#=GF ID Ub-RnfH
#=GF AC PF03658.18
#=GF DE RnfH family Ubiquitin
#=GF PI UPF0125;
#=GF AU Bateman A;0000-0002-6982-4660
#=GF AU Burroughs AM;0000-0002-2229-8771
#=GF AU Iyer LM;0000-0002-4844-2022
#=GF AU Aravind L;0000-0003-0771-253X
#=GF SE SWISS-PROT
#=GF GA 23.70 23.70;
#=GF TC 24.20 24.10;
#=GF NC 23.50 22.00;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0072
#=GF RN [1]
#=GF RM 16859499
#=GF RT The prokaryotic antecedents of the ubiquitin-signaling system
#=GF RT and the early evolution of ubiquitin-like beta-grasp domains.
#=GF RA Iyer LM, Burroughs AM, Aravind L;
#=GF RL Genome Biol. 2006;7:R60.
#=GF DR INTERPRO; IPR005346;
#=GF DR TC; 3.D.6;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC A member of the RnfH family of the ubiquitin superfamily.
#=GF CC Members of this family strongly co-occur in two distinct gene
#=GF CC neighborhood contexts. In one it is associated with a START
#=GF CC domain protein, a membrane protein SmpA and the transfer mRNA
#=GF CC binding protein SmpB. This association suggests a possible role
#=GF CC in the SmpB-tmRNA-based tagging and degadation system of
#=GF CC bacteria, which is interesting given that other members of the
#=GF CC ubiquitin system are analogously involved in protein-tagging
#=GF CC and degradation across eukaryotes and various prokaryotes. The
#=GF CC second context in which the RnfH genes are present is in a
#=GF CC membrane associated complex involved in transporting electrons
#=GF CC for various reductive reactions such as nitrogen fixation [1].
#=GF SQ 1775
#=GS A0A244EBS5_9BURK/3-85 AC A0A244EBS5.1
#=GS A0A6M4AAV9_9BURK/1-83 AC A0A6M4AAV9.1
#=GS A0A3S0XG33_9GAMM/3-83 AC A0A3S0XG33.1
#=GS A0A0Q7SJN9_9BURK/1-84 AC A0A0Q7SJN9.1
#=GS A0A378UFE7_BERDE/2-84 AC A0A378UFE7.1
#=GS A0A485AUB1_KLUCR/5-87 AC A0A485AUB1.1
#=GS A0A7U7G8Q3_9GAMM/9-91 AC A0A7U7G8Q3.1
#=GS A0A3N7ES48_9BURK/12-94 AC A0A3N7ES48.1
#=GS A0A1P8FNW5_9PROT/1-83 AC A0A1P8FNW5.1
