#=GF ID VESA1_N
#=GF AC PF12785.11
#=GF DE Variant erythrocyte surface antigen-1
#=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE Pfam-B_22 (release 24.0)
#=GF GA 22.00 22.00;
#=GF TC 22.70 22.00;
#=GF NC 21.30 21.90;
#=GF BM hmmbuild --aminoHMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 --cpu 4 -Z 75585367 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF RN [1]
#=GF RM 16390438
#=GF RT Antigenic variation in Babesia bovis occurs through segmental
#=GF RT gene conversion of the ves multigene family, within a
#=GF RT bidirectional locus of active transcription.
#=GF RA Al-Khedery B, Allred DR;
#=GF RL Mol Microbiol. 2006;59:402-414.
#=GF DR INTERPRO; IPR024751;
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This family represents the N-terminal of the variant erythrocyte
#=GF CC surface antigen 1, versions a and b, of Babesia. Babesia bovis
#=GF CC is a tick-borne, intra-erythrocytic, protozoal parasite of
#=GF CC cattle that shares many lifestyle parallels with the most
#=GF CC virulent of the human malarial parasites, Plasmodium falciparum.
#=GF CC Babesia uses antigenic variation to establish consistent
#=GF CC infections of long duration. The two variants of VESA1, a and b,
#=GF CC are expressed from different but closely related genes, and
#=GF CC variation is achieved through the involvement of a segmental
#=GF CC gene conversion mechanism and low-frequency epigenetic in situ
#=GF CC switching of transcriptional activity from the VESA1 gene-pair
#=GF CC to a possible other gene pair.
#=GF SQ 76
#=GS A0A1X1BPQ0_9APIC/135-203 AC A0A1X1BPQ0.1
#=GS A7ANY8_BABBO/129-330 AC A7ANY8.1
#=GS A7AX28_BABBO/339-436 AC A7AX28.1
#=GS A0A1X1BHP2_9APIC/193-304 AC A0A1X1BHP2.1
#=GS A0A1X1BIV2_9APIC/79-324 AC A0A1X1BIV2.1
#=GS A0A0G4J6F9_PLABS/62-177 AC A0A0G4J6F9.1
#=GS A7ASZ0_BABBO/305-417 AC A7ASZ0.1
#=GS A7AQB3_BABBO/332-438 AC A7AQB3.1
#=GS A7AWV4_BABBO/329-434 AC A7AWV4.1
#=GS A0A1X1BPC5_9APIC/232-325 AC A0A1X1BPC5.1
#=GS A0A1X1BPT5_9APIC/225-328 AC A0A1X1BPT5.1
#=GS A7AVZ7_BABBO/306-417 AC A7AVZ7.1
#=GS A7AT34_BABBO/133-298 AC A7AT34.1
#=GS A7AUL8_BABBO/156-430 AC A7AUL8.1
#=GS A7AVY8_BABBO/146-324 AC A7AVY8.1
#=GS A0A1X1BII5_9APIC/213-308 AC A0A1X1BII5.1
#=GS A7ANW9_BABBO/132-340 AC A7ANW9.1
#=GS A0A1X1BID6_9APIC/14-361 AC A0A1X1BID6.1
#=GS A0A1X1BQD7_9APIC/225-313 AC A0A1X1BQD7.1
#=GS A0A1X1BQB2_9APIC/90-157 AC A0A1X1BQB2.1
#=GS A7AWP4_BABBO/48-476 AC A7AWP4.1
#=GS A0A1X1BIF7_9APIC/272-351 AC A0A1X1BIF7.1
#=GS A0A1X1BKI3_9APIC/118-326 AC A0A1X1BKI3.1
#=GS A7ASQ4_BABBO/13-462 AC A7ASQ4.1
#=GS A0A1X1BMM6_9APIC/242-307 AC A0A1X1BMM6.1
#=GS A0A1X1BPQ0_9APIC/3-123 AC A0A1X1BPQ0.1
#=GS A0A1X1BJQ2_9APIC/110-187 AC A0A1X1BJQ2.1
#=GS A0A1X1BP57_9APIC/223-294 AC A0A1X1BP57.1
#=GS A0A1X1BPF5_9APIC/104-270 AC A0A1X1BPF5.1
#=GS A0A1X1BJC7_9APIC/221-305 AC A0A1X1BJC7.1
#=GS A7AMB1_BABBO/88-517 AC A7AMB1.1
