#=GF ID YfbR-like
#=GF AC PF12917.11
#=GF DE 5'-deoxynucleotidase YfbR-like
#=GF PI HD_1; HD_2;
#=GF AU Coggill P;0000-0001-5731-1588
#=GF SE JCSG_target_394139
#=GF GA 25.90 25.90;
#=GF TC 25.90 25.90;
#=GF NC 25.80 25.80;
#=GF BM hmmbuild HMM.ann SEED.ann
#=GF SM hmmsearch -E 1000 -Z 75585367 --cpu 4 HMM pfamseq
#=GF TP Family
#=GF CL CL0237
#=GF RN [1]
#=GF RM 17827303
#=GF RT The deoxycytidine pathway for thymidylate synthesis in
#=GF RT Escherichia coli.
#=GF RA Weiss B;
#=GF RL J Bacteriol. 2007;189:7922-7926.
#=GF RN [2]
#=GF RM 15489502
#=GF RT General enzymatic screens identify three new nucleotidases in
#=GF RT Escherichia coli. Biochemical characterization of SurE, YfbR,
#=GF RT and YjjG.
#=GF RA Proudfoot M, Kuznetsova E, Brown G, Rao NN, Kitagawa M, Mori H,
#=GF RA Savchenko A, Yakunin AF;
#=GF RL J Biol Chem. 2004;279:54687-54694.
#=GF RN [3]
#=GF RM 15808744
#=GF RT Enzyme genomics: Application of general enzymatic screens to
#=GF RT discover new enzymes.
#=GF RA Kuznetsova E, Proudfoot M, Sanders SA, Reinking J, Savchenko A,
#=GF RA Arrowsmith CH, Edwards AM, Yakunin AF;
#=GF RL FEMS Microbiol Rev. 2005;29:263-279.
#=GF RN [4]
#=GF RM 18353368
#=GF RT Structural insight into the mechanism of substrate specificity
#=GF RT and catalytic activity of an HD-domain phosphohydrolase: the
#=GF RT 5'-deoxyribonucleotidase YfbR from Escherichia coli.
#=GF RA Zimmerman MD, Proudfoot M, Yakunin A, Minor W;
#=GF RL J Mol Biol. 2008;378:215-226.
#=GF RN [5]
#=GF RM 33926954
#=GF RT A widespread pathway for substitution of adenine by
#=GF RT diaminopurine in phage genomes.
#=GF RA Zhou Y, Xu X, Wei Y, Cheng Y, Guo Y, Khudyakov I, Liu F, He P,
#=GF RA Song Z, Li Z, Gao Y, Ang EL, Zhao H, Zhang Y, Zhao S;
#=GF RL Science. 2021;372:512-516.
#=GF DR SO; 0100021; polypeptide_conserved_region;
#=GF CC This entry contains Escherichia coli (strain K12) YfbR. It a
#=GF CC 5'-deoxynucleotidase that functions as a dCMP phosphohydrolase
#=GF CC in a salvage pathway for the synthesis of dUMP in a dcd/deoA
#=GF CC mutant [1]. YfbR contains a conserved HD domain [2]. YfbR has
#=GF CC phosphatase activity with deoxyribonucleoside 5'-monophosphates
#=GF CC and does not hydrolyze ribonucleotides or deoxyribonucloside
#=GF CC 3'-monophosphates [2,3]. Crystal structures of YfbR have been
#=GF CC solved, it was suggested that the biological unit is a dimer
#=GF CC [4]. This family also includes phage HD domain-containing
#=GF CC hydrolase-like enzymes, such as A0A2H5BHG9 and A0A2L0V156 from
#=GF CC Acinetobacter phage SH-Ab15497 [5], which are associated with
#=GF CC PurZ, an enzyme that catalyses the synthesis of diaminopurine
#=GF CC (Z), a DNA modification that gives phages an advantage for
#=GF CC evading host restriction enzymes activity. They have
#=GF CC 2'-deoxyadenine 5'-triphosphate triphosphohydrolase (dATPase)
#=GF CC activity and catalyse the hydrolysis of 2'-deoxyadenine
#=GF CC 5'-triphosphate dATP to 2'-deoxyadenine (dA) and triphosphate.
#=GF CC These enzymes are highly specific for dATP and also catalyse the
#=GF CC hydrolysis of dADP and dAMP into dA, releasing pyrophosphate and
#=GF CC phosphate, respectively. Thus, these dATPases facilitate the
#=GF CC synthesis of Z-genome synthesis removing dATP and dADP from the
#=GF CC nucleotide pool of the host [5].
