#=GF ID XRN1_D1
#=GF AC PF18332.5
#=GF DE Exoribonuclease Xrn1 D1 domain
#=GF AU El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF SE ECOD:EUF00911
#=GF GA 26.20 26.20;
#=GF TC 26.50 26.20;
#=GF NC 26.10 26.10;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 75585367 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0010
#=GF RN [1]
#=GF RM 21297639
#=GF RT Structural and biochemical studies of the 5'-->3'
#=GF RT exoribonuclease Xrn1.
#=GF RA Chang JH, Xiang S, Xiang K, Manley JL, Tong L;
#=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2011;18:270-276.
#=GF RN [2]
#=GF RM 21362555
#=GF RT Coupled 5' nucleotide recognition and processivity in
#=GF RT Xrn1-mediated mRNA decay.
#=GF RA Jinek M, Coyle SM, Doudna JA;
#=GF RL Mol Cell. 2011;41:600-608.
#=GF DR INTERPRO; IPR040992;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This domain can be found in 5' to 3' exoribonuclease 1 (XRN1)
#=GF CC which belong to a family of conserved enzymes in eukaryotes and
#=GF CC have important functions in transcription, RNA metabolism, and
#=GF CC RNA interference. Xrn1 in fungi and animals is primarily
#=GF CC cytosolic and is involved in degradation of decapped mRNAs,
#=GF CC nonsense mediated decay, microRNA decay and is essential for
#=GF CC proper development. The Xrn1 homolog in Drosophila, known as
#=GF CC Pacman, is required for male fertility [1]. This domain (D1)
#=GF CC along with 3 other domains, make up a 510-residue segment
#=GF CC following the conserved regions found in XRNs but they are only
#=GF CC present in XRN1 and are absent in Rat1/XRN2. The amino acid
#=GF CC sequences of these four domains contain an excess of basic
#=GF CC residues, suggesting that these domains might help in binding
#=GF CC the RNA substrate. Mutational studies carried out in D1 domain
#=GF CC show that the mutant forms had dramatically reduced nuclease
#=GF CC activity towards ssDNA substrate indicating that domain D1 is
#=GF CC required for Xrn1 nuclease activity [1].
#=GF SQ 2265
#=GS A0A671M3G4_9TELE/637-831 AC A0A671M3G4.1
#=GS A0A8B9SB16_APTOW/646-846 AC A0A8B9SB16.1
#=GS A0A0L0SVM6_ALLM3/806-987 AC A0A0L0SVM6.1
#=GS A0A8C5AUC5_GADMO/631-694 AC A0A8C5AUC5.1
