#=GF ID Staufen_C
#=GF AC PF16482.9
#=GF DE Staufen C-terminal domain
#=GF AU Eberhardt R;0000-0001-6152-1369
#=GF SE PDB:4dkk
#=GF GA 27.00 27.00;
#=GF TC 27.00 27.00;
#=GF NC 26.90 26.90;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0196
#=GF RN [1]
#=GF RM 23524536
#=GF RT Staufen1 dimerizes through a conserved motif and a degenerate
#=GF RT dsRNA-binding domain to promote mRNA decay.
#=GF RA Gleghorn ML, Gong C, Kielkopf CL, Maquat LE;
#=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2013;20:515-524.
#=GF DR INTERPRO; IPR032478;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This is the C-terminal domain of Staufen proteins. It consists
#=GF CC of an N-terminal Staufen-swapping motif (SSM) comprising two
#=GF CC alpha helices, connected by a linker region to a
#=GF CC dsRNA-binding-like domain ('RBD'). The 'RBD' has the fold of a
#=GF CC functional dsRNA-binding domain, but lacks the residues required
#=GF CC to bind RNA. This domain is responsible for dimerisation, the
#=GF CC SSM from one molecule interacts with the 'RBD' of another [1].
#=GF SQ 2724
#=GS A0A7K5LML6_VIRAL/543-654 AC A0A7K5LML6.1
#=GS A0A7M7GRE2_APIME/646-743 AC A0A7M7GRE2.1
#=GS A0A7J7TJM7_MYOMY/150-218 AC A0A7J7TJM7.1
#=GS A0A7J8DVI8_MOLMO/423-488 AC A0A7J8DVI8.1
#=GS H3DB76_TETNG/523-634 AC H3DB76.1
#=GS A0A3B5PTL0_XIPMA/543-642 AC A0A3B5PTL0.1
#=GS A0A7N6BLV0_ANATE/470-539 AC A0A7N6BLV0.1
#=GS A0A8C5GU54_9TELE/447-553 AC A0A8C5GU54.1
#=GS A0A6J0SFM9_9SAUR/543-653 AC A0A6J0SFM9.1
#=GS A0A7K5EQZ0_POLCE/541-652 AC A0A7K5EQZ0.1
#=GS A0A094LI94_ANTCR/445-502 AC A0A094LI94.1
#=GS A0A6J3BEA1_VICPA/598-709 AC A0A6J3BEA1.1
#=GS K7FV25_PELSI/539-650 AC K7FV25.1
#=GS A0A3Q3MTS2_9TELE/466-577 AC A0A3Q3MTS2.2
#=GS A0A7L1RWU0_9PASS/540-651 AC A0A7L1RWU0.1
#=GS A0A671RVT7_9TELE/194-284 AC A0A671RVT7.1
#=GS A0A671MXC0_9TELE/194-284 AC A0A671MXC0.1
#=GS A0A7J7TK70_MYOMY/423-491 AC A0A7J7TK70.1
#=GS A0A3P8UQ99_CYNSE/208-299 AC A0A3P8UQ99.1
#=GS A0A8C9BHF1_PHOSS/423-479 AC A0A8C9BHF1.1
#=GS A0A6J2T3W6_DROLE/923-1022 AC A0A6J2T3W6.1
#=GS A0A7J8DUX4_MOLMO/118-186 AC A0A7J8DUX4.1
#=GS A0A7K8RDM4_9PASS/455-523 AC A0A7K8RDM4.1
#=GS A0A672IEW2_SALFA/508-619 AC A0A672IEW2.1
