GenomeNet

Database: Pfam
Entry: Rhabdo_ncap
LinkDB: Rhabdo_ncap
Original site: Rhabdo_ncap 
#=GF ID   Rhabdo_ncap
#=GF AC   PF00945.22
#=GF DE   Rhabdovirus nucleocapsid protein
#=GF PI   Rhabd_nucleocap;
#=GF AU   Finn RD;0000-0001-8626-2148
#=GF AU   Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF SE   Pfam-B_477 (release 3.0)
#=GF GA   26.00 26.00;
#=GF TC   26.30 26.20;
#=GF NC   25.70 21.60;
#=GF BM   hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM   hmmsearch --cpu 4 -E 1000 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP   Family
#=GF CL   CL0156
#=GF RN   [1]
#=GF RM   9603315
#=GF RT   Identification of a region of the rabies virus N protein
#=GF RT   involved in direct binding to the viral RNA. 
#=GF RA   Kouznetzoff A, Buckle M, Tordo N; 
#=GF RL   J Gen Virol 1998;79:1005-1013.
#=GF RN   [2]
#=GF RM   9501055
#=GF RT   The specificity of rabies virus RNA encapsidation by
#=GF RT   nucleoprotein. 
#=GF RA   Yang J, Hooper DC, Wunner WH, Koprowski H, Dietzschold B, Fu ZF; 
#=GF RL   Virology 1998;242:107-117.
#=GF DR   INTERPRO; IPR000448;
#=GF DR   SCOP; 1kbg; fa;
#=GF DR   SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC   The Nucleocapsid (N) Protein is said to have a "tight"
#=GF CC   structure. The carboxyl end of the N-terminal domain possesses
#=GF CC   an RNA binding domain. Sequence alignments show 2 regions of
#=GF CC   reasonable conservation,  approx. 64-103 and 201-329 [1].  A
#=GF CC   whole functional protein is required  for encapsidation to take
#=GF CC   place [2].
#=GF SQ   209
#=GS U3LXK0_9RHAB/10-406       AC U3LXK0.1
#=GS C8CAP8_9RHAB/11-419       AC C8CAP8.1
#=GS A0A0B5KXJ0_9RHAB/11-430   AC A0A0B5KXJ0.1
#=GS A0A140D8L7_9RHAB/18-445   AC A0A140D8L7.1
#=GS A0A182HB83_AEDAL/7-332    AC A0A182HB83.1
#=GS B0WS86_CULQU/88-248       AC B0WS86.1
#=GS B2X7D1_9RHAB/13-425       AC B2X7D1.1
#=GS A0A6I8TK53_AEDAE/3-292    AC A0A6I8TK53.1
#=GS A0A8W7J463_AEDAE/2-336    AC A0A8W7J463.1
#=GS A0A0A1E6C9_9RHAB/28-436   AC A0A0A1E6C9.1
#=GS A0A0D3R162_9RHAB/11-407   AC A0A0D3R162.1
#=GS F7J0U9_9RHAB/15-403       AC F7J0U9.1
#=GS C8CJE6_9RHAB/19-449       AC C8CJE6.1
#=GS A0A0D3R0W6_9RHAB/11-404   AC A0A0D3R0W6.1
#=GS A0A2P1GNA1_9RHAB/11-416   AC A0A2P1GNA1.1
#=GS A0A2P1BSY6_9RHAB/11-407   AC A0A2P1BSY6.1
#=GS A0A0B5KRL2_9RHAB/12-421   AC A0A0B5KRL2.1
#=GS A0A1L3KN95_9RHAB/24-392   AC A0A1L3KN95.1
#=GS A0A5E4PRP2_9NEOP/172-221  AC A0A5E4PRP2.1
#=GS I1SV87_9RHAB/1-307        AC I1SV87.1
#=GS A0A1L3KMW0_9RHAB/14-436   AC A0A1L3KMW0.1
#=GS A0A0C5C384_9RHAB/6-412    AC A0A0C5C384.1
#=GS A0A0D3R128_9RHAB/6-415    AC A0A0D3R128.1