#=GS A0A3P9QBB0_POERE/635-828 AC A0A3P9QBB0.1
#=GS A0A0M0KA80_9EUKA/1412-1576 AC A0A0M0KA80.1
#=GS E9CSJ5_COCPS/726-913 AC E9CSJ5.1
#=GS A0A674EFK0_SALTR/633-790 AC A0A674EFK0.1
#=GS A0A2I0MBE6_COLLI/608-808 AC A0A2I0MBE6.1
#=GS A0A3M6VN15_9STRA/686-892 AC A0A3M6VN15.1
#=GS C0NTH6_AJECG/728-915 AC C0NTH6.1
#=GS A0A8H4CWI4_COLGL/720-908 AC A0A8H4CWI4.1
#=GS A0A8C8IWW7_ONCTS/645-840 AC A0A8C8IWW7.1
#=GS A0A3Q7TWY9_VULVU/646-845 AC A0A3Q7TWY9.1
#=GS H0V0X1_CAVPO/302-501 AC H0V0X1.2
#=GS A0A7K4U492_9SYLV/643-843 AC A0A7K4U492.1
#=GS C5GI48_AJEDR/729-916 AC C5GI48.1
#=GS A0A8C0F3Y3_BUBBB/608-800 AC A0A8C0F3Y3.1
#=GS W5MMR2_LEPOC/634-830 AC W5MMR2.1
#=GS A0A8D2N8V9_ZONAL/606-806 AC A0A8D2N8V9.1
#=GS A0A3Q0D8B6_MESAU/646-845 AC A0A3Q0D8B6.1
#=GS A0A8H7BA62_9PLEO/723-912 AC A0A8H7BA62.1
#=GS A0A5E4M8U4_9HEMI/289-476 AC A0A5E4M8U4.1
#=GS A0A2R8ZI65_PANPA/646-845 AC A0A2R8ZI65.1
#=GS A0A1E5RAE7_9ASCO/733-918 AC A0A1E5RAE7.1
#=GS A0A2C5XHA2_9PEZI/728-915 AC A0A2C5XHA2.1
#=GS A0A8H6QU17_9EURO/721-908 AC A0A8H6QU17.1
#=GS G1KDG4_ANOCA/644-843 AC G1KDG4.2
#=GS A0A6P3IQ79_BISBI/645-845 AC A0A6P3IQ79.1
#=GS V9ETT5_PHYPR/687-894 AC V9ETT5.1
#=GS A0A6P6H2G3_PUMCO/647-846 AC A0A6P6H2G3.1
#=GS A0A2S2QZG6_9HEMI/629-819 AC A0A2S2QZG6.1
#=GS A0A8C4QBH2_EPTBU/260-443 AC A0A8C4QBH2.1
#=GS A0A8C6XNA7_NAJNA/463-662 AC A0A8C6XNA7.1
#=GS A0A0D2DNU9_9EURO/719-907 AC A0A0D2DNU9.1
#=GS A0A852IJ41_9PICI/644-843 AC A0A852IJ41.1
#=GS A0A8J5K435_HOMAM/653-839 AC A0A8J5K435.1
#=GS G4UGX0_NEUT9/497-685 AC G4UGX0.1
#=GS A0A2K6MIN4_RHIBE/646-845 AC A0A2K6MIN4.1
#=GS A0A0D9P3K0_METAN/713-901 AC A0A0D9P3K0.1
#=GS A0A6J3GQ39_SAPAP/646-845 AC A0A6J3GQ39.1
#=GS A0A5N4EIJ1_CAMDR/602-648 AC A0A5N4EIJ1.1
#=GS A0A8C2UKN1_CHILA/641-737 AC A0A8C2UKN1.1
#=GS E9E7Z7_METAQ/693-881 AC E9E7Z7.1
#=GS H3GND3_PHYRM/688-895 AC H3GND3.1
#=GS B0E4C6_LACBS/1-82 AC B0E4C6.1
#=GS A0A7N5K8K8_AILME/646-845 AC A0A7N5K8K8.1
#=GS A2DQZ7_TRIV3/529-701 AC A2DQZ7.1
#=GS A0A0R3R0Q2_9BILA/451-635 AC A0A0R3R0Q2.1
#=GS A0A8H6BZ25_CANAX/732-920 AC A0A8H6BZ25.1
#=GS A0A663E2V1_AQUCH/642-843 AC A0A663E2V1.1
#=GS A0A8C3LLG3_CHRPC/609-809 AC A0A8C3LLG3.1
#=GS D2VW45_NAEGR/512-706 AC D2VW45.1
#=GS A0A8C1DQK9_CYPCA/645-836 AC A0A8C1DQK9.1