#=GS A7ASZ0_BABBO/136-302 AC A7ASZ0.1
#=GS A0A1X1BNA6_9APIC/282-367 AC A0A1X1BNA6.1
#=GS A0A1X1BJ22_9APIC/88-157 AC A0A1X1BJ22.1
#=GS A7ASR0_BABBO/404-451 AC A7ASR0.1
#=GS A7AT34_BABBO/290-426 AC A7AT34.1
#=GS A0A1X1BQ83_9APIC/213-328 AC A0A1X1BQ83.1
#=GS A7AX20_BABBO/143-428 AC A7AX20.1
#=GS A0A1X1BPC5_9APIC/135-259 AC A0A1X1BPC5.1
#=GS A7ASR0_BABBO/145-366 AC A7ASR0.1
#=GS A7AML3_BABBO/49-494 AC A7AML3.1
#=GS A7AX16_BABBO/333-437 AC A7AX16.1
#=GS A0A1X1BIF5_9APIC/226-318 AC A0A1X1BIF5.1
#=GS A0A1X1BMS5_9APIC/213-300 AC A0A1X1BMS5.1
#=GS A0A1X1BHX9_9APIC/223-455 AC A0A1X1BHX9.1
#=GS A7AVZ7_BABBO/141-302 AC A7AVZ7.1
#=GS A0A1X1BJC7_9APIC/124-221 AC A0A1X1BJC7.1
#=GS A7ALZ4_BABBO/137-450 AC A7ALZ4.1
#=GS A0A1X1BHY7_9APIC/124-342 AC A0A1X1BHY7.1
#=GS A0A1X1BJF7_9APIC/266-338 AC A0A1X1BJF7.1
#=GS A0A1X1BH08_9APIC/115-210 AC A0A1X1BH08.1
#=GS A7AX28_BABBO/142-312 AC A7AX28.1
#=GS A7AQB3_BABBO/138-309 AC A7AQB3.1
#=GS A0A1X1BNA6_9APIC/129-271 AC A0A1X1BNA6.1
#=GS A7ATV7_BABBO/303-422 AC A7ATV7.1
#=GS A0A1X1BH08_9APIC/215-305 AC A0A1X1BH08.1
#=GS A0A1X1BJQ2_9APIC/291-365 AC A0A1X1BJQ2.1
#=GS A0A1X1BPF5_9APIC/256-333 AC A0A1X1BPF5.1
#=GS A7AM53_BABBO/138-310 AC A7AM53.1
#=GS A0A1X1BIB3_9APIC/260-365 AC A0A1X1BIB3.1
#=GS A0A1X1BIF5_9APIC/84-231 AC A0A1X1BIF5.1
#=GS A0A1X1BNI0_9APIC/130-225 AC A0A1X1BNI0.1
#=GS A0A1X1BJP6_9APIC/280-355 AC A0A1X1BJP6.1
#=GS A7AQB2_BABBO/50-504 AC A7AQB2.1
#=GS A0A1X1BHU9_9APIC/240-313 AC A0A1X1BHU9.1
#=GS A0A1X1BIG0_9APIC/81-209 AC A0A1X1BIG0.1
#=GS A7ATC6_BABBO/134-420 AC A7ATC6.1
#=GS A7AP46_BABBO/136-433 AC A7AP46.1
#=GS A7AVZ0_BABBO/27-143 AC A7AVZ0.1
#=GS A0A1X1BHQ2_9APIC/284-347 AC A0A1X1BHQ2.1
#=GS A7AWN8_BABBO/34-489 AC A7AWN8.1
#=GS A0A1X1BJP6_9APIC/143-252 AC A0A1X1BJP6.1
#=GS A7AM53_BABBO/324-430 AC A7AM53.1
#=GS A0A1X1BMQ5_9APIC/125-249 AC A0A1X1BMQ5.1
#=GS A7AM98_BABBO/56-190 AC A7AM98.1
#=GS A7AWP1_BABBO/2-326 AC A7AWP1.1
A0A1X1BPQ0_9APIC/135-203 ....................................................................................................................yvnnlittktspptc---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....-PLTCLYI.TANAYY....Q.R.YH.QN--....--GD.AMEG..........QPRTIREMLYWLIGLPYSSMFPR---------akdaie.............................................
A7ANY8_BABBO/129-330 .........................................................................................................................cyssiskcci---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.--N.......N.-.-.K.N.A.D.K.KRCAKILLGCIPLIFSCLTYL.YWN...CS..DN..A.K..D.R..NWKD...CNL.N-.S..G...L.T.....D..-A..LCTYLAYIGFDNTQLNK....C.NGS--....--------.VINTLLDCFKELKDC...IA.G..KKST.SQGN--NKPK..--TYAEFVNEIHT-.AFS--.-...TIDQEE...ETR..E..TQ...EKKQAEGKE....MPLQRLYM.GSSSYF....Q.A.SQ.EK-H....NQTA.DEAK..........RPESICELLYWLLGLPYTP-------------vgviv..............................................
