#=GF ID XRN1_D2_D3
#=GF AC PF18334.5
#=GF DE Exoribonuclease Xrn1 D2/D3 domain
#=GF AU El-Gebali S;0000-0003-1378-5495
#=GF SE ECOD:EUF00914
#=GF GA 21.80 21.80;
#=GF TC 21.80 21.80;
#=GF NC 21.70 21.70;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -Z 75585367 -E 1000 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Domain
#=GF CL CL0010
#=GF RN [1]
#=GF RM 21297639
#=GF RT Structural and biochemical studies of the 5'-->3'
#=GF RT exoribonuclease Xrn1.
#=GF RA Chang JH, Xiang S, Xiang K, Manley JL, Tong L;
#=GF RL Nat Struct Mol Biol. 2011;18:270-276.
#=GF DR INTERPRO; IPR041106;
#=GF DR SO; 0000417; polypeptide_domain;
#=GF CC This domain can be found in 5' to 3' exoribonuclease 1 (XRN1)
#=GF CC which belong to a family of conserved enzymes in eukaryotes and
#=GF CC have important functions in transcription, RNA metabolism, and
#=GF CC RNA interference. Xrn1 in fungi and animals is primarily
#=GF CC cytosolic, involved in degradation of decapped mRNAs, nonsense
#=GF CC mediated decay, microRNA decay and is essential for proper
#=GF CC development. The Xrn1 homolog in Drosophila, known as Pacman, is
#=GF CC required for male fertility [1]. This entry relates to domain 2
#=GF CC and 3 combined which can be found in the 510-residue C-terminal
#=GF CC extension found in XRN1 and not in XRN2/Rat1. Domain D2 is
#=GF CC formed by two stretches of Xrn1, residues 915-960 and 1134-1151.
#=GF CC The presence of domain (D3) is suggested based on structure.
#=GF CC This domain is formed by residues 979-1109, in the insert of
#=GF CC domain D2. It is suggested that domains D2-D4 may help maintain
#=GF CC domain D1 Pfam:PF18332 in the correct conformation, thereby
#=GF CC indirectly stabilising the conformation of the N-terminal
#=GF CC segment Pfam:PF03159 [1].
#=GF SQ 2373
#=GS A0A8C5MPG6_9ANUR/845-1078 AC A0A8C5MPG6.1
#=GS G0VD45_NAUCC/921-1148 AC G0VD45.1
#=GS A0A665V7G5_ECHNA/801-1034 AC A0A665V7G5.1
#=GS A0A7L2NB62_9PASS/846-1079 AC A0A7L2NB62.1
#=GS A0A5N6HWD4_9EURO/912-1135 AC A0A5N6HWD4.1
#=GS R1CTY6_EMIHU/14-107 AC R1CTY6.1
#=GS A0A8C7IXM9_ONCKI/844-1077 AC A0A8C7IXM9.1
#=GS A0A7K6AR51_UPUEP/846-1079 AC A0A7K6AR51.1