#=GS A0A839ULB1_9GAMM/7-96 AC A0A839ULB1.1
#=GS G4CRX3_9NEIS/4-86 AC G4CRX3.1
#=GS A0A2R3QF73_9BURK/7-86 AC A0A2R3QF73.1
#=GS C4GIL9_9NEIS/7-89 AC C4GIL9.1
#=GS A0A1B4V632_9GAMM/1-69 AC A0A1B4V632.1
#=GS A0A3N6MVI8_9BURK/5-87 AC A0A3N6MVI8.1
#=GS A0A0D6EVV2_9PROT/5-87 AC A0A0D6EVV2.1
#=GS V2TXN6_9GAMM/2-83 AC V2TXN6.1
#=GS I7ZF10_9GAMM/1-81 AC I7ZF10.1
#=GS A0A1R4HCF7_9GAMM/11-93 AC A0A1R4HCF7.1
#=GS A1TSJ2_ACIAC/15-92 AC A1TSJ2.1
#=GS A0A2N7QR81_9GAMM/5-87 AC A0A2N7QR81.1
#=GS F0F316_9NEIS/4-86 AC F0F316.1
#=GS C5BQH3_TERTT/7-96 AC C5BQH3.1
#=GS A0A1V8M9V0_9GAMM/6-88 AC A0A1V8M9V0.1
#=GS A0A4S1EDQ0_9BURK/10-90 AC A0A4S1EDQ0.1
#=GS A0A140E644_9GAMM/6-88 AC A0A140E644.1
#=GS A0A1H2E9H1_9PSED/6-90 AC A0A1H2E9H1.1
#=GS A0A2N0WW31_9GAMM/4-86 AC A0A2N0WW31.1
#=GS A0A0X3U9K7_9GAMM/7-96 AC A0A0X3U9K7.1
#=GS A0A1M7HL54_9GAMM/1-88 AC A0A1M7HL54.1
#=GS H3KEU9_9BURK/1-77 AC H3KEU9.1
#=GS A0A7U6QLY6_9GAMM/24-120 AC A0A7U6QLY6.1
#=GS A0A6J4FDZ4_9PROT/2-84 AC A0A6J4FDZ4.1
#=GS A0A5B7ZUC5_9GAMM/1-78 AC A0A5B7ZUC5.1
#=GS A0A4V3WB76_9RHOO/1-83 AC A0A4V3WB76.1
#=GS A0A6M1UJI7_9BACT/8-90 AC A0A6M1UJI7.1
#=GS A0A432X947_9GAMM/6-88 AC A0A432X947.1
#=GS A0A1I2YK26_9PROT/8-90 AC A0A1I2YK26.1
#=GS RNFH_CERS4/1-83 AC Q3IXC0.1
#=GS A0A848HIY6_9BURK/5-87 AC A0A848HIY6.1
#=GS A0A081FWS8_9GAMM/1-83 AC A0A081FWS8.1
#=GS A0A2M9E6R5_9GAMM/1-77 AC A0A2M9E6R5.1
#=GS A0A120JWT2_9GAMM/8-95 AC A0A120JWT2.1
#=GS A0A363RU03_9BURK/11-91 AC A0A363RU03.1
#=GS A0A2G8EGC0_9GAMM/4-86 AC A0A2G8EGC0.1
#=GS A0A845UVI7_9GAMM/5-87 AC A0A845UVI7.1
#=GS A0A411HJP8_9GAMM/9-91 AC A0A411HJP8.1
#=GS A0A0F5EX45_AVIPA/4-86 AC A0A0F5EX45.1
#=GS A0A066UKG6_9GAMM/2-99 AC A0A066UKG6.1
#=GS A0A081N3A4_9GAMM/10-94 AC A0A081N3A4.1
#=GS A0A0S1XZ69_9BORD/18-100 AC A0A0S1XZ69.1
#=GS A0A4R2RHU4_9RHOB/1-83 AC A0A4R2RHU4.1
#=GS A0A083ZVK4_9GAMM/4-86 AC A0A083ZVK4.1
#=GS A0A2K8L3G4_9PROT/1-83 AC A0A2K8L3G4.1
#=GS C6WVC1_METML/7-89 AC C6WVC1.1
#=GS A0A2R7SAN7_9BURK/1-80 AC A0A2R7SAN7.1
