#=GF ID RdRP_1
#=GF AC PF00680.24
#=GF DE Viral RNA-dependent RNA polymerase
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU Chuguransky S;0000-0002-0520-0736
#=GF SE Pfam-B_32 (release 2.1)
#=GF GA 23.90 23.90;
#=GF TC 23.90 23.90;
#=GF NC 23.80 23.80;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 -Z 75585367 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF WK RNA-dependent_RNA_polymerase
#=GF CL CL0027
#=GF RN [1]
#=GF RM 29439438
#=GF RT RNA Dependent RNA Polymerases: Insights from Structure, Function
#=GF RT and Evolution.
#=GF RA Venkataraman S, Prasad BVLS, Selvarajan R;
#=GF RL Viruses. 2018; [Epub ahead of print]
#=GF RN [2]
#=GF RM 15306852
#=GF RT Structural basis for proteolysis-dependent activation of the
#=GF RT poliovirus RNA-dependent RNA polymerase.
#=GF RA Thompson AA, Peersen OB;
#=GF RL EMBO J. 2004;23:3462-3471.
#=GF RN [3]
#=GF RM 31138817
#=GF RT Structure of the SARS-CoV nsp12 polymerase bound to nsp7 and
#=GF RT nsp8 co-factors.
#=GF RA Kirchdoerfer RN, Ward AB;
#=GF RL Nat Commun. 2019;10:2342.
#=GF RN [4]
#=GF RM 32438371
#=GF RT Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase.
#=GF RA Hillen HS, Kokic G, Farnung L, Dienemann C, Tegunov D, Cramer P;
#=GF RL Nature. 2020;584:154-156.
#=GF RN [5]
#=GF RM 34580920
#=GF RT Evolution of the SARS-CoV-2 proteome in three dimensions (3D)
#=GF RT during the first 6 months of the COVID-19 pandemic.
#=GF RA Lubin JH, Zardecki C, Dolan EM, Lu C, Shen Z, Dutta S, Westbrook
#=GF RA JD, Hudson BP, Goodsell DS, Williams JK, Voigt M, Sarma V, Xie
#=GF RA L, Venkatachalam T, Arnold S, Alfaro Alvarado LH, Catalfano K,
#=GF RA Khan A, McCarthy E, Staggers S, Tinsley B, Trudeau A, Singh J,
#=GF RA Whitmore L, Zheng H, Benedek M, Currier J, Dresel M, Duvvuru A,
#=GF RA Dyszel B, Fingar E, Hennen EM, Kirsch M, Khan AA, Labrie-Cleary
#=GF RA C, Laporte S, Lenkeit E, Martin K, Orellana M, Ortiz-Alvarez de
#=GF RA la Campa M, Paredes I, Wheeler B, Rupert A, Sam A, See K, Soto
#=GF RA Zapata S, Craig PA, Hall BL, Jiang J, Koeppe JR, Mills SA,
#=GF RA Pikaart MJ, Roberts R, Bromberg Y, Hoyer JS, Duffy S, Tischfield
#=GF RA J, Ruiz FX, Arnold E, Baum J, Sandberg J, Brannigan G, Khare SD,
#=GF RA Burley SK;
#=GF RL Proteins. 2021; [Epub ahead of print]
#=GF DR INTERPRO; IPR001205;
#=GF DR SCOP; 1rdr; fa;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This family represents the RNA-directed RNA polymerase found in
#=GF CC many positive strand RNA eukaryotic viruses. Structural studies
#=GF CC indicate that these proteins form the "right hand" structure
#=GF CC found in all oligonucleotide polymerases, containing thumb,
#=GF CC finger and palm domains, and also the additional bridging finger
#=GF CC and thumb domains unique to RNA-directed RNA polymerases
#=GF CC [1,2,3,4]. Remdesivir, a recent treatment approved for Covid-19
#=GF CC disease, directly interacts with this region of the RdRp (NSP12)
#=GF CC from SARS-CoV-2 and explains its mechanism of action via
#=GF CC delayed-chain termination [5].