#=GS E2AEG9_CAMFO/652-840 AC E2AEG9.1
#=GS A0A833SJA9_PHYIN/472-679 AC A0A833SJA9.1
#=GS A0A3P6TWN4_LITSI/686-868 AC A0A3P6TWN4.1
#=GS A0A7K9NPZ8_9CORV/617-817 AC A0A7K9NPZ8.1
#=GS G3QYF8_GORGO/646-845 AC G3QYF8.2
#=GS A0A642UYR4_DIURU/694-878 AC A0A642UYR4.1
#=GS A0A7S9KPT8_EPIFF/726-914 AC A0A7S9KPT8.1
#=GS A0A672R238_SINGR/670-823 AC A0A672R238.1
#=GS A0A8H5CND3_9AGAR/2008-2099 AC A0A8H5CND3.1
#=GS A0A8J4UU80_9MYCE/628-823 AC A0A8J4UU80.1
#=GS A0A2H3H730_FUSOX/675-863 AC A0A2H3H730.1
#=GS A0A093I9G8_STRCA/619-819 AC A0A093I9G8.1
#=GS W9YGU1_9EURO/725-913 AC W9YGU1.1
#=GS A0A7M7GBI9_NASVI/639-833 AC A0A7M7GBI9.1
#=GS A0A7K9ZRJ2_9CORV/643-843 AC A0A7K9ZRJ2.1
#=GS A0A5A9PDI8_9TELE/814-1012 AC A0A5A9PDI8.1
#=GS A0A7M7MI09_VARDE/601-766 AC A0A7M7MI09.1
#=GS A0A067SP44_GALM3/1-148 AC A0A067SP44.1
#=GS F8VQ87_MOUSE/646-845 AC F8VQ87.1
#=GS A0A093IFK6_EURHL/620-820 AC A0A093IFK6.1
#=GS A0A3Q1GQX5_9TELE/641-834 AC A0A3Q1GQX5.1
#=GS A0A3Q1B604_AMPOC/641-829 AC A0A3Q1B604.1
#=GS A0A1E3HSR3_9TREE/735-924 AC A0A1E3HSR3.1
#=GS A0A087U5T5_STEMI/1-177 AC A0A087U5T5.1
#=GS A0A0A2VHX0_BEABA/710-898 AC A0A0A2VHX0.1
#=GS A0A7K6N8V2_PEDTO/619-819 AC A0A7K6N8V2.1
#=GS M3ZBU9_NOMLE/646-845 AC M3ZBU9.1
#=GS A0A158NKB3_ATTCE/651-839 AC A0A158NKB3.1
#=GS A0A8B9C2A9_9AVES/689-825 AC A0A8B9C2A9.1
#=GS A0A8D2LEQ7_VARKO/643-843 AC A0A8D2LEQ7.1
#=GS A0A401KK71_ASPAW/717-904 AC A0A401KK71.1
#=GS A0A0A2LDP8_PENIT/718-905 AC A0A0A2LDP8.1
#=GS A0A8C9P6F2_SPEDA/614-813 AC A0A8C9P6F2.1
#=GS A0A7E6FPV4_OCTVU/654-838 AC A0A7E6FPV4.1
#=GS F9FTF6_FUSOF/694-882 AC F9FTF6.1
#=GS A0A0L0DJ19_THETB/679-873 AC A0A0L0DJ19.1
#=GS A0A0M9F5L8_FUSLA/726-914 AC A0A0M9F5L8.1
#=GS A0A7C8NA33_9PEZI/720-908 AC A0A7C8NA33.1
#=GS A0A0V1NQL7_9BILA/718-862 AC A0A0V1NQL7.1
#=GS A0A4Z2DVX1_SCHJA/731-885 AC A0A4Z2DVX1.1
#=GS A0A507C155_9FUNG/716-791 AC A0A507C155.1
#=GS A0A8U0MTR5_MUSPF/645-844 AC A0A8U0MTR5.1
#=GS A0A287DCK8_ICTTR/645-737 AC A0A287DCK8.1
#=GS A0A2N6NND8_BEABA/715-903 AC A0A2N6NND8.1
#=GS A0A8B7PN01_HYAAZ/5-171 AC A0A8B7PN01.1
#=GS A0A8C9ZEE1_SANLU/632-821 AC A0A8C9ZEE1.1
#=GS A0A7K5LZ26_CARCD/618-818 AC A0A7K5LZ26.1
#=GS A0A4S2LJM9_OPIFE/722-838 AC A0A4S2LJM9.1
#=GS A0A8V5HBS5_MELUD/643-835 AC A0A8V5HBS5.1