#=GS A0A423PUP8_9GAMM/5-88 AC A0A423PUP8.1
#=GS U3TZS9_9ENTR/4-86 AC U3TZS9.1
#=GS A0A1G9DS61_9PSED/6-90 AC A0A1G9DS61.1
#=GS Y395_HAEIN/4-86 AC P43994.1
#=GS A0A4Q0YT19_9GAMM/7-89 AC A0A4Q0YT19.1
#=GS S3NWS8_9GAMM/5-86 AC S3NWS8.1
#=GS A0A1I4W0Y2_9GAMM/5-86 AC A0A1I4W0Y2.1
#=GS W7Q5Q2_9GAMM/8-95 AC W7Q5Q2.1
#=GS A0A1H3PUM4_9PROT/1-82 AC A0A1H3PUM4.1
#=GS A0A1Y2K7L2_9PROT/1-79 AC A0A1Y2K7L2.1
#=GS A0A5Q3S139_9NEIS/2-84 AC A0A5Q3S139.1
#=GS S6GD48_9GAMM/2-86 AC S6GD48.1
#=GS A0A1H1UG51_9PSED/1-80 AC A0A1H1UG51.1
#=GS A0A380QU84_YERRU/4-86 AC A0A380QU84.1
#=GS A0A1T1AUI9_RHOFE/2-85 AC A0A1T1AUI9.1
#=GS A0A2Z4JT45_9BURK/4-89 AC A0A2Z4JT45.1
#=GS A0A257JLC9_9BURK/14-97 AC A0A257JLC9.1
#=GS A0A1H4DA92_9GAMM/4-86 AC A0A1H4DA92.1
#=GS RNFH_MAGSA/1-83 AC Q2W402.1
#=GS A0A2N7UKZ5_9GAMM/4-91 AC A0A2N7UKZ5.1
#=GS A0A4R3JUV1_9PROT/5-88 AC A0A4R3JUV1.1
#=GS A0A2Z6GC34_9PROT/1-83 AC A0A2Z6GC34.1
#=GS A0A1N6I080_9PROT/9-91 AC A0A1N6I080.1
#=GS A0A2K1PZ61_9GAMM/6-83 AC A0A2K1PZ61.1
#=GS A1VNT4_POLNA/13-96 AC A1VNT4.1
#=GS A0A4R7AXP1_9NEIS/7-88 AC A0A4R7AXP1.1
#=GS L0GTI6_9GAMM/1-82 AC L0GTI6.1
#=GS A0A2S2FHW6_9GAMM/4-85 AC A0A2S2FHW6.1
#=GS A0A3S3SFK4_9BURK/2-87 AC A0A3S3SFK4.1
#=GS A0A1H1WDQ9_9GAMM/6-90 AC A0A1H1WDQ9.1
#=GS A0A154QZV7_9GAMM/6-88 AC A0A154QZV7.1
#=GS A0A1I1H8I2_9RHOB/1-83 AC A0A1I1H8I2.1
#=GS A0A2T6E9P9_9GAMM/8-92 AC A0A2T6E9P9.1
#=GS A0A853I2R3_9GAMM/5-89 AC A0A853I2R3.1
#=GS A0A7D5I4F1_9PSED/6-90 AC A0A7D5I4F1.1
#=GS A0A3A1YNV3_9GAMM/2-86 AC A0A3A1YNV3.1
#=GS A0A2P8ETA2_9GAMM/1-85 AC A0A2P8ETA2.1
#=GS G4E2G0_9GAMM/7-89 AC G4E2G0.1
#=GS A0A1C7HEG3_9BURK/31-98 AC A0A1C7HEG3.1
#=GS A0A2P6UXF7_9BURK/6-89 AC A0A2P6UXF7.1
#=GS A0A1R4GV91_9GAMM/16-112 AC A0A1R4GV91.1
#=GS A0A6M5XUM2_9BURK/3-85 AC A0A6M5XUM2.1
#=GS A0A2T5P8F3_9PSED/6-90 AC A0A2T5P8F3.1
#=GS A0A2U1CJL3_9BURK/34-116 AC A0A2U1CJL3.1
#=GS I2B6A6_SHIBC/1-79 AC I2B6A6.1
#=GS A0A8J3B3V4_9BURK/8-90 AC A0A8J3B3V4.1
#=GS D9SGG9_GALCS/5-87 AC D9SGG9.1