A7AX28_BABBO/339-436 ....................................................................................ssiyenakealkkdnktesiceqypllvlhilasgyfragsagakgi---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....--------.------....T.T.LP.AKPA...tSATS.ATPVs........rKPRTIREILYWLSALPYSQGYRELVDRMQ---gkm................................................
A0A1X1BHP2_9APIC/193-304 ..............................................................................qnkkgqqvgttcfqqfteftngatngtangtanvsdpypeyikevltnnnntn---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...------VET....HPLTALYI.CSTYYF....Q.S.QF.NN--....----.AGTR..........TPTTIREMLYWLMALPYSGCFQ----------yaeqeikngi.........................................
A0A1X1BIV2_9APIC/79-324 ..........................................................................................................yyaslaedkwslgrggigqqgayks---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.-TY.E.ATaTWE.......D.V.K.NdV.E.H.R.KTCAQILLGCMPLIFSGLSYL.YWQcnkGK..GS..D.G..K.PdkRWND...S-E.QI.I..N...L.E.....N..GS..ICIYMESMGYKRTELDE....K.KGS--....-------D.VKELLELNFEEL--K...KF.A..KGDN.GTFNLEQDPNaaQGSYAEFVNAIQ-T.AYSKT.Y...GSTEDG...REE..E..RR...TRKKQIAQG....RPLDRLYM.GAEWYF....Q.R.MQ.QK-H....NAQH.SERI..........QPANIREMLYWLMCLPYSPVYMG---------langv..............................................
A0A0G4J6F9_PLABS/62-177 ..................................................................................................................ghtigishrveekdhqg---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.----------DR.GDDAEAGEVDMVSADDD..HPHHGEGVADSANaADDNRV......VCKFYTSA.KGCKR..G..MACEFRH.VGTPI.....KkirVCrfY.TS..R.TG..CRSGSKCMFVHE......GT-------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....--------.------....-.-.--.----....----.----..........--------------------------------pqvvvh.............................................
A7ASZ0_BABBO/305-417 ....................................................................................................afpelkdgatkgsvaeyyssiyekakevkdk---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...-KTESICKE....YPLLVLHI.LASGYFragsA.G.AN.KVTP....AKPA.TTSSasvt..psprKPRTIREILYWLSALPYCDKYRELVQR-----mgdkt..............................................
A7AQB3_BABBO/332-438 ..............................................................................................................tsagsvaeyyssiystasaak---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..G..SA...KSTESICKQ....YPLLVLHI.LASGYF....RaGsAG.AKGI....TSPK.AQQKtdddaskkprHPRTIREILYWLSALPYSKGYKALVERMQ---qky................................................
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A0A1X1BPC5_9APIC/232-325 .....................................................................................................................lksdktandiksll---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..------------KD.LFN-N.G...TVNGDY...SKY..I..KE..vLTNTTSPDT....YPLSTLYL.ASQYYF....Q.-.--.YK--....-FNN.AGTH..........VPTTIREMLYWLMALPYSECFQ----------lapat..............................................
A0A1X1BPT5_9APIC/225-328 .................................................................................lqngktaneiknlidqqfnnsakvshaypvyinavlentrknasgnatsy---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....-PLTSLYI.CSTYYF....Q.S.Q-.----....--FQ.NGTH..........VPTTIREMLYWLMALPYSECFQ----------lapeaikkti.........................................
A7AVZ7_BABBO/306-417 ...............................................................................................cglmyqcdpdsvadyyssiygaaqgagksstteklc---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...-------EQ....YPLLVLHI.LASGYFragsA.G.AK.GIT-....SPAK.PAPSdpkk.ddtprKPRTIREILYWLSALPYSQGYCGLVTRMKEK-t..................................................
A7AT34_BABBO/133-298 ................................................................................................................................qek---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.---GDE......CCLKGEGG.GGAKEskG..IGRKCEC.TGGAA.....Q...CC..TgGS..G.TT..CHECSQCGTGAS......---ASGAANKCYLSAYCKKNG...TDRSGT.PPE.GQY.S.WP.TIS.......-.-.S.D.S.T.K.V.HLLARIFLGSVCLIWSGLSQL.---...GF..LT..G.G..S.E..RWEK...DTL.SS.E..-...-.-.....T..KG..LGSFMAAMGYDLDRLNQ....G.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....--------.------....-.-.--.----....----.----..........--------------------------------sgtgkgng...........................................