#=GF SQ 884
#=GS A0A1W6S3T2_9VIRU/580-748 AC A0A1W6S3T2.1
#=GS A0A1L3KM33_9VIRU/1528-2004 AC A0A1L3KM33.1
#=GS A0A1L3KJH1_9VIRU/1417-1819 AC A0A1L3KJH1.1
#=GS A0A2V0A0B8_9VIRU/578-744 AC A0A2V0A0B8.1
#=GS A0A1L3KEY3_9VIRU/13-288 AC A0A1L3KEY3.1
#=GS A0A0U1WHD1_9ALPC/4671-5018 AC A0A0U1WHD1.1
#=GS A0A1L3KJB7_9VIRU/2424-2891 AC A0A1L3KJB7.1
#=GS A0A1L3KNK0_9VIRU/2010-2461 AC A0A1L3KNK0.1
#=GS RPOA_EAVBU/1932-2332 AC P19811.3
#=GS A0A386RW12_9VIRU/568-743 AC A0A386RW12.1
#=GS Q4FCM7_9VIRU/30-445 AC Q4FCM7.2
#=GS A0A1L3KJC5_9VIRU/1681-2122 AC A0A1L3KJC5.1
#=GS POL1_TOTV/1145-1621 AC A1XIP9.1
#=GS A0A1L3KEG3_9VIRU/15-247 AC A0A1L3KEG3.1
#=GS E7E1E8_9VIRU/243-552 AC E7E1E8.1
#=GS A0A1L3KEG0_9VIRU/55-272 AC A0A1L3KEG0.1
#=GS A0A1L3KNV1_9VIRU/2393-2874 AC A0A1L3KNV1.1
#=GS A0A1L3KLU7_9VIRU/1553-2071 AC A0A1L3KLU7.1
#=GS A0A1L3KHQ2_9VIRU/1511-1898 AC A0A1L3KHQ2.1
#=GS A0A1L3KJE4_9VIRU/1017-1472 AC A0A1L3KJE4.1
#=GS S5M6Q2_9VIRU/46-480 AC S5M6Q2.1
#=GS A0A1L3KEL1_9VIRU/68-353 AC A0A1L3KEL1.1
#=GS A0A1L3KGY9_9VIRU/1095-1554 AC A0A1L3KGY9.1
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#=GS Q0ZJK7_CVHK1/4912-5239 AC Q0ZJK7.1
#=GS A0A1L3KNG8_9VIRU/1489-1941 AC A0A1L3KNG8.1
#=GS A0A1L3KM73_9VIRU/2631-3092 AC A0A1L3KM73.1
#=GS POLG_TRMVU/2364-2780 AC A4KZ49.3
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#=GS POLG_SPMMV/2689-3107 AC P89201.1
#=GS A0A1L3KNN9_9VIRU/1220-1685 AC A0A1L3KNN9.1
#=GS O55319_9VIRU/1615-2046 AC O55319.1
#=GS A0A1L3KNT2_9VIRU/35-420 AC A0A1L3KNT2.1
#=GS A0A1L3KMD9_9VIRU/1548-1968 AC A0A1L3KMD9.1
#=GS A0A1L3KEH6_9VIRU/49-347 AC A0A1L3KEH6.1
#=GS POL1_BBWVS/1186-1655 AC Q76L40.1
#=GS F4YYF3_HUNVO/1824-2233 AC F4YYF3.1
#=GS A0A1L3KJL3_9VIRU/1540-2032 AC A0A1L3KJL3.1
#=GS A0A1L3KNQ7_9VIRU/1590-1994 AC A0A1L3KNQ7.1
#=GS A0A1L2KGC3_9ALPC/4567-4906 AC A0A1L2KGC3.1
#=GS A0A1L3KKR1_9VIRU/1689-2048 AC A0A1L3KKR1.1
#=GS R1AB_BEV/5030-5351 AC P0C6V7.1
#=GS A0A1L3KEM1_9VIRU/55-423 AC A0A1L3KEM1.1
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#=GS POLG_BSTV1/2310-2733 AC Q65730.1
#=GS A0A1L3KM16_9VIRU/1128-1568 AC A0A1L3KM16.1
#=GS A0A1L3KNA2_9VIRU/1089-1539 AC A0A1L3KNA2.1
#=GS A0A1L3KKR6_9VIRU/1349-1746 AC A0A1L3KKR6.1
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#=GS B1NEV0_9VIRU/568-801 AC B1NEV0.2