#=GS A0Z1I0_9GAMM/5-88 AC A0Z1I0.1
#=GS A0A4Q5MAZ5_9GAMM/8-90 AC A0A4Q5MAZ5.1
#=GS A0A0L6T5K1_9BURK/2-85 AC A0A0L6T5K1.1
#=GS A0A105TD49_9PSED/6-90 AC A0A105TD49.1
#=GS A0A3N9TYW0_9VIBR/1-83 AC A0A3N9TYW0.1
#=GS A0A0R0AC85_9GAMM/1-78 AC A0A0R0AC85.1
#=GS A0A1I3R4Q8_9GAMM/1-85 AC A0A1I3R4Q8.1
#=GS A0A859A840_9PROT/1-83 AC A0A859A840.1
#=GS A0A7G8VY20_9BURK/1-84 AC A0A7G8VY20.1
#=GS Q5P533_AROAE/3-85 AC Q5P533.1
#=GS A0A0X3T7H6_9GAMM/9-89 AC A0A0X3T7H6.1
#=GS Y3462_CHRVO/5-87 AC Q7NSG4.1
#=GS A0A0W0TGS8_9GAMM/2-83 AC A0A0W0TGS8.1
#=GS A0A0T6ULQ3_9PSED/6-90 AC A0A0T6ULQ3.1
#=GS K0C2E1_CYCSP/3-84 AC K0C2E1.1
#=GS A0A2U2N5J5_9GAMM/10-92 AC A0A2U2N5J5.1
#=GS C9P671_VIBME/1-81 AC C9P671.1
#=GS A0A1Y0G028_9GAMM/7-96 AC A0A1Y0G028.1
#=GS Q5H192_XANOR/1-78 AC Q5H192.1
#=GS M1LBG3_9PROT/7-90 AC M1LBG3.1
#=GS Q1QSW5_CHRSD/6-93 AC Q1QSW5.1
#=GS A0A6M2BWJ8_9GAMM/7-89 AC A0A6M2BWJ8.1
#=GS A0A1P8UL22_9GAMM/12-94 AC A0A1P8UL22.1
#=GS F2K0E2_MARM1/4-88 AC F2K0E2.1
#=GS C4KB18_THASP/1-83 AC C4KB18.1
#=GS A0A6M8MVL1_9PSED/6-90 AC A0A6M8MVL1.1
#=GS A0A2K8UGE1_9GAMM/1-83 AC A0A2K8UGE1.1
#=GS A0A084IJR9_SALHC/8-90 AC A0A084IJR9.1
#=GS A0A7Y3XAV1_9GAMM/9-96 AC A0A7Y3XAV1.1
#=GS A0A315APP2_9BURK/9-97 AC A0A315APP2.1
#=GS A0A508A9X0_9GAMM/1-78 AC A0A508A9X0.1
#=GS A0A844U372_9BORD/8-90 AC A0A844U372.1
#=GS A0A8J6IXA4_9ALTE/6-88 AC A0A8J6IXA4.1
#=GS A0A4U0PY77_9NEIS/4-86 AC A0A4U0PY77.1
#=GS V2U4D8_9GAMM/5-85 AC V2U4D8.1
#=GS A0A1S2DEP1_9GAMM/2-89 AC A0A1S2DEP1.1
#=GS A0A4U1B3Z7_9GAMM/6-88 AC A0A4U1B3Z7.1
#=GS A0A2T4CV90_9GAMM/6-88 AC A0A2T4CV90.1
#=GS A0A099CX24_9GAMM/5-87 AC A0A099CX24.1
#=GS A0A1V3NUF4_9GAMM/6-88 AC A0A1V3NUF4.1
#=GS A0A494XVN0_9BURK/15-97 AC A0A494XVN0.1
#=GS A0A553FJK3_9GAMM/6-88 AC A0A553FJK3.1
#=GS A0A0W0VBT3_9GAMM/2-83 AC A0A0W0VBT3.1
#=GS A0A078LKA2_CITKO/5-87 AC A0A078LKA2.1
#=GS A0A0J1GM77_9GAMM/8-90 AC A0A0J1GM77.1
#=GS A0A3D8M959_9ALTE/5-87 AC A0A3D8M959.1
#=GS A0A1I3N9P7_9BURK/5-87 AC A0A1I3N9P7.1