#=GS A0A0D3R1K1_9RHAB/6-412    AC A0A0D3R1K1.1
#=GS K4HJF6_ARV/6-414          AC K4HJF6.1
#=GS D2E9X3_9RHAB/9-402        AC D2E9X3.1
#=GS A0A068EWX6_9RHAB/9-408    AC A0A068EWX6.1
#=GS B7Q307_IXOSC/17-251       AC B7Q307.1
#=GS A0A291I346_9RHAB/36-403   AC A0A291I346.1
#=GS A0A164KMI7_9CRUS/4-258    AC A0A164KMI7.1
#=GS A0A0D3R1K4_9RHAB/6-407    AC A0A0D3R1K4.1
#=GS A0A3P7RYI8_BRUPA/2-274    AC A0A3P7RYI8.1
#=GS A0A059TZZ5_9RHAB/6-416    AC A0A059TZZ5.1
#=GS A0A0D3R163_9RHAB/13-415   AC A0A0D3R163.1
#=GS A0A0D3R1L0_9RHAB/6-420    AC A0A0D3R1L0.1
#=GS NCAP_WCBV/11-429          AC Q5VKP2.1
#=GS X4R286_9RHAB/15-401       AC X4R286.1
#=GS A0A183EDG3_9BILA/24-167   AC A0A183EDG3.1
#=GS A0A1L3KMV4_9VIRU/21-388   AC A0A1L3KMV4.1
#=GS A0A140D8P2_9RHAB/14-429   AC A0A140D8P2.1
#=GS NCAP_TUPVT/12-413         AC Q4VKV8.1
#=GS A0A6G0XI17_APHCR/797-859  AC A0A6G0XI17.1
#=GS A0A5B8HB23_9RHAB/42-443   AC A0A5B8HB23.1
#=GS A0A023T306_9RHAB/9-410    AC A0A023T306.1
#=GS A0A0D3R1I6_9RHAB/6-421    AC A0A0D3R1I6.1
#=GS A0A1L2YZU9_9RHAB/11-391   AC A0A1L2YZU9.1
#=GS A0A140DDD7_9RHAB/40-439   AC A0A140DDD7.1
#=GS A0A0N4TGX4_BRUPA/34-192   AC A0A0N4TGX4.1
#=GS A0A8N4L9W3_BACDO/2-187    AC A0A8N4L9W3.1
#=GS NCAP_CHAV/10-406          AC P11211.1
#=GS A0A177BBM1_9BILA/86-246   AC A0A177BBM1.1
#=GS A0A0R3PS57_ANGCS/1-179    AC A0A0R3PS57.1
#=GS A0A1I9RGZ6_9RHAB/11-429   AC A0A1I9RGZ6.1
#=GS X4QGP3_9RHAB/14-380       AC X4QGP3.1
#=GS B7QBH0_IXOSC/19-190       AC B7QBH0.1
#=GS A0A0D3R1B9_9RHAB/11-418   AC A0A0D3R1B9.1
#=GS A0A096ZGU0_9RHAB/7-410    AC A0A096ZGU0.1
#=GS A0A1N7TF61_9RHAB/15-391   AC A0A1N7TF61.1
#=GS A0A0N4UT64_ENTVE/77-441   AC A0A0N4UT64.1
#=GS A0A6I8TYJ2_AEDAE/14-409   AC A0A6I8TYJ2.1
#=GS NCAP_MOKV/11-429          AC P0C570.1
#=GS A0A7D0MS05_9RHAB/6-417    AC A0A7D0MS05.1
#=GS I1SV86_9RHAB/10-405       AC I1SV86.1
#=GS A0A0B5KXC5_9RHAB/38-427   AC A0A0B5KXC5.1
#=GS A0A0D3R1D3_9RHAB/6-417    AC A0A0D3R1D3.1
#=GS A0A0D3R210_9RHAB/16-430   AC A0A0D3R210.1
#=GS A0A0D3R1P4_9RHAB/6-412    AC A0A0D3R1P4.1
#=GS A0A0R6BY30_9RHAB/13-373   AC A0A0R6BY30.1
#=GS A0A3S1HLA0_ELYCH/1-328    AC A0A3S1HLA0.1
#=GS A0A0N4T3F6_BRUPA/8-92     AC A0A0N4T3F6.1
#=GS A0A1S4EWY1_AEDAE/6-321    AC A0A1S4EWY1.1
#=GS A0A0D3R2A8_9RHAB/10-412   AC A0A0D3R2A8.1
#=GS Q91DS6_SVCVA/8-402        AC Q91DS6.1
#=GS D8V079_9RHAB/6-409        AC D8V079.1
#=GS A0A1L3KMS3_9VIRU/54-413   AC A0A1L3KMS3.1
#=GS D3GGK8_9RHAB/6-413        AC D3GGK8.1
#=GS T1KUS5_TETUR/21-397       AC T1KUS5.1
#=GS A0A498T0S5_ACAVI/31-227   AC A0A498T0S5.1
#=GS A0A0D3R205_9RHAB/11-404   AC A0A0D3R205.1
