9.1
#=GS A0A7L3A367_9PASE/1-224     AC A0A7L3A367.1
#=GS A0A8C6DVM1_MOSMO/2-245     AC A0A8C6DVM1.1
#=GS A0A8J2LR32_9HEXA/2-107     AC A0A8J2LR32.1
#=GS A0A803V3K0_FICAL/2-159     AC A0A803V3K0.1
#=GS A0A8B9FU48_9PSIT/2-244     AC A0A8B9FU48.1
#=GS A0A654HC07_9CEST/17-177    AC A0A654HC07.1
#=GS A0A7K6XA60_9PASE/1-134     AC A0A7K6XA60.1
#=GS A0A3Q4I0D4_NEOBR/2-231     AC A0A3Q4I0D4.1
#=GS L5LVP9_MYODS/1-70          AC L5LVP9.1
#=GS B5G0L3_TAEGU/2-244         AC B5G0L3.1
#=GS A0A6P7TJC4_OCTVU/3-248     AC A0A6P7TJC4.1
#=GS A0A7K4UIE7_9SYLV/1-217     AC A0A7K4UIE7.1
#=GS A0A8B6FW08_MYTGA/2-247     AC A0A8B6FW08.1
#=GS A0A3Q1HUQ3_ANATE/2-242     AC A0A3Q1HUQ3.1
#=GS A0A8C5PE16_9ANUR/2-232     AC A0A8C5PE16.1
#=GS A0A7L1CJ30_9PASS/1-217     AC A0A7L1CJ30.1
#=GS L9J947_TUPCH/54-248        AC L9J947.1
#=GS A0A835XSB9_9CHLO/4-63      AC A0A835XSB9.1
#=GS G3V4C6_HUMAN/2-189         AC G3V4C6.1
#=GS A0A6J3CZR0_AYTFU/2-244     AC A0A6J3CZR0.1
#=GS A0A8C5CDH6_GADMO/1-226     AC A0A8C5CDH6.1
#=GS A0A8C4LRR0_EQUAS/2-244     AC A0A8C4LRR0.1
#=GS A0A8E0S4W0_9TREM/1-186     AC A0A8E0S4W0.1
#=GS R0LMH6_ANAPL/1-224         AC R0LMH6.1
#=GS A0A183KYK2_9TREM/7-194     AC A0A183KYK2.1
#=GS A0A7K6I7F7_9PASS/2-244     AC A0A7K6I7F7.1
#=GS A0A7K7SX00_9TYRA/2-244     AC A0A7K7SX00.1
#=GS A0A7K6Q1M0_9CORV/1-224     AC A0A7K6Q1M0.1
#=GS A0A6P9A0F4_THRPL/11-251    AC A0A6P9A0F4.1
#=GS A0A7K9KA55_9PASE/1-224     AC A0A7K9KA55.1
#=GS A0A7K8DW70_LEURO/1-217     AC A0A7K8DW70.1
#=GS A0A6G1APK3_CROCR/2-244     AC A0A6G1APK3.1
#=GS A0A3P8W4U5_CYNSE/2-227     AC A0A3P8W4U5.1
#=GS A0A8C6T1U7_9GOBI/2-231     AC A0A8C6T1U7.1
#=GS A0A672TTD9_STRHB/2-244     AC A0A672TTD9.1
#=GS A0A8R1TKD3_ONCVO/2-251     AC A0A8R1TKD3.1
#=GS A0A6H5GNZ8_9HEMI/94-208    AC A0A6H5GNZ8.1
#=GS A0A090L5K8_STRRB/359-564   AC A0A090L5K8.1
#=GS M4ALJ1_XIPMA/2-239         AC M4ALJ1.2
#=GS G2HGZ9_PANTR/2-244         AC G2HGZ9.1
#=GS A0A8B6XSQ2_HYDVU/2-238     AC A0A8B6XSQ2.1
#=GS A0A0B2V167_TOXCA/686-813   AC A0A0B2V167.1
#=GS A0A6J0CY48_PERMB/1-231     AC A0A6J0CY48.1
#=GS A0A8K1CMC4_PYTOL/20-193    AC A0A8K1CMC4.1
#=GS A0A8J2WIG7_9CRUS/2-241     AC A0A8J2WIG7.1
#=GS A0A7K5RBA3_9PASE/1-149     AC A0A7K5RBA3.1
#=GS A0A672QG71_SINGR/13-211    AC A0A672QG71.1
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