#=GS A0A3P1SMZ3_9GAMM/1-83 AC A0A3P1SMZ3.1
#=GS A0A0W0ZZM7_9GAMM/2-83 AC A0A0W0ZZM7.1
#=GS A0A291P2P1_9GAMM/9-96 AC A0A291P2P1.1
#=GS U1J9I0_9GAMM/2-84 AC U1J9I0.1
#=GS A0A378ECS4_KLEPR/5-87 AC A0A378ECS4.1
#=GS A0A848FAM1_9BURK/1-84 AC A0A848FAM1.1
#=GS D3RPX7_ALLVD/1-83 AC D3RPX7.1
#=GS A0A1I7M2N6_9BURK/6-88 AC A0A1I7M2N6.1
#=GS A0A370QNN9_9GAMM/4-86 AC A0A370QNN9.1
#=GS RATB_ECOLI/5-87 AC P52119.1
#=GS A0A014MAJ0_9BURK/7-84 AC A0A014MAJ0.1
#=GS A0A1H8KRZ8_9PROT/1-83 AC A0A1H8KRZ8.1
#=GS A0A0S2JHV4_9GAMM/20-102 AC A0A0S2JHV4.1
#=GS A0A0Q0I869_9GAMM/2-84 AC A0A0Q0I869.1
#=GS A0A1H9ZL97_THASX/5-87 AC A0A1H9ZL97.1
#=GS Q1H276_METFK/5-87 AC Q1H276.1
#=GS A0A8A8CZB6_9BURK/2-84 AC A0A8A8CZB6.1
#=GS A0A0W0VH77_9GAMM/2-83 AC A0A0W0VH77.1
#=GS A0A6B3NTR3_9PSED/6-88 AC A0A6B3NTR3.1
#=GS G4Q9L9_TAYAM/1-33 AC G4Q9L9.1
#=GS A0A1G6ZZG6_9BURK/5-87 AC A0A1G6ZZG6.1
#=GS A0A1N7D8R8_9GAMM/1-98 AC A0A1N7D8R8.1
#=GS A0A377I2E9_HAEPH/5-87 AC A0A377I2E9.1
#=GS A0A318EL37_9GAMM/7-89 AC A0A318EL37.1
#=GS A0A316F1X3_9BURK/13-99 AC A0A316F1X3.1
#=GS A0A840RD83_9NEIS/5-87 AC A0A840RD83.1
#=GS A8FT47_SHESH/8-90 AC A8FT47.1
#=GS A0A318JHM3_9BURK/7-89 AC A0A318JHM3.1
#=GS B2FMX7_STRMK/2-79 AC B2FMX7.1
#=GS A0A7Y6TVE5_9BURK/5-88 AC A0A7Y6TVE5.1
#=GS A0A370XD24_9GAMM/5-87 AC A0A370XD24.1
#=GS A0A2U8GXC0_9RHOO/1-83 AC A0A2U8GXC0.1
#=GS D5CSC8_SIDLE/6-88 AC D5CSC8.1
#=GS A0A0U4XBC6_9GAMM/5-87 AC A0A0U4XBC6.1
#=GS A0A098UF50_9BURK/7-89 AC A0A098UF50.1
#=GS A0A829YQ39_9GAMM/7-89 AC A0A829YQ39.1
#=GS A0A892ZNT7_9NEIS/2-84 AC A0A892ZNT7.1
#=GS A0A3A3GIX2_9BURK/8-90 AC A0A3A3GIX2.1
#=GS W0HVH7_9GAMM/4-86 AC W0HVH7.1
#=GS W1IS09_9GAMM/6-88 AC W1IS09.1
#=GS A0A1S2BX08_9GAMM/2-86 AC A0A1S2BX08.1
#=GS A0A853IZG0_9BURK/5-88 AC A0A853IZG0.1
#=GS H0J0D0_9GAMM/6-93 AC H0J0D0.1
#=GS A0A6L5K0Y6_RHOTE/1-84 AC A0A6L5K0Y6.1
#=GS A0A1B3LIH0_9PROT/5-87 AC A0A1B3LIH0.1
#=GS A0A0R0MNL6_9BURK/3-86 AC A0A0R0MNL6.1
#=GS F9QAD4_9PAST/4-86 AC F9QAD4.1
#=GS A0A1D3RMG9_9BACT/1-83 AC A0A1D3RMG9.1