#=GS A0A8C5I5E4_9TELE/839-1070 AC A0A8C5I5E4.1
#=GS A0A8K1CCQ4_PYTOL/897-1012 AC A0A8K1CCQ4.1
#=GS A0A852L3I3_UROIN/821-1055 AC A0A852L3I3.1
#=GS A0A6P6E951_OCTDE/848-1081 AC A0A6P6E951.1
#=GS A0A0V1LTJ2_9BILA/864-1069 AC A0A0V1LTJ2.1
#=GS A0A507E5Q1_9FUNG/815-1046 AC A0A507E5Q1.1
#=GS A0A0C3BVU2_HEBCY/152-299 AC A0A0C3BVU2.1
#=GS A0A8U8C623_GEOPR/739-969 AC A0A8U8C623.1
#=GS D7FME4_ECTSI/432-544 AC D7FME4.1
#=GS F2UEL5_SALR5/862-1085 AC F2UEL5.1
#=GS A0A670Y3W8_PSETE/846-1079 AC A0A670Y3W8.1
#=GS A0A6I9K8D6_CHRAS/848-1081 AC A0A6I9K8D6.1
#=GS A0A0L6WQD9_9AGAR/962-1187 AC A0A0L6WQD9.1
#=GS A0A8H5G676_9AGAR/967-1193 AC A0A8H5G676.1
#=GS A0A3B0K7D2_DROGU/329-560 AC A0A3B0K7D2.1
#=GS A0A6P7TNA6_OCTVU/840-1068 AC A0A6P7TNA6.1
#=GS A0A5M3YNV7_ASPTE/911-1134 AC A0A5M3YNV7.1
#=GS A0A6P5BUQ4_BOSIN/848-1081 AC A0A6P5BUQ4.1
#=GS A0A7J8A3J5_MYOMY/848-1081 AC A0A7J8A3J5.1
#=GS H3GND3_PHYRM/899-1017 AC H3GND3.1
#=GS A0A6P3WU24_DINQU/837-1065 AC A0A6P3WU24.1
#=GS A0A8C7KGZ0_ONCKI/850-1081 AC A0A8C7KGZ0.1
#=GS A0A0C9WA82_9AGAM/133-276 AC A0A0C9WA82.1
#=GS A0A8C8ME06_ONCTS/844-1077 AC A0A8C8ME06.1
#=GS A0A8H8IPS4_9AGAM/1268-1491 AC A0A8H8IPS4.1
#=GS A0A8D2LEQ7_VARKO/846-1079 AC A0A8D2LEQ7.1
#=GS A0A1X2HUI9_SYNRA/313-546 AC A0A1X2HUI9.1
#=GS A0A093DUH1_TAUER/821-1054 AC A0A093DUH1.1
#=GS A0A384DG25_URSMA/848-1081 AC A0A384DG25.2
#=GS A0A8C9BKR8_PHOSS/847-1080 AC A0A8C9BKR8.1
#=GS Q2UA72_ASPOR/912-1135 AC Q2UA72.1
#=GS A0A7L3HE91_9PASS/846-991 AC A0A7L3HE91.1
#=GS A0A2J7QVG7_9NEOP/4-173 AC A0A2J7QVG7.1
#=GS A0A8C5SCD5_LATLA/794-1027 AC A0A8C5SCD5.1
#=GS C4XVV4_CLAL4/887-1108 AC C4XVV4.1
#=GS H2ZAS6_CIOSA/3-225 AC H2ZAS6.1
#=GS A0A6A4W2G3_AMPAM/960-1095 AC A0A6A4W2G3.1
#=GS A0A8C3AVK3_CYCLU/836-1069 AC A0A8C3AVK3.1
#=GS A0A0W8DQA7_PHYNI/862-978 AC A0A0W8DQA7.1
#=GS A0A6P5IWU4_PHACI/823-1056 AC A0A6P5IWU4.1
#=GS A0A6P5IZT2_PHACI/847-1080 AC A0A6P5IZT2.1
#=GS A0A3P8X5A2_CYNSE/839-1041 AC A0A3P8X5A2.1
#=GS A0A671WIW7_SPAAU/832-1063 AC A0A671WIW7.1
#=GS A0A6J3GQZ9_SAPAP/848-1081 AC A0A6J3GQZ9.1
#=GS A0A7K8QHM6_9PASS/846-1079 AC A0A7K8QHM6.1
#=GS A0A6J1ZLD9_ACIJB/668-901 AC A0A6J1ZLD9.1
#=GS A0A835SRV3_CHLIN/841-1089 AC A0A835SRV3.1