#=GS A0A8H5YEC8_9HYPO/694-882 AC A0A8H5YEC8.1
#=GS A0A2I4AWP2_9TELE/641-834 AC A0A2I4AWP2.1
#=GS A0A0M8MHX0_9BASI/739-928 AC A0A0M8MHX0.1
#=GS A0A0P7TSG1_SCLFO/612-811 AC A0A0P7TSG1.1
#=GS A0A5F8HGS7_MONDO/645-845 AC A0A5F8HGS7.1
#=GS A0A5N5SZ31_9CRUS/623-799 AC A0A5N5SZ31.1
#=GS A0A409VVA4_9AGAR/1-166 AC A0A409VVA4.1
#=GS A0A674N4Y8_TAKRU/569-760 AC A0A674N4Y8.1
#=GS A0A087Y8E7_POEFO/650-843 AC A0A087Y8E7.2
#=GS A0A197JUJ9_9FUNG/1-146 AC A0A197JUJ9.1
#=GS A0A0C4DZ55_MAGP6/722-908 AC A0A0C4DZ55.1
#=GS A0A6P9DHS3_PANGU/644-843 AC A0A6P9DHS3.1
#=GS W1QGQ9_OGAPD/870-934 AC W1QGQ9.1
#=GS A0A0D2J9A3_9CHLO/164-334 AC A0A0D2J9A3.1
#=GS A0A7G2CJS9_9TRYP/196-389 AC A0A7G2CJS9.1
#=GS A0A1F7ZZG7_9EURO/721-908 AC A0A1F7ZZG7.1
#=GS A0A8B8I158_VANTA/652-838 AC A0A8B8I158.1
#=GS A0A0V1BVY8_TRISP/1160-1308 AC A0A0V1BVY8.1
#=GS A0A395RZJ4_9HYPO/743-931 AC A0A395RZJ4.1
#=GS A0A8D2N234_ZONAL/606-806 AC A0A8D2N234.1
#=GS A0A7M7MBX5_VARDE/624-789 AC A0A7M7MBX5.1
#=GS A0A6P6QZS0_CARAU/644-841 AC A0A6P6QZS0.1
#=GS A0A673GBD1_9TELE/625-821 AC A0A673GBD1.1
#=GS S8FJV6_FOMPI/17-208 AC S8FJV6.1
#=GS A0A183DUU2_9BILA/303-362 AC A0A183DUU2.1
#=GS A0A663N3X1_ATHCN/608-808 AC A0A663N3X1.1
#=GS A0A163J6C1_ABSGL/753-952 AC A0A163J6C1.1
#=GS A0A5M6BW65_9TREE/739-928 AC A0A5M6BW65.1
#=GS A0A1S4EFA5_DIACI/652-829 AC A0A1S4EFA5.1
#=GS A0A8J0VG04_XENLA/644-840 AC A0A8J0VG04.1
#=GS A0A452QP59_URSAM/615-809 AC A0A452QP59.1
#=GS A0A8H4VGK5_9HYPO/726-914 AC A0A8H4VGK5.1
#=GS A0A1Y3B7D1_EURMA/624-804 AC A0A1Y3B7D1.1
#=GS A0A1S3IY18_LINUN/663-862 AC A0A1S3IY18.2
#=GS A0A7L1REI4_9PASS/618-818 AC A0A7L1REI4.1
#=GS A0A6I9I385_VICPA/645-844 AC A0A6I9I385.1
#=GS A0A2T0FHM8_9ASCO/716-891 AC A0A2T0FHM8.1
#=GS A0A6F9A2I4_9TELE/94-257 AC A0A6F9A2I4.1
#=GS A0A8C3R6V2_9PASS/612-812 AC A0A8C3R6V2.1
#=GS A0A8C4E932_DICLA/635-825 AC A0A8C4E932.2
#=GS A0A6P7Z362_9AMPH/647-846 AC A0A6P7Z362.1
#=GS V5HV58_BYSSN/726-913 AC V5HV58.1
#=GS A0A1W0WN69_HYPDU/629-790 AC A0A1W0WN69.1
#=GS A0A7L0GA48_HERCA/643-843 AC A0A7L0GA48.1
#=GS A0A7J6A247_AMEME/645-845 AC A0A7J6A247.1
#=GS A0A1E5RIM6_HANUV/733-918 AC A0A1E5RIM6.1
#=GS A0A096MU12_PAPAN/646-845 AC A0A096MU12.2
#=GS A0A8D2PJ10_ZOSLA/237-398 AC A0A8D2PJ10.1
#=GS A0A6P6E8R3_OCTDE/564-763 AC A0A6P6E8R3.1