#=GS A0A8C2TK59_COTJA/527-633 AC A0A8C2TK59.1
#=GS A0A6J3G2R9_SAPAP/446-557 AC A0A6J3G2R9.1
#=GS A0A8C4DBZ6_DICLA/541-649 AC A0A8C4DBZ6.2
#=GS A0A7L4G711_9COLU/455-522 AC A0A7L4G711.1
#=GS A0A8C7CIU4_ONCKI/551-650 AC A0A8C7CIU4.1
#=GS A0A669EW86_ORENI/467-530 AC A0A669EW86.1
#=GS A0A6J2MNT0_9CHIR/371-482 AC A0A6J2MNT0.2
#=GS A0A6J3HAS1_SAPAP/455-522 AC A0A6J3HAS1.1
#=GS A0A452HDC4_9SAUR/487-598 AC A0A452HDC4.1
#=GS A0A8C5V7Q0_MICMU/435-491 AC A0A8C5V7Q0.1
#=GS A0A7L4EW87_HIRRU/455-523 AC A0A7L4EW87.1
#=GS A0A8C5MWL6_9ANUR/506-617 AC A0A8C5MWL6.1
#=GS A0A8B7RG08_HIPAR/419-525 AC A0A8B7RG08.1
#=GS A0A8D2AQI9_SCIVU/446-557 AC A0A8D2AQI9.1
#=GS A0A8C8EEC6_9STRI/535-646 AC A0A8C8EEC6.1
#=GS H2RW62_TAKRU/485-593 AC H2RW62.3
#=GS A0A5N4CV40_CAMDR/592-703 AC A0A5N4CV40.1
#=GS A0A3P9D361_9CICH/469-536 AC A0A3P9D361.1
#=GS A0A7L4DV62_9AVES/541-652 AC A0A7L4DV62.1
#=GS A0A7L3VAC9_MOLAT/543-654 AC A0A7L3VAC9.1
#=GS A0A7L4K4V4_9AVES/541-652 AC A0A7L4K4V4.1
#=GS A0A8C7BEE3_NEOVI/455-561 AC A0A8C7BEE3.1
#=GS A0A2Y9SZI9_PHYMC/468-579 AC A0A2Y9SZI9.1
#=GS A0A7K8Z0U0_9PASS/541-652 AC A0A7K8Z0U0.1
#=GS A0A7J7VNT5_PIPKU/455-522 AC A0A7J7VNT5.1
#=GS A0A3Q0FPK3_ALLSI/546-657 AC A0A3Q0FPK3.1
#=GS A0A672I375_SALFA/207-301 AC A0A672I375.1
#=GS A0A7K5I3H4_CROSL/541-652 AC A0A7K5I3H4.1
#=GS A0A7L2ZL58_9PASE/543-654 AC A0A7L2ZL58.1
#=GS A0A8J4KWD1_APTPA/455-523 AC A0A8J4KWD1.1
#=GS A0A6P7H4T1_9TELE/240-329 AC A0A6P7H4T1.1
#=GS A0A7L1Y4K0_9PASS/455-527 AC A0A7L1Y4K0.1
#=GS A0A087UJT1_STEMI/579-688 AC A0A087UJT1.1
#=GS A0A6J2JS26_BOMMA/660-767 AC A0A6J2JS26.1
#=GS A0A7N5JR65_AILME/423-491 AC A0A7N5JR65.1
#=GS A0A8B7RG03_HIPAR/474-580 AC A0A8B7RG03.1
#=GS A0A812BM16_SEPPH/175-227 AC A0A812BM16.1
#=GS A0A6J0SFL7_9SAUR/539-649 AC A0A6J0SFL7.1
#=GS A0A1V4KGP1_PATFA/527-595 AC A0A1V4KGP1.1
#=GS A0A8C3U1D5_CATUS/527-633 AC A0A8C3U1D5.1
#=GS A0A7K7AGD8_9AVES/541-652 AC A0A7K7AGD8.1
#=GS A0A7L2VGY2_9AVES/541-652 AC A0A7L2VGY2.1
#=GS A0A667YFL7_9TELE/474-585 AC A0A667YFL7.1
#=GS H2PQK3_PONAB/455-561 AC H2PQK3.3
#=GS A0A7K7L033_9AVES/541-652 AC A0A7K7L033.1
#=GS A0A7K8LQJ6_9CORV/455-523 AC A0A7K8LQJ6.1
#=GS A0A669NZZ8_PHACC/541-652 AC A0A669NZZ8.1
#=GS A0A4W5LWC0_9TELE/544-656 AC A0A4W5LWC0.1