#=GS A0A6I9X7R5_9SAUR/846-942 AC A0A6I9X7R5.1
#=GS A0A8C0GM61_CHEAB/853-1086 AC A0A8C0GM61.1
#=GS A0A2K3DPK1_CHLRE/879-1126 AC A0A2K3DPK1.1
#=GS A0A669BQH5_ORENI/847-1080 AC A0A669BQH5.1
#=GS A0A7M7R7P2_APIME/833-1062 AC A0A7M7R7P2.1
#=GS A0A428TB95_9HYPO/906-1115 AC A0A428TB95.1
#=GS A0A8C9KRI8_SERCA/852-1085 AC A0A8C9KRI8.1
#=GS A0A395RZJ4_9HYPO/935-1160 AC A0A395RZJ4.1
#=GS A0A0A2JYU1_PENEN/909-1132 AC A0A0A2JYU1.1
#=GS A0A8N4QIC5_BACDO/811-1044 AC A0A8N4QIC5.1
#=GS A0A5C3PY10_9APHY/152-379 AC A0A5C3PY10.1
#=GS A0A0L6V6F6_9BASI/159-261 AC A0A0L6V6F6.1
#=GS A0A4U0W7M8_9BASI/1000-1226 AC A0A4U0W7M8.1
#=GS C4R4J6_KOMPG/934-1162 AC C4R4J6.1
#=GS A0A2V0NRI1_9CHLO/903-1076 AC A0A2V0NRI1.1
#=GS A0A674DJR4_SALTR/842-1073 AC A0A674DJR4.1
#=GS B0CZI7_LACBS/39-248 AC B0CZI7.1
#=GS A0A512ULM6_9ASCO/887-1108 AC A0A512ULM6.1
#=GS A0A383UV16_BLUHO/908-1133 AC A0A383UV16.1
#=GS A0A6G0Y751_APHCR/544-778 AC A0A6G0Y751.1
#=GS A0A0V1BWX3_TRISP/1270-1469 AC A0A0V1BWX3.1
#=GS A0A835CPA1_9HYME/807-1045 AC A0A835CPA1.1
#=GS A0A8H7U9W7_MORIS/941-1173 AC A0A8H7U9W7.1
#=GS A0A5N7AD65_9EURO/912-1135 AC A0A5N7AD65.1
#=GS A0A8V5HBT5_MELUD/847-1080 AC A0A8V5HBT5.1
#=GS A0A667HFY3_LYNCA/849-1082 AC A0A667HFY3.1
#=GS C1N1S8_MICPC/77-294 AC C1N1S8.1
#=GS A0A6I8W551_DROPS/808-1040 AC A0A6I8W551.1
#=GS L2G1Z4_COLFN/912-1137 AC L2G1Z4.1
#=GS A0A8C4W786_9SAUR/848-1081 AC A0A8C4W786.1
#=GS A0A833SJA9_PHYIN/683-798 AC A0A833SJA9.1
#=GS A0A0D2X383_CAPO3/852-1089 AC A0A0D2X383.1
#=GS A0A2K5JHP2_COLAP/848-1081 AC A0A2K5JHP2.1
#=GS A0A8H5FFF4_9AGAR/922-1148 AC A0A8H5FFF4.1
#=GS A0A4D9DY50_9SAUR/848-1081 AC A0A4D9DY50.1
#=GS A0A8B9I6E0_9AVES/842-1075 AC A0A8B9I6E0.1
#=GS K5V723_PHACS/132-359 AC K5V723.1
#=GS A0A5N5P7P1_9PEZI/911-1136 AC A0A5N5P7P1.1
#=GS A0A6P8T7V4_GYMAC/838-1071 AC A0A6P8T7V4.1
#=GS F8PXM3_SERL3/1-73 AC F8PXM3.1
#=GS A0A8C4V4N2_FALTI/846-1079 AC A0A8C4V4N2.1
#=GS A0A427XGR0_9TREE/953-1181 AC A0A427XGR0.1
#=GS A0A7K6YSA5_ALCTO/847-1080 AC A0A7K6YSA5.1
#=GS A0A8B9DYK4_ANSCY/845-1078 AC A0A8B9DYK4.1
#=GS A0A091VEU1_NIPNI/822-1055 AC A0A091VEU1.1
#=GS A0A8H5YEC8_9HYPO/886-1111 AC A0A8H5YEC8.1
#=GS A0A3R7MJ20_PENVA/848-1085 AC A0A3R7MJ20.1