#=GS A0PCD5_9RHAB/11-429       AC A0PCD5.1
#=GS A0A498SUM1_ACAVI/121-379  AC A0A498SUM1.1
#=GS B0WS86_CULQU/242-363      AC B0WS86.1
#=GS A0A0D3R117_9RHAB/6-420    AC A0A0D3R117.1
#=GS T1KD13_TETUR/16-360       AC T1KD13.1
#=GS A0A0D3R100_9RHAB/11-409   AC A0A0D3R100.1
#=GS A0A220F3V4_9RHAB/14-412   AC A0A220F3V4.1
#=GS A0A1L3KN17_9VIRU/9-400    AC A0A1L3KN17.1
#=GS A0A0A0V296_9RHAB/11-408   AC A0A0A0V296.1
#=GS T1KD12_TETUR/7-334        AC T1KD12.1
#=GS A0A0B5KXR7_9RHAB/12-417   AC A0A0B5KXR7.1
#=GS A0A0D3R0Y2_9RHAB/6-418    AC A0A0D3R0Y2.1
#=GS A0A183DW57_9BILA/222-409  AC A0A183DW57.1
#=GS A0A0N4TGX4_BRUPA/196-338  AC A0A0N4TGX4.1
#=GS A0A1S4EY92_AEDAE/62-461   AC A0A1S4EY92.1
#=GS A0A0D3R1I0_9RHAB/6-411    AC A0A0D3R1I0.1
#=GS NCAP_VSIVA/10-405         AC P03521.1
#=GS NCAP_DMSVA/11-419         AC A7WNA9.2
#=GS A0A3S8TMM7_9RHAB/12-379   AC A0A3S8TMM7.1
#=GS A0A0C4MKA2_9RHAB/14-412   AC A0A0C4MKA2.1
#=GS A0A6I8U488_AEDAE/4-316    AC A0A6I8U488.1
#=GS A0A6I8TSU2_AEDAE/63-449   AC A0A6I8TSU2.1
#=GS NCAP_RABVS/11-429         AC P16285.1
#=GS A0A0B5KKC9_9RHAB/47-469   AC A0A0B5KKC9.1
#=GS NCAP_RABVP/11-429         AC P06025.1
#=GS A0A183EDG3_9BILA/161-241  AC A0A183EDG3.1
#=GS A0A8I6S421_CIMLE/1-167    AC A0A8I6S421.1
#=GS A0A249Y6Y9_9RHAB/10-404   AC A0A249Y6Y9.1
#=GS A0A0B5KEY6_9RHAB/41-401   AC A0A0B5KEY6.1
#=GS NCAP_ABLVB/11-429         AC Q9QSP4.1
#=GS A0A182G167_AEDAL/9-331    AC A0A182G167.1
#=GS A0A077CWF7_9RHAB/6-423    AC A0A077CWF7.1
#=GS A0A8B7NI15_HYAAZ/10-418   AC A0A8B7NI15.1
#=GS A0A0D3R1X4_9RHAB/6-416    AC A0A0D3R1X4.1
#=GS A0A1L3KNA6_9RHAB/23-388   AC A0A1L3KNA6.1
#=GS A0A0D3R1U9_9RHAB/6-423    AC A0A0D3R1U9.1
#=GS I3NUX4_9RHAB/6-416        AC I3NUX4.1
#=GS NCAP_SVCV/8-402           AC Q91DS3.1
#=GS A0A0D3R0W9_9RHAB/6-407    AC A0A0D3R0W9.1
#=GS A0A0B5KXC1_9RHAB/45-461   AC A0A0B5KXC1.1
#=GS E3P8Y7_9RHAB/14-408       AC E3P8Y7.1
#=GS U5NEN0_9RHAB/15-412       AC U5NEN0.1
#=GS A0A2K9YNH4_9RHAB/6-410    AC A0A2K9YNH4.1
#=GS A0A1L3KN06_9VIRU/11-404   AC A0A1L3KN06.1
#=GS A0A0B5KTN3_9RHAB/13-409   AC A0A0B5KTN3.1
#=GS A0A8L7TII3_BRUMA/3-197    AC A0A8L7TII3.1
#=GS A0A1Z2RT82_9RHAB/15-404   AC A0A1Z2RT82.1
#=GS A0A5E4QLR0_9NEOP/42-135   AC A0A5E4QLR0.1
#=GS A0A0D3R130_9RHAB/11-439   AC A0A0D3R130.1
#=GS A0A6G0XI17_APHCR/856-923  AC A0A6G0XI17.1
#=GS A0A096ZGS9_9RHAB/6-410    AC A0A096ZGS9.1
#=GS B4IPH4_DROSE/6-201        AC B4IPH4.1
#=GS A0A821XLZ2_9NEOP/29-202   AC A0A821XLZ2.1
#=GS V5KXV4_9RHAB/10-406       AC V5KXV4.1
#=GS A0A0B5KXT6_9RHAB/12-406   AC A0A0B5KXT6.1
#=GS NCAP_TIBVC/6-412          AC D8V070.1
#=GS K7X0L8_PRVF/11-405        AC K7X0L8.1