#=GF SQ 1500
#=GS A0A0R2INH3_9LACO/5-189 AC A0A0R2INH3.1
#=GS A0A1Y4TFV9_9FIRM/5-187 AC A0A1Y4TFV9.1
#=GS A0A346NLF7_9ALTE/6-187 AC A0A346NLF7.1
#=GS A0A2M8S5Q7_9PAST/8-189 AC A0A2M8S5Q7.1
#=GS A0A4P6JTD8_9CHLR/26-130 AC A0A4P6JTD8.1
#=GS A0A1W2A511_9FIRM/4-183 AC A0A1W2A511.1
#=GS A0A369BMX4_9BACL/4-190 AC A0A369BMX4.1
#=GS A0A1M5ZGD2_9GAMM/4-188 AC A0A1M5ZGD2.1
#=GS A0A7G7NBK4_9CAUD/46-167 AC A0A7G7NBK4.1
#=GS I2F368_9BACT/7-177 AC I2F368.1
#=GS A0A4R5ULA2_9HYPH/21-145 AC A0A4R5ULA2.1
#=GS A0A411PM90_9GAMM/5-188 AC A0A411PM90.1
#=GS A0A8J7UJS7_9HYPH/35-195 AC A0A8J7UJS7.1
#=GS A0A1T4W2Z3_9FIRM/13-194 AC A0A1T4W2Z3.1
#=GS U7UEP6_9FIRM/4-184 AC U7UEP6.1
#=GS A0A0U3FI08_9HYPH/35-167 AC A0A0U3FI08.1
#=GS R7FSL2_9FIRM/4-183 AC R7FSL2.1
#=GS A0A0M0G1K6_9BACI/5-189 AC A0A0M0G1K6.1
#=GS R7NCW2_9FIRM/5-186 AC R7NCW2.1
#=GS A0A5B8TBF3_LEULA/5-189 AC A0A5B8TBF3.1
#=GS R7CS54_9FIRM/4-184 AC R7CS54.1
#=GS A0A377KLR6_9ENTE/5-189 AC A0A377KLR6.1
#=GS A0A3A9FMH1_9BACT/4-177 AC A0A3A9FMH1.1
#=GS A0A0B0I6L3_9BACL/4-188 AC A0A0B0I6L3.1
#=GS A0A1H0AS83_9FIRM/3-184 AC A0A1H0AS83.1
#=GS A0A8J6PBB6_9FIRM/4-185 AC A0A8J6PBB6.1
#=GS A0A3B0CIL0_9BACL/5-188 AC A0A3B0CIL0.1
#=GS A0A4V2RS80_9GAMM/3-184 AC A0A4V2RS80.1
#=GS A0A1H9QLK2_9LACT/5-189 AC A0A1H9QLK2.1
#=GS A0A1W6JP41_9CAUD/37-133 AC A0A1W6JP41.1
#=GS A0A3M8P8Z0_9BACL/5-189 AC A0A3M8P8Z0.1
#=GS U3ABZ6_9VIBR/5-186 AC U3ABZ6.1
#=GS A0A2T6BXK0_9BACL/3-182 AC A0A2T6BXK0.1
#=GS A0A8J5D7N9_9CHEL/197-322 AC A0A8J5D7N9.1
#=GS A0A011UG38_RUMAL/3-184 AC A0A011UG38.1
#=GS A0A2A2GVE8_9GAMM/3-184 AC A0A2A2GVE8.1
#=GS C4GCF7_9FIRM/9-194 AC C4GCF7.1
#=GS A0A1S1V6S1_9FIRM/5-187 AC A0A1S1V6S1.1
#=GS A0A663B9P4_9ENTR/5-186 AC A0A663B9P4.1
#=GS A0A069DK81_9BACL/5-188 AC A0A069DK81.1
#=GS G9YXI5_FLAPL/8-188 AC G9YXI5.1
#=GS A0A553KZH7_9ALTE/9-190 AC A0A553KZH7.1
#=GS A0A3N2DYU0_9GAMM/4-185 AC A0A3N2DYU0.1
#=GS A0A5Q2QBT9_9GAMM/14-169 AC A0A5Q2QBT9.1
#=GS A0A509D451_9ENTR/5-31 AC A0A509D451.1
#=GS A0A097R482_HAFAL/7-188 AC A0A097R482.1
#=GS R5ENI4_9CLOT/17-198 AC R5ENI4.1
#=GS A0A0B0I4X1_9BACL/5-131 AC A0A0B0I4X1.1