#=GS A0A8B9ZAT4_9AVES/823-1056 AC A0A8B9ZAT4.1
#=GS A0A507F4B3_9FUNG/986-1228 AC A0A507F4B3.1
#=GS A0A0D7A763_9AGAR/167-396 AC A0A0D7A763.1
#=GS A0A6I9K8H4_CHRAS/848-1081 AC A0A6I9K8H4.1
#=GS A0A7K7LMR6_9AVES/820-1053 AC A0A7K7LMR6.1
#=GS G2Y3L6_BOTF4/910-1129 AC G2Y3L6.1
#=GS A0A6Q2YNP3_ESOLU/779-1012 AC A0A6Q2YNP3.1
#=GS E3MMY7_CAERE/905-1147 AC E3MMY7.1
#=GS A0A3Q1CJI1_AMPOC/828-1061 AC A0A3Q1CJI1.1
#=GS A0A6P6H2G3_PUMCO/849-1082 AC A0A6P6H2G3.1
#=GS A0A7N6A948_ANATE/834-1067 AC A0A7N6A948.1
#=GS A0A1S9DS30_ASPOZ/912-1135 AC A0A1S9DS30.1
#=GS A0A6I8W576_DROPS/808-1040 AC A0A6I8W576.1
#=GS G1N3Q8_MELGA/701-934 AC G1N3Q8.3
#=GS A0A8D0DSF3_SALMN/846-1079 AC A0A8D0DSF3.1
#=GS A0A4V5P7C6_MONMO/798-1017 AC A0A4V5P7C6.1
#=GS A0A2G5V6S8_9PELO/896-1148 AC A0A2G5V6S8.1
#=GS A0A8C9LER9_PAVCR/744-792 AC A0A8C9LER9.1
#=GS A0A4Z0Z2F7_9PEZI/916-1141 AC A0A4Z0Z2F7.1
#=GS A0A8B6FS99_MYTGA/712-945 AC A0A8B6FS99.1
#=GS A0A7R5KYT0_9PASS/846-1079 AC A0A7R5KYT0.1
#=GS A0A016T2N4_9BILA/175-333 AC A0A016T2N4.1
#=GS A0A0W8DQA7_PHYNI/1017-1133 AC A0A0W8DQA7.1
#=GS A0A7L3KCC7_9PASS/821-1054 AC A0A7L3KCC7.1
#=GS A0A0V1LSV3_9BILA/847-1022 AC A0A0V1LSV3.1
#=GS A0A4Z2DWS1_SCHJA/883-1018 AC A0A4Z2DWS1.1
#=GS A0A395RQP7_FUSSP/918-1143 AC A0A395RQP7.1
#=GS A0A3M6UJ11_POCDA/850-1080 AC A0A3M6UJ11.1
#=GS A0A2S4L446_9HYPO/883-1108 AC A0A2S4L446.1
#=GS A0A6A4X092_AMPAM/843-940 AC A0A6A4X092.1
#=GS A0A8H5CWE9_9AGAR/1011-1236 AC A0A8H5CWE9.1
#=GS K3W9G5_GLOUD/666-781 AC K3W9G5.1
#=GS D3BCJ3_POLPP/316-545 AC D3BCJ3.1
#=GS A0A8H3J758_9LECA/912-1135 AC A0A8H3J758.1
#=GS A0A6I8N8P1_ORNAN/847-1080 AC A0A6I8N8P1.1
#=GS A0A0F4YPA7_TALEM/911-1134 AC A0A0F4YPA7.1
#=GS A8P3K5_COPC7/957-1183 AC A8P3K5.2
#=GS A0A4Y9Y6J5_9APHY/914-1119 AC A0A4Y9Y6J5.1
#=GS A0A168EPA8_CORFA/919-1144 AC A0A168EPA8.1
#=GS A0A8J8XIX0_CALJA/848-1081 AC A0A8J8XIX0.1
#=GS A0A671RZ61_9TELE/842-1074 AC A0A671RZ61.1
#=GS A0A8C3AUI4_CYCLU/809-1037 AC A0A8C3AUI4.1
#=GS A0A0M9WKF1_9EURO/909-1132 AC A0A0M9WKF1.1
#=GS A0A166J9X6_9AGAM/1092-1317 AC A0A166J9X6.1
#=GS A0A0V1NQ81_9BILA/863-1074 AC A0A0V1NQ81.1
#=GS E3QFY4_COLGM/910-1135 AC E3QFY4.1
#=GS A0A428NNP5_9HYPO/916-1141 AC A0A428NNP5.1