#=GS A0A151ZBH7_TIELA/628-827 AC A0A151ZBH7.1
#=GS A0A7R5KYT5_9PASS/317-517 AC A0A7R5KYT5.1
#=GS A0A6J1ZK97_ACIJB/647-846 AC A0A6J1ZK97.1
#=GS A0A673GBV3_9TELE/645-838 AC A0A673GBV3.1
#=GS W2R4J2_PHYPN/687-894 AC W2R4J2.1
#=GS A0A093J766_FULGA/1-145 AC A0A093J766.1
#=GS A0A2J6Q5H5_9HELO/131-319 AC A0A2J6Q5H5.1
#=GS A0A507AFH3_9PEZI/729-915 AC A0A507AFH3.1
#=GS M1VUG2_CLAP2/725-913 AC M1VUG2.1
#=GS A0A8K1GX42_9PASS/643-843 AC A0A8K1GX42.1
#=GS A0A8C2UR65_CHILA/646-845 AC A0A8C2UR65.1
#=GS A0A8C5I5A4_9TELE/630-825 AC A0A8C5I5A4.1
#=GS A0A2K5V3D7_MACFA/646-845 AC A0A2K5V3D7.1
#=GS A0A337SIV3_FELCA/647-846 AC A0A337SIV3.2
#=GS A0A6P8S7H1_GEOSA/646-845 AC A0A6P8S7H1.1
#=GS A0A8C3V057_CATUS/640-735 AC A0A8C3V057.1
#=GS A0A7J8HY35_ROUAE/645-844 AC A0A7J8HY35.1
#=GS A0A443SQ31_9ACAR/652-829 AC A0A443SQ31.1
#=GS V8NTJ9_OPHHA/479-671 AC V8NTJ9.1
#=GS A0A1Y2BLM7_9TREE/127-316 AC A0A1Y2BLM7.1
#=GS A0A8C3KF63_9CHAR/646-845 AC A0A8C3KF63.1
#=GS A0A6P6JRI9_CARAU/646-845 AC A0A6P6JRI9.1
#=GS A0A2T9YKV1_9FUNG/778-952 AC A0A2T9YKV1.1
#=GS A0A425BV07_9PEZI/670-857 AC A0A425BV07.1
#=GS A0A6J2KYD4_9CHIR/646-845 AC A0A6J2KYD4.1
#=GS A0A8C3M886_GEOPR/644-828 AC A0A8C3M886.1
#=GS A0A5Q4C3K0_9PEZI/719-906 AC A0A5Q4C3K0.1
#=GS A0A8H2W2V4_9HELO/719-907 AC A0A8H2W2V4.1
#=GS A0A8C5C7C8_GADMO/616-812 AC A0A8C5C7C8.1
#=GS A0A8H7ZBJ7_AJECA/728-915 AC A0A8H7ZBJ7.1
#=GS A0A8C3AUI4_CYCLU/610-800 AC A0A8C3AUI4.1
#=GS A0A448YLG1_BRENA/880-943 AC A0A448YLG1.1
#=GS A0A4S2LKJ2_OPIFE/722-838 AC A0A4S2LKJ2.1
#=GS A0A1Q2YM50_9ASCO/690-834 AC A0A1Q2YM50.1
#=GS A0A7K5WWV7_9SYLV/618-818 AC A0A7K5WWV7.1
#=GS A0A8J2MYR2_COTCN/646-838 AC A0A8J2MYR2.1
#=GS A0A8C8MKE5_ONCTS/619-817 AC A0A8C8MKE5.1
#=GS A0A8M1GCP7_URSMA/436-635 AC A0A8M1GCP7.1
#=GS R1GSJ7_BOTPV/721-906 AC R1GSJ7.1
#=GS A0A7M7KD49_VARDE/563-728 AC A0A7M7KD49.1
#=GS A0A2A4JDR6_HELVI/791-981 AC A0A2A4JDR6.1
#=GS A0A3Q0GWU1_ALLSI/652-852 AC A0A3Q0GWU1.1
#=GS A0A1B8AC35_FUSPO/725-913 AC A0A1B8AC35.1
#=GS A0A553QUQ8_9TELE/646-815 AC A0A553QUQ8.1
#=GS A0A484CRR9_PERFV/641-831 AC A0A484CRR9.1
#=GS A0A671WK51_SPAAU/640-828 AC A0A671WK51.1
#=GS A0A0C9SPS4_PAXIN/716-908 AC A0A0C9SPS4.1
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