A7AUL8_BABBO/156-430 ...........................................................................................................................kggksdgi---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..G..KGCERTG.SGVGG.....K...CC..T.N-..-.--..---DDKNSHECY......QCGKVTAPKKCYLSAYCKKSS...-SSGAS.QSD.GDY.-.--.YWS......aI.S.S.D.S.T.K.V.HLLARIFLGSVCLIWSGLSQLgFLT...GG..--..S.G..N.D..RWSK...E--.-G.K..L...HeE.....T..NG..LGSFMAAMGYDLERLNG....S.GGGDK....TGQ-----.FVQKLLSGTD-PSGK...DG.I..QWKE.FQGDSATKGS..VAEYYSEIYEKAKE.A----.-...------...---..A..-K...STTESICKD....YPLLVLHI.LASGYFragsA.G.AN.KVPVa..pSAPS.SDPR..........KPRTIREILYWLSALPYSQGYKALVERMQ---qky................................................
A7AVY8_BABBO/146-324 .........................................................................................................................dqdgcclkgt---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.DGI-GK......KCTCSGGG.GTCCS..AggSGTTCHE.---CS.....Q...CG..T.S-..D.SA..ATKCYQSAYKKE......KALWTDLV-NGTPGKYPLVVIwtnGEVGGG.GSG.SAG.S.AS.TVN.......T.V.Q.A.A.Q.D.V.HLLARIFLGSVCLIWSGLSHLgFLT...GN..GS..G.A..E.T..RWSQ...GEL.SK.E..A...-.-.....-..TN..LGSFMAAMGYDLERLNQ....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....--------.------....-.-.--.----....----.----..........--------------------------------gsggkyc............................................
A0A1X1BII5_9APIC/213-308 ......................................................................................................................nddlqddkqgsni---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------KDLLND.LFNKG.A...TITADY...SKY..I..KQ...VLTKTSPTS....HPLSSLYL.ASQYYF....Q.S.QF.ND--....----.-GTR..........VPTTIREMLYWLMALPYSSCFQ----------lapat..............................................
A7ANW9_BABBO/132-340 ..................................................................................................................dgsytycyssasaccit---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.S.K.E.K.E.H.KRCAKILLGCIPLIFSSLTYL.FWN...CC..DN..A.N..A.G..KWKD..cDIT.AG.S..-...-.-.....K..NS..LCAYLTTLGYDTKHLNN....CkGSQ--....--------.-IKTLLCGFSELSDC...--.L..TDKK.STELTGDKPK..--SYAEFVNAIQ-N.SFTSN.G...QGEQ--...AG-..-..-T...SDDQEKGKQ....VPLQRLYS.GASFYF....Q.A.TQ.EK-C....NQKL.DKAN..........RPKTICELLYWLLGLPYTPV------------gmrveng............................................
A0A1X1BID6_9APIC/14-361 knvnhckvvilmtekvcecngngqhnkltcppgnlkecidwilrvtnkdgqnggdckklgeevkklleqvkdaatgklnkdknvltevisklnsnslistladnlkkfigyndggtigndgignkgngngt---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.KYT.SSYkD.DA.NWN.......A.T.C.N.K.N.D.Q.QQCASIFLGTIPVIFSGLTYL.YWQ...C-..--..N.T..G.S..RWSN...ETQ.IN.S..T...-.-.....N..AG..IGIYFASCGYNTSHLSD....K.KA-ND....IKSLLGTN.GNSNGFKEFKEASTQ...DL.KdyNKQA.VGPDGAKQDT..KIIESTYSIFIQYI.T-DTN.G...NGLLNN...VGN..S..NK...T----SPDT....HPLSSLYL.ASQYYF....Q.S.TF.----....---N.NGDK..........QPTTIREMLYWLMALPYSPCFQ----------lapatikq...........................................
A0A1X1BQD7_9APIC/225-313 ..........................................................................................................fhefsltkgakvaglyspylqklfa---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.---.-.--.---.......-.-.-.-.-.-.-.-.---------------------.---...--..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...-SSKNNVKQ....YPLSQLYL.ASQYYF....R.K.LQ.RR--....-RYL.THHG..........KPCTIREMLYWLMALPYTTVFASL--------nkdtf..............................................
A0A1X1BQB2_9APIC/90-157 ..................................................................................................................gndavvynkapagdtyq---------------.............-------.........------------------------------------------------------...-.---------....------.------------.-----------------..-------------.------......--------.-----..-..-------.-----.....-...--..-.--..-.--..------------......---------------------...------.---.SAY.TvNG.KWD......kD.A.N.N.G.G.N.N.GLCARIFLGCVPLIFSGLSYF.YWQ...C-..--..-.-..-.-..----...---.--.-..-...-.-.....-..--..-----------------....-.-----....--------.---------------...--.-..----.----------..--------------.-----.-...------...---..-..--...---------....--------.------....-.-.--.----....----.----..........--------------------------------sgdesgv............................................
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