#=GS A0A6J1YCT5_ACIJB/556-667 AC A0A6J1YCT5.1
#=GS A0A7L3R2S3_9SYLV/543-654 AC A0A7L3R2S3.1
#=GS A0A7K7G6E7_ERIRU/541-650 AC A0A7K7G6E7.1
#=GS A0A7L1LQN4_BOMGA/541-652 AC A0A7L1LQN4.1
#=GS A0A452DMX0_CAPHI/349-460 AC A0A452DMX0.1
#=GS A0A6J2VHD8_CHACN/548-659 AC A0A6J2VHD8.1
#=GS A0A2K5YWB8_MANLE/240-287 AC A0A2K5YWB8.1
#=GS A0A8B8V8P8_BALMU/365-476 AC A0A8B8V8P8.1
#=GS F7E8M3_MACMU/435-503 AC F7E8M3.3
#=GS F6RX51_MONDO/216-312 AC F6RX51.1
#=GS A0A8D2FZ46_THEGE/351-457 AC A0A8D2FZ46.1
#=GS STAU2_XENTR/472-578 AC Q5M7M7.1
#=GS A0A6P4XNW0_BRABE/229-322 AC A0A6P4XNW0.1
#=GS A0A8C4C676_9TELE/530-641 AC A0A8C4C676.1
#=GS A0A7J7VNI8_PIPKU/435-490 AC A0A7J7VNI8.1
#=GS A0A6J3H9N6_SAPAP/417-532 AC A0A6J3H9N6.1
#=GS A0A553PCR4_TIGCA/282-381 AC A0A553PCR4.1
#=GS A0A3P8U7C8_AMPPE/541-647 AC A0A3P8U7C8.1
#=GS A0A2U9C980_SCOMX/230-318 AC A0A2U9C980.1
#=GS A0A8B9U5N4_9AVES/608-663 AC A0A8B9U5N4.1
#=GS A0A7F5QVE5_AGRPL/413-504 AC A0A7F5QVE5.1
#=GS A0A8K1LPZ3_9PASS/527-633 AC A0A8K1LPZ3.1
#=GS A0A674NX81_TAKRU/466-540 AC A0A674NX81.1
#=GS A0A7J7W0Z3_MYOMY/234-345 AC A0A7J7W0Z3.1
#=GS A0A8B7RDM4_HIPAR/455-561 AC A0A8B7RDM4.1
#=GS A0A7K4WGZ3_9TYRA/455-523 AC A0A7K4WGZ3.1
#=GS A0A091K4C6_COLST/446-503 AC A0A091K4C6.1
#=GS A0A5F9C8W3_RABIT/435-491 AC A0A5F9C8W3.1
#=GS A0A6H5HMP8_9HEMI/228-323 AC A0A6H5HMP8.1
#=GS A0A7L2J0H6_CINMU/541-652 AC A0A7L2J0H6.1
#=GS A0A8C3KP58_9CHAR/455-549 AC A0A8C3KP58.1
#=GS A0A8I5TJA8_PONAB/387-455 AC A0A8I5TJA8.1
#=GS A0A8I5MWN3_PAPAN/455-561 AC A0A8I5MWN3.1
#=GS L5JV91_PTEAL/455-510 AC L5JV91.1
#=GS A0A6P5K3G1_PHACI/583-694 AC A0A6P5K3G1.1
#=GS A0A6P8Y5V5_DROAB/864-943 AC A0A6P8Y5V5.1
#=GS A0A8B9YU50_BOSMU/446-557 AC A0A8B9YU50.1
#=GS A0A8B8VM56_BALMU/417-523 AC A0A8B8VM56.1
#=GS A0A8C2SQE7_COTJA/502-613 AC A0A8C2SQE7.1
#=GS A0A8C4MRT4_EQUAS/474-541 AC A0A8C4MRT4.1
#=GS A0A8I3PYV2_CANLF/455-561 AC A0A8I3PYV2.1
#=GS A0A8C5JRL1_JUNHY/527-595 AC A0A8C5JRL1.1
#=GS A0A7L3MYB7_9AVES/541-652 AC A0A7L3MYB7.1
#=GS A0A851JCM8_9PASS/455-510 AC A0A851JCM8.1
#=GS A0A3Q7MPV4_CALUR/372-483 AC A0A3Q7MPV4.1
#=GS A0A8B9S819_APTOW/329-435 AC A0A8B9S819.1
#=GS A0A8C0UJJ4_CYACU/527-633 AC A0A8C0UJJ4.1
#=GS A0A8C6ZIN8_NOTPE/541-652 AC A0A8C6ZIN8.1