#=GS NCAP_EBLV2/11-429         AC A4UHQ3.1
#=GS E0VAT6_PEDHC/60-131       AC E0VAT6.1
#=GS A0A0B5KRG5_9RHAB/12-420   AC A0A0B5KRG5.1
#=GS A0A182G168_AEDAL/8-334    AC A0A182G168.1
#=GS A0A0B5KXQ9_9RHAB/12-417   AC A0A0B5KXQ9.1
#=GS A0A024A135_9RHAB/12-413   AC A0A024A135.1
#=GS T1KUS4_TETUR/31-366       AC T1KUS4.1
#=GS A0A097A599_9RHAB/6-424    AC A0A097A599.1
#=GS A0A140D8K5_9RHAB/36-450   AC A0A140D8K5.1
#=GS A0A140D8M4_9RHAB/50-448   AC A0A140D8M4.1
#=GS J7K0G1_9RHAB/11-429       AC J7K0G1.1
#=GS A0A1L3KMX4_9RHAB/16-429   AC A0A1L3KMX4.1
#=GS A0A140D8P8_9RHAB/17-440   AC A0A140D8P8.1
#=GS A0A0D3R1C1_9RHAB/12-399   AC A0A0D3R1C1.1
#=GS H8XWF0_9RHAB/6-410        AC H8XWF0.1
#=GS A0A182G166_AEDAL/18-315   AC A0A182G166.1
#=GS T1L679_TETUR/24-233       AC T1L679.2
#=GS S5TKS4_9RHAB/10-405       AC S5TKS4.1
#=GS A0A0D3R124_9RHAB/18-386   AC A0A0D3R124.1
#=GS NCAP_VSNJO/10-405         AC P04881.1
#=GS A0A0B5KTP0_9RHAB/14-406   AC A0A0B5KTP0.1
#=GS A0A0D3R167_9RHAB/12-413   AC A0A0D3R167.1
#=GS A0A8W7H170_AEDAE/63-449   AC A0A8W7H170.1
#=GS B7PM24_IXOSC/1-100        AC B7PM24.1
#=GS A0A0D3R1U0_9RHAB/12-403   AC A0A0D3R1U0.1
#=GS A0A0D3R1I1_9RHAB/14-410   AC A0A0D3R1I1.1
#=GS A0A2Z2CP69_9RHAB/9-405    AC A0A2Z2CP69.1
#=GS A0A0N4TZZ9_BRUPA/1-239    AC A0A0N4TZZ9.1
#=GS M4W6E4_9RHAB/10-408       AC M4W6E4.1
#=GS A0A140D047_9RHAB/19-408   AC A0A140D047.1
#=GS A0A068J4Q8_9RHAB/6-407    AC A0A068J4Q8.1
#=GS W8QMD1_9RHAB/14-400       AC W8QMD1.1
#=GS A0A5E4R588_9NEOP/15-210   AC A0A5E4R588.1
#=GS NCAP_EBLV1/11-429         AC A4UHP8.1
#=GS A0A182HB84_AEDAL/11-335   AC A0A182HB84.1
#=GS B7PPY5_IXOSC/12-251       AC B7PPY5.1
#=GS A0A0A1E6D1_9RHAB/13-410   AC A0A0A1E6D1.1
#=GS T1KUS3_TETUR/25-371       AC T1KUS3.1
#=GS A0A0D3R1S3_9RHAB/11-406   AC A0A0D3R1S3.1
#=GS A0A6G0VVI6_APHCR/1-297    AC A0A6G0VVI6.1
#=GS A0A183DW57_9BILA/4-211    AC A0A183DW57.1
#=GS A0A0D3R1X2_9RHAB/6-435    AC A0A0D3R1X2.1
#=GS T1L679_TETUR/235-352      AC T1L679.2
#=GS A0A0D3R197_9RHAB/7-354    AC A0A0D3R197.1
#=GS M9T1J2_9RHAB/12-413       AC M9T1J2.1
#=GS A0A0N4UYX9_ENTVE/86-294   AC A0A0N4UYX9.1
#=GS E7D0U0_9RHAB/6-413        AC E7D0U0.1
#=GS A0A1I9L1W8_PIRYV/10-410   AC A0A1I9L1W8.1
#=GS A0A140D8J9_9RHAB/43-443   AC A0A140D8J9.1
#=GS R9ZTJ8_9RHAB/11-408       AC R9ZTJ8.1
#=GS A0A6I8U518_AEDAE/5-392    AC A0A6I8U518.1
#=GS NCAP_BEFVB/6-416          AC Q65474.1
#=GS B7P8G7_IXOSC/1-226        AC B7P8G7.1
#=GS A0A482M0A6_9RHAB/34-385   AC A0A482M0A6.1
#=GS A0A1U9YAZ7_9RHAB/38-452   AC A0A1U9YAZ7.1
#=GS K4FL64_9RHAB/11-410       AC K4FL64.1
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