#=GS A0A1I4P219_9BACL/5-188 AC A0A1I4P219.1
#=GS A0A080K6S7_9GAMM/13-93 AC A0A080K6S7.1
#=GS A0A3P7NU64_9FIRM/6-187 AC A0A3P7NU64.1
#=GS A0A3T0IHI9_9CAUD/6-129 AC A0A3T0IHI9.1
#=GS A0A553FGH3_9GAMM/4-187 AC A0A553FGH3.1
#=GS C6XRJ8_HIRBI/70-201 AC C6XRJ8.1
#=GS A0A2I8Q333_9ENTR/5-186 AC A0A2I8Q333.1
#=GS A0A6N7ZTC4_9HYPH/36-166 AC A0A6N7ZTC4.1
#=GS A0A1H7GB22_9FIRM/1-178 AC A0A1H7GB22.1
#=GS A0A0R2G016_9LACO/5-189 AC A0A0R2G016.1
#=GS A0A080KHJ9_9GAMM/5-186 AC A0A080KHJ9.1
#=GS A0A521DKC9_9RHOB/31-162 AC A0A521DKC9.1
#=GS Q3SP32_NITWN/36-159 AC Q3SP32.1
#=GS A0A3G3JTC9_9BACL/4-185 AC A0A3G3JTC9.1
#=GS R5AXW2_9FIRM/4-184 AC R5AXW2.1
#=GS R6C880_9FIRM/4-185 AC R6C880.1
#=GS A0A084UC91_9HYPH/32-158 AC A0A084UC91.1
#=GS A0A1G7SU27_9BACL/5-188 AC A0A1G7SU27.1
#=GS A0A2S5AJ61_9PAST/10-191 AC A0A2S5AJ61.1
#=GS A0A6I1FEW9_9BACI/5-189 AC A0A6I1FEW9.1
#=GS A0A8J3II40_9CHLR/26-137 AC A0A8J3II40.1
#=GS A0A1C0Y8N2_9BACL/5-189 AC A0A1C0Y8N2.1
#=GS A0A1Y5S5T9_9RHOB/30-176 AC A0A1Y5S5T9.1
#=GS A0A7T0NYP8_9GAMM/9-190 AC A0A7T0NYP8.1
#=GS A0A0F4HD38_LIMFE/5-189 AC A0A0F4HD38.1
#=GS A0A0S3PSZ7_9BRAD/34-164 AC A0A0S3PSZ7.1
#=GS A0A1G6IBZ3_9BACL/3-182 AC A0A1G6IBZ3.1
#=GS A0A1Y4M2Q6_9FIRM/4-183 AC A0A1Y4M2Q6.1
#=GS A0A1M5UBK0_9GAMM/11-194 AC A0A1M5UBK0.1
#=GS A0A239PZ83_9PROT/44-168 AC A0A239PZ83.1
#=GS A0A3T1CZK7_9BACL/5-188 AC A0A3T1CZK7.1
#=GS A0A2N5XL08_9HYPH/35-160 AC A0A2N5XL08.1
#=GS I2F368_9BACT/189-371 AC I2F368.1
#=GS A0A433R9W3_9BACL/4-185 AC A0A433R9W3.1
#=GS DATPH_BPVC8/4-86 AC G3FFN4.1
#=GS A0A1Y5JUJ0_9BACL/5-184 AC A0A1Y5JUJ0.1
#=GS A0A7W9FL17_9HYPH/28-156 AC A0A7W9FL17.1
#=GS A0A1H0TQR2_9HYPH/39-164 AC A0A1H0TQR2.1
#=GS A0A8J6M5W1_9FIRM/4-183 AC A0A8J6M5W1.1
#=GS A0A4Q0VMJ5_9LACO/5-189 AC A0A4Q0VMJ5.1
#=GS B4R9M4_PHEZH/40-162 AC B4R9M4.1
#=GS A0A1V2DUF7_9GAMM/7-188 AC A0A1V2DUF7.1
#=GS R6D149_9FIRM/3-182 AC R6D149.1
#=GS A0A1H4DQE8_9FIRM/5-191 AC A0A1H4DQE8.1
#=GS A0A1G5UXJ2_9FIRM/3-183 AC A0A1G5UXJ2.1
#=GS A0A0R1HRQ5_9LACO/5-189 AC A0A0R1HRQ5.1
#=GS A0A7Z2VIM9_9BACL/4-185 AC A0A7Z2VIM9.1
#=GS A0A7X2L463_9BACL/5-188 AC A0A7X2L463.1
#=GS J6CR00_PASMD/11-116 AC J6CR00.1