#=GS A0A452EBP3_CAPHI/455-512 AC A0A452EBP3.1
#=GS A0A8W8MCG6_CRAGI/232-321 AC A0A8W8MCG6.1
#=GS A0A7K7BPT7_APHCE/455-523 AC A0A7K7BPT7.1
#=GS A0A8C8WFC3_PANLE/547-658 AC A0A8C8WFC3.1
#=GS A0A671ESD0_RHIFE/283-351 AC A0A671ESD0.1
#=GS A0A7L0N6S0_9PASS/455-523 AC A0A7L0N6S0.1
#=GS A0A673VAX8_SURSU/423-529 AC A0A673VAX8.1
#=GS A0A8C9DLM6_PROSS/434-490 AC A0A8C9DLM6.1
#=GS A0A7J7TKN1_MYOMY/376-482 AC A0A7J7TKN1.1
#=GS A0A4W6D6Z9_LATCA/541-652 AC A0A4W6D6Z9.1
#=GS A0A663E4V9_AQUCH/527-628 AC A0A663E4V9.1
#=GS A0A7L2NUV6_PYCJO/319-387 AC A0A7L2NUV6.1
#=GS B5X2Y1_SALSA/541-653 AC B5X2Y1.1
#=GS A0A2K5P4T8_CERAT/455-561 AC A0A2K5P4T8.1
#=GS A0A7L2XFH1_9PASS/541-652 AC A0A7L2XFH1.1
#=GS A0A4W3H279_CALMI/421-484 AC A0A4W3H279.1
#=GS A0A7L2WPV0_PANHA/383-494 AC A0A7L2WPV0.1
#=GS G3W824_SARHA/205-312 AC G3W824.2
#=GS A0A6P6MAD9_CARAU/525-631 AC A0A6P6MAD9.1
#=GS A0A668V9R0_OREAU/521-632 AC A0A668V9R0.1
#=GS A0A671U090_SPAAU/537-648 AC A0A671U090.1
#=GS A0A8K1G7B8_9PASS/1464-1575 AC A0A8K1G7B8.1
#=GS A0A7K6EXW0_9PASS/455-523 AC A0A7K6EXW0.1
#=GS A0A2K5S1U7_CEBIM/455-555 AC A0A2K5S1U7.1
#=GS A0A553REB0_9TELE/383-494 AC A0A553REB0.1
#=GS A0A8B8V7U9_BALMU/572-683 AC A0A8B8V7U9.1
#=GS A0A4C1Y4S1_EUMVA/720-815 AC A0A4C1Y4S1.1
#=GS A0A3Q7TTB5_VULVU/455-560 AC A0A3Q7TTB5.1
#=GS A0A7K5BN26_MOTAL/455-523 AC A0A7K5BN26.1
#=GS A0A852HG95_9PASS/319-374 AC A0A852HG95.1
#=GS A0A8J6EYR3_ELECQ/520-626 AC A0A8J6EYR3.1
#=GS A0A7N4PVH0_SARHA/453-564 AC A0A7N4PVH0.1
#=GS A0A6J2UVQ4_CHACN/524-630 AC A0A6J2UVQ4.1
#=GS B4J9H0_DROGR/967-1047 AC B4J9H0.1
#=GS A0A7J6CPL4_9TELE/194-280 AC A0A7J6CPL4.1
#=GS A0A2K6GV66_PROCO/446-557 AC A0A2K6GV66.1
#=GS A0A7K8V4J1_9STRI/541-652 AC A0A7K8V4J1.1
#=GS A0A6J3BRT7_VICPA/479-547 AC A0A6J3BRT7.1
#=GS A0A7L3T5S3_RISTR/455-523 AC A0A7L3T5S3.1
#=GS A0A2J7QF80_9NEOP/664-756 AC A0A2J7QF80.1
#=GS A0A7K4RLL6_COLPI/455-523 AC A0A7K4RLL6.1
#=GS A0A091EH88_CORBR/455-523 AC A0A091EH88.1
#=GS A0A3Q1JWP8_ANATE/542-653 AC A0A3Q1JWP8.1
#=GS A0A7N5ZXE0_ANATE/426-491 AC A0A7N5ZXE0.1
#=GS A0A8C4TVG1_FALTI/447-558 AC A0A8C4TVG1.1
#=GS A0A851K8S2_VIDCH/455-523 AC A0A851K8S2.1
#=GS A0A8C0R2V4_CANLU/547-658 AC A0A8C0R2V4.1
#=GS A0A6P7YNP8_9AMPH/558-668 AC A0A6P7YNP8.1