#=GS A0A3B0KX78_DROGU/806-1037 AC A0A3B0KX78.1
#=GS A0A2H0ZHN5_CANAR/922-1144 AC A0A2H0ZHN5.1
#=GS A0A669E6P6_ORENI/803-1036 AC A0A669E6P6.1
#=GS A0A2Y9P4V0_DELLE/848-1081 AC A0A2Y9P4V0.1
#=GS A4HSR7_LEIIN/986-1104 AC A4HSR7.2
#=GS A0A8C4XU65_FALTI/738-963 AC A0A8C4XU65.1
#=GS A0A4U0XTN2_9PEZI/50-273 AC A0A4U0XTN2.1
#=GS A0A4T0J2Z4_WALIC/933-1159 AC A0A4T0J2Z4.1
#=GS M4BVC6_HYAAE/998-1116 AC M4BVC6.1
#=GS A0A8C6HE03_MUSSI/740-967 AC A0A8C6HE03.1
#=GS A0A8C6MKL6_NOTFU/847-1080 AC A0A8C6MKL6.1
#=GS A0A2C5Y9Y8_9HYPO/928-1153 AC A0A2C5Y9Y8.1
#=GS J3P0Q6_GAET3/912-1138 AC J3P0Q6.1
#=GS A0A0D0BS23_9AGAR/218-446 AC A0A0D0BS23.1
#=GS S8A7I2_DACHA/912-1136 AC S8A7I2.1
#=GS H2KPE1_CLOSI/1084-1214 AC H2KPE1.1
#=GS A0A3Q7PTQ0_CALUR/847-1080 AC A0A3Q7PTQ0.1
#=GS W2R4J2_PHYPN/1053-1169 AC W2R4J2.1
#=GS A0A162J664_METRR/918-1143 AC A0A162J664.1
#=GS A0A369GFP4_9HYPO/921-1146 AC A0A369GFP4.1
#=GS A0A315VSD5_GAMAF/853-1086 AC A0A315VSD5.1
#=GS A0A8C4ATS4_9TELE/838-1071 AC A0A8C4ATS4.1
#=GS A0A4W3HZI6_CALMI/792-1025 AC A0A4W3HZI6.1
#=GS A0A482W2X0_9CUCU/833-1061 AC A0A482W2X0.1
#=GS A0A8C4QBH2_EPTBU/448-677 AC A0A8C4QBH2.1
#=GS A0A6I9I385_VICPA/847-1080 AC A0A6I9I385.1
#=GS A0A5C5FZT4_9BASI/975-1203 AC A0A5C5FZT4.1
#=GS A0A8D2LCY3_VARKO/846-1079 AC A0A8D2LCY3.1
#=GS A0A1V1SW03_9FUNG/913-1138 AC A0A1V1SW03.1
#=GS A0A1V4K3R2_PATFA/846-1079 AC A0A1V4K3R2.1
#=GS S2JMG4_MUCC1/920-1151 AC S2JMG4.1
#=GS W3WSJ9_PESFW/957-1186 AC W3WSJ9.1
#=GS A0A6J0A2W0_ACIJB/849-1082 AC A0A6J0A2W0.1
#=GS A0A8H8RSE2_9HELO/1-93 AC A0A8H8RSE2.1
#=GS A0A0L6UIM5_9BASI/25-72 AC A0A0L6UIM5.1
#=GS A0A674K4D4_TERCA/848-1081 AC A0A674K4D4.1
#=GS W4G3K4_APHAT/1006-1118 AC W4G3K4.1
#=GS A0A7L0N2I4_9PASS/820-1053 AC A0A7L0N2I4.1
#=GS W2R4J2_PHYPN/898-1014 AC W2R4J2.1
#=GS A0A834NB62_VESGE/857-1082 AC A0A834NB62.1
#=GS A0A4Y8DKD2_9HELO/911-1130 AC A0A4Y8DKD2.1
#=GS A0A8C8B0Y9_9STRI/846-1079 AC A0A8C8B0Y9.1
#=GS A0A151ZBH7_TIELA/831-1073 AC A0A151ZBH7.1
#=GS A0A8H4WZL3_9HYPO/924-1149 AC A0A8H4WZL3.1
#=GS A0A6J3DIQ2_AYTFU/845-1078 AC A0A6J3DIQ2.1
#=GS A0A0V0RLS5_9BILA/1290-1491 AC A0A0V0RLS5.1
#=GS A0A0D1YV44_9EURO/912-1137 AC A0A0D1YV44.1
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