#=GS A0A0Q7J7C2_9BACL/4-183 AC A0A0Q7J7C2.1
#=GS A0A1G9MPE1_9PROT/38-197 AC A0A1G9MPE1.1
#=GS I7KMF7_9LACO/5-190 AC I7KMF7.1
#=GS A0A085F5Z4_9HYPH/37-164 AC A0A085F5Z4.1
#=GS B0PAF1_9FIRM/5-178 AC B0PAF1.1
#=GS A0A8B2NWH9_9HYPH/21-145 AC A0A8B2NWH9.1
#=GS A0A318B0M0_9CAUL/37-161 AC A0A318B0M0.1
#=GS A0A3D8M4F0_9ALTE/7-190 AC A0A3D8M4F0.1
#=GS A0A1Y0I155_9GAMM/4-178 AC A0A1Y0I155.1
#=GS W1EHD8_KLEPN/5-186 AC W1EHD8.1
#=GS A0A328U011_9BACL/5-188 AC A0A328U011.1
#=GS A0A285NB15_9HYPH/34-154 AC A0A285NB15.1
#=GS D2TH30_CITRI/5-186 AC D2TH30.1
#=GS A0A163WRS9_9HYPH/35-168 AC A0A163WRS9.1
#=GS A0A177LAU3_9BACI/5-189 AC A0A177LAU3.1
#=GS E9SAY2_RUMAL/3-184 AC E9SAY2.1
#=GS A0A328BNG8_9CAUL/23-150 AC A0A328BNG8.1
#=GS C9P5L4_VIBME/5-186 AC C9P5L4.1
#=GS E0RYQ3_BUTPB/4-189 AC E0RYQ3.1
#=GS A0A0Q3TGE7_9BACI/5-189 AC A0A0Q3TGE7.1
#=GS A0A4U1BSF3_9GAMM/4-183 AC A0A4U1BSF3.1
#=GS R7IF87_9FIRM/4-183 AC R7IF87.1
#=GS A0A0D7EVU8_RHOPL/39-157 AC A0A0D7EVU8.1
#=GS A1AMX5_PELPD/12-192 AC A1AMX5.1
#=GS R6T9Z2_9FIRM/3-182 AC R6T9Z2.1
#=GS A0A179ETG6_ENTTH/5-189 AC A0A179ETG6.1
#=GS A0A399RB41_9PROT/22-164 AC A0A399RB41.1
#=GS E1VPN8_9GAMM/3-184 AC E1VPN8.1
#=GS A0A8J6QHZ1_9GAMM/6-189 AC A0A8J6QHZ1.1
#=GS E6U8D5_ETHHY/4-185 AC E6U8D5.1
#=GS A0A1B1ALE7_9PROT/43-131 AC A0A1B1ALE7.1
#=GS A0A291B9X4_9GAMM/7-188 AC A0A291B9X4.1
#=GS A0A0J8GR12_9ALTE/6-187 AC A0A0J8GR12.1
#=GS F9RFL2_VIBSN/5-186 AC F9RFL2.1
#=GS W6VUD3_RHIS8/34-192 AC W6VUD3.1
#=GS A0A0B4REF6_9BACL/5-189 AC A0A0B4REF6.1
#=GS B7ICZ1_THEAB/169-346 AC B7ICZ1.1
#=GS A0A0A6Y2F3_9BACI/5-189 AC A0A0A6Y2F3.1
#=GS R6TF06_9FIRM/5-186 AC R6TF06.1
#=GS A0A7S8HB37_9HYPH/35-165 AC A0A7S8HB37.1
#=GS Q2G277_STAA8/5-189 AC Q2G277.1
#=GS A0A4Y8V5C5_9GAMM/8-189 AC A0A4Y8V5C5.1
#=GS A0A074LXT9_9BACL/5-189 AC A0A074LXT9.1
#=GS A0A1X1MSC6_9VIBR/10-191 AC A0A1X1MSC6.1
#=GS A0A5R9LGV6_9ENTR/5-186 AC A0A5R9LGV6.1
#=GS A0A3G9IIE2_9BACL/6-196 AC A0A3G9IIE2.1
#=GS A0A553AVY1_9RHOB/36-178 AC A0A553AVY1.1
#=GS A0A653BWQ1_CALMS/5-162 AC A0A653BWQ1.1
#=GS E1QYM4_OLSUV/6-193 AC E1QYM4.1
#=GS A0A3N5Y154_9ALTE/5-188 AC A0A3N5Y154.1