#=GS A0A8C6V7H1_NAJNA/510-620 AC A0A8C6V7H1.1
#=GS A0A8C3KKB1_9CHAR/527-633 AC A0A8C3KKB1.1
#=GS A0A8C2UL65_CHILA/455-510 AC A0A8C2UL65.1
#=GS A0A7L4AYM9_9CHAR/439-507 AC A0A7L4AYM9.1
#=GS A0A6J1TZ13_9SAUR/236-327 AC A0A6J1TZ13.1
#=GS A0A6P8RH71_GEOSA/207-310 AC A0A6P8RH71.1
#=GS A0A6P8SKT1_GEOSA/558-668 AC A0A6P8SKT1.1
#=GS A0A8C4XKD3_FALTI/541-652 AC A0A8C4XKD3.1
#=GS A0A016URM2_9BILA/2-75 AC A0A016URM2.1
#=GS A0A2R9B003_PANPA/455-523 AC A0A2R9B003.1
#=GS A0A8C7YWJ3_9TELE/569-646 AC A0A8C7YWJ3.1
#=GS F7GE26_CALJA/422-478 AC F7GE26.1
#=GS A0A7K5C0H0_MOTAL/543-654 AC A0A7K5C0H0.1
#=GS A0A5B7CF87_PORTR/330-448 AC A0A5B7CF87.1
#=GS A0A674BUC6_SALTR/83-158 AC A0A674BUC6.1
#=GS A0A5N5PC21_PANHP/242-325 AC A0A5N5PC21.1
#=GS A0A7L3N7M8_9AVES/455-523 AC A0A7L3N7M8.1
#=GS A0A8B7RIB8_HIPAR/474-542 AC A0A8B7RIB8.1
#=GS A0A7N8XXK7_9TELE/503-611 AC A0A7N8XXK7.1
#=GS A0A8C6GQQ4_MUSSI/423-495 AC A0A8C6GQQ4.1
#=GS A0A7L2DF51_CATFU/540-651 AC A0A7L2DF51.1
#=GS A0A2Y9SXD0_PHYMC/455-561 AC A0A2Y9SXD0.1
#=GS A0A8C4CNJ4_9TELE/481-587 AC A0A8C4CNJ4.1
#=GS A0A0N4TIN1_BRUPA/724-820 AC A0A0N4TIN1.1
#=GS A0A7L1Z8M2_LEILU/455-523 AC A0A7L1Z8M2.1
#=GS A0A4U5UA84_COLLU/539-650 AC A0A4U5UA84.1
#=GS A0A287BM04_PIG/464-575 AC A0A287BM04.2
#=GS A0A7N9DF78_MACFA/419-475 AC A0A7N9DF78.1
#=GS V4BB11_LOTGI/225-318 AC V4BB11.1
#=GS A0A8C3KRG3_9CHAR/527-595 AC A0A8C3KRG3.1
#=GS A0A3Q3VIR0_MOLML/171-261 AC A0A3Q3VIR0.1
#=GS A0A7L0YMA6_9PASE/541-652 AC A0A7L0YMA6.1
#=GS A0A7L0REC6_GLABR/455-524 AC A0A7L0REC6.1
#=GS A0A8B9FCN9_9PSIT/305-373 AC A0A8B9FCN9.1
#=GS A0A437C7X9_ORYJA/541-647 AC A0A437C7X9.1
#=GS A0A674IH89_TERCA/546-614 AC A0A674IH89.1
#=GS A0A4W2CNB1_BOBOX/423-529 AC A0A4W2CNB1.1
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A0A091VDY5_NIPNI/455-523 ...................................................sp--TTNSTATIA..RELLMNGT...S...PTAE.A..-.I.G.L.......K........G.I.........S..P........A...S...P.CS...AVQP.....SKQLEYLARIQG...F.QA..............A......LS......A-.....-...-.-...-...-...-....-...--.-.....-.-.-.--..-...-...-----.-------------.........-.-.-----------lkqfseqg............................................
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