#=GS A0A7Z2ZTQ7_9BURK/10-92 AC A0A7Z2ZTQ7.1
#=GS A0A0R0E0Y5_9GAMM/1-78 AC A0A0R0E0Y5.1
#=GS A0A1E4QTD7_9BURK/11-93 AC A0A1E4QTD7.1
#=GS F4G9M2_ALIDK/5-83 AC F4G9M2.1
#=GS A0A0F6RBF2_9GAMM/16-98 AC A0A0F6RBF2.1
#=GS A0A0A3AS77_9PAST/11-93 AC A0A0A3AS77.1
#=GS A0A0A1H4R4_9BURK/1-86 AC A0A0A1H4R4.1
#=GS J0U4X7_9BURK/13-92 AC J0U4X7.1
#=GS A0A3P1XEW1_9BURK/2-85 AC A0A3P1XEW1.1
#=GS S6GNG8_9GAMM/2-86 AC S6GNG8.1
#=GS A0A1I1EUR0_9GAMM/2-84 AC A0A1I1EUR0.1
#=GS A0A562HZX7_9GAMM/5-88 AC A0A562HZX7.1
#=GS A0A1V4T2N4_9GAMM/6-90 AC A0A1V4T2N4.1
#=GS A0A0G4K117_9GAMM/1-83 AC A0A0G4K117.1
#=GS A0A4Q9R6U5_9GAMM/6-90 AC A0A4Q9R6U5.1
#=GS A0A2W5EY99_9PSED/1-83 AC A0A2W5EY99.1
#=GS RNFH_PROMH/4-86 AC B4F063.1
#=GS A0A7U6GIT9_9GAMM/2-84 AC A0A7U6GIT9.1
#=GS S3BIJ8_9BURK/10-81 AC S3BIJ8.1
#=GS A0A6L5JSP8_RHOTE/5-87 AC A0A6L5JSP8.1
#=GS A0A0N8TY84_9GAMM/8-90 AC A0A0N8TY84.1
#=GS A0A0A0MAI2_9GAMM/1-78 AC A0A0A0MAI2.1
#=GS A0A1C3EK94_9GAMM/8-90 AC A0A1C3EK94.1
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Q1QSW5_CHRSD/6-93 ..............................IEVEVA.Y.A....EPH....R.Q...R.V.VA...LAV...VP......GTSARDA....VR.........Q......A....A......LPS..L..F....PER...............D...AaffEQ....AP.......LGIFG.QV.......LKa.....pEHHVLEAGDRVEVYRALALDPKQAR-l.......
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A0A840MJ95_9PROT/4-86 ..............................IRVEVV.Y.A....LAS....Q.Q...T.L.LS...LTV...PE......GTTAKQA....IE.........M......S....G......LFG..K..H....PEL...............A...A...QV....LK.......LGVFS.RP.......IT.......PDTVLRDRDRVEIYRPLQADPKAVRR........
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C5T3P5_ACIDE/8-90 .............................m-PITVV.A.C...pSPR....A.T...S.E.WY...VHL...HE......GATVADA....IR.........A......C....G......LAP..P..G...vPGS...............A...L...--....VA.......VGIWG.RM.......VD.......LGRRLSAGDRVEVYRALTVDPKTARR........
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