#=GS I3Y5Z1_THIV6/34-192 AC I3Y5Z1.1
#=GS A0A0J8YTQ1_9GAMM/6-189 AC A0A0J8YTQ1.1
#=GS A8FVT1_SHESH/3-184 AC A8FVT1.1
#=GS A0A1I0BQ99_THASX/4-187 AC A0A1I0BQ99.1
#=GS A0A0R1N582_9LACO/5-189 AC A0A0R1N582.1
#=GS A0A485ATU4_KLUCR/1-80 AC A0A485ATU4.1
#=GS A0A1Y5U5M3_9PROT/33-151 AC A0A1Y5U5M3.1
#=GS A1B5S3_PARDP/32-157 AC A1B5S3.1
#=GS A0A0B5AVR0_9BACL/5-189 AC A0A0B5AVR0.1
#=GS E0SKI9_DICD3/5-186 AC E0SKI9.1
#=GS A0A398D250_9BACL/5-188 AC A0A398D250.1
#=GS A0A0U2W627_9BACL/4-186 AC A0A0U2W627.1
#=GS R5VWW5_9DELT/3-182 AC R5VWW5.1
#=GS A0A0C2DNQ8_9STAP/5-189 AC A0A0C2DNQ8.1
#=GS A0A1I0AIR7_9BACL/4-190 AC A0A1I0AIR7.1
#=GS A0A368NSM1_9GAMM/6-187 AC A0A368NSM1.1
#=GS A0A1E5E4A0_9VIBR/8-189 AC A0A1E5E4A0.1
#=GS A0A0F7HHC6_SERFO/5-186 AC A0A0F7HHC6.1
#=GS A0A430A111_9ENTE/5-189 AC A0A430A111.1
#=GS A0A7W5B4L5_9BACL/4-196 AC A0A7W5B4L5.1
#=GS A0A410Q6W7_9FIRM/3-186 AC A0A410Q6W7.1
#=GS A0A545U4J7_9GAMM/14-195 AC A0A545U4J7.1
#=GS A0A2U3AQ34_9BACL/5-189 AC A0A2U3AQ34.1
#=GS 5DNU_CITK8/5-186 AC A8ADU7.1
#=GS Q03GX9_PEDPA/5-189 AC Q03GX9.1
#=GS A0A4P6ETR5_9BACL/190-372 AC A0A4P6ETR5.1
#=GS A0A2K9DY74_9FIRM/13-192 AC A0A2K9DY74.1
#=GS A0A3S1B4C3_9BACL/4-186 AC A0A3S1B4C3.1
#=GS A0A090SRM3_9VIBR/5-68 AC A0A090SRM3.1
#=GS G2TQ38_WEICA/5-189 AC G2TQ38.1
#=GS A0A1R1C9Z6_9BACL/5-188 AC A0A1R1C9Z6.1
#=GS A0A7W6MKC0_9HYPH/39-159 AC A0A7W6MKC0.1
#=GS A0A6G8ANM1_9ENTE/5-189 AC A0A6G8ANM1.1
#=GS A0A662ZFJ8_9GAMM/4-187 AC A0A662ZFJ8.1
#=GS A0A0U2WRV9_9BACL/4-191 AC A0A0U2WRV9.1
#=GS A0A5C6S092_9RHOB/33-115 AC A0A5C6S092.1
#=GS A0A398CI10_9BACL/4-185 AC A0A398CI10.1
#=GS A0A1B8W435_9BACI/5-188 AC A0A1B8W435.1
#=GS A0A0R1S0S6_9LACO/5-190 AC A0A0R1S0S6.1
#=GS A0A366E8N9_9HYPH/38-157 AC A0A366E8N9.1
#=GS X4ZG33_9BACL/5-188 AC X4ZG33.1
#=GS C9A4G7_ENTCA/5-189 AC C9A4G7.2
#=GS A0A2M8GVM4_9VIBR/7-190 AC A0A2M8GVM4.1
#=GS A0A090T5R0_9VIBR/5-186 AC A0A090T5R0.1
#=GS A0A1I1DRI7_9FIRM/4-189 AC A0A1I1DRI7.1
#=GS A0A1I7HJR5_9CLOT/6-189 AC A0A1I7HJR5.1
#=GS A0A4S5JCT8_9HYPH/31-188 AC A0A4S5JCT8.1
#=GS A0A859RSC8_9ENTR/7-184 AC A0A859RSC8.1
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