#=GS Q9WJ28_PTV1F/1809-2217 AC Q9WJ28.1
#=GS E9L812_MEGR1/2365-2789 AC E9L812.1
#=GS A0A1L3KKX6_9VIRU/1484-1948 AC A0A1L3KKX6.1
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#=GS POLG_PVYN/2312-2736 AC P18247.2
#=GS A0A1L3KGI6_9VIRU/537-796 AC A0A1L3KGI6.1
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#=GS I6LMN0_9NIDO/5291-5609 AC I6LMN0.1
#=GS M4PJD6_AVISV/1729-2143 AC M4PJD6.1
#=GS A0A6P3WRP4_DINQU/66-351 AC A0A6P3WRP4.1
#=GS A0A1L3KNL7_9VIRU/1359-1648 AC A0A1L3KNL7.1
#=GS A0A1L3KEJ6_9VIRU/30-299 AC A0A1L3KEJ6.1
#=GS A0A1L3KNH5_9VIRU/1267-1686 AC A0A1L3KNH5.1
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#=GS A0A1L3KJ85_9VIRU/1236-1623 AC A0A1L3KJ85.1
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#=GS B3U1H4_YHV/4735-5003 AC B3U1H4.1
#=GS A0A097ZPI0_9PICO/1729-2148 AC A0A097ZPI0.1
#=GS POL1_CRLVP/1586-2063 AC Q6EWG9.1
#=GS A0A1L3KL07_9VIRU/1374-1807 AC A0A1L3KL07.1
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#=GS A0A0F6PMZ2_9NIDO/3528-3886 AC A0A0F6PMZ2.1
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#=GS A0A1L3KNK6_9VIRU/1156-1599 AC A0A1L3KNK6.1
#=GS A0A1L3KE94_9VIRU/454-672 AC A0A1L3KE94.1
#=GS A0A0E3J9G4_9NIDO/417-754 AC A0A0E3J9G4.1
#=GS RPOA_SHFV/2295-2719 AC Q68772.4
#=GS R1AB_CVH22/4560-4950 AC P0C6X1.1
#=GS L8B8G3_9VIRU/177-541 AC L8B8G3.1
#=GS RDRP_NODAM/537-758 AC Q9IMM4.1
#=GS R1AB_WBV24/5003-5331 AC Q008X6.1
#=GS A0A0A7UXS1_9BETC/4885-5200 AC A0A0A7UXS1.1
#=GS A0A1L3KFT8_9VIRU/130-377 AC A0A1L3KFT8.1
#=GS A0A1L3KIW6_9VIRU/1063-1460 AC A0A1L3KIW6.1
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#=GS A0A1L3KKW6_9VIRU/2218-2671 AC A0A1L3KKW6.1
#=GS A0A1B2RVR0_9VIRU/2039-2390 AC A0A1B2RVR0.1
#=GS A8D7N3_AQUAV/1593-2006 AC A8D7N3.1
#=GS A0A1L3KHV7_9VIRU/1239-1692 AC A0A1L3KHV7.1
#=GS A0A140DLX1_9VIRU/1026-1474 AC A0A140DLX1.1
#=GS A0A1L3KNL5_9VIRU/2199-2661 AC A0A1L3KNL5.1
#=GS A0A220IGS6_9VIRU/1553-1994 AC A0A220IGS6.1
#=GS POLG_VESVA/1386-1832 AC Q9DUN3.1
#=GS A0A1L3KLY1_9VIRU/1510-2004 AC A0A1L3KLY1.1
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#=GS R1AB_SARS2/4858-5184 AC P0DTD1.1
#=GS E0ZN59_BCHK9/4669-4993 AC E0ZN59.1
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