DBGET/LinkDB: ゲノムネット統合データベース検索システム

DBGET は世界中に存在する分子生物学データベースのウェブを対象とした統合データベースシステムです。上のサーチボックスを含め、ゲノムネットや KEGG のバックボーンシステムとして利用されています。分子生物学データのウェブは、各データベースのエントリー（ページ）をノードとし、エントリー間の参照情報をエッジ（リンク）とした膨大なグラフです。各データベースエントリーはデータベース名とエントリー名（またはアクセッション番号）のペアで指定され、これは一般には対応するページのURLに変換することができます。このような名前空間を考え、名前同士のつながりを蓄積したのが LinkDB データベースです。

DBGET サーチ

LinkDB サーチ

英文ドキュメント    How to use DBGET    URLs for making DBGET queries

リリース情報    データベースリリース情報（日々更新）    主要データベースの増加図（金久研作成）（1982年より）

2007年4月より文部科学省統合データベースプロジェクトの支援を受け、日本語支援環境の整備を行い、LinkDB の拡張と新たな検索システムの開発を行っています。また、ゲノムネット化合物データベースとして、化合物に関する様々なデータベースの統合化を進めています。これまでに以下のデータベースが DBGET/LinkDB システムに組み込まれています。

ゲノムネット化合物データベース

区分	データベース	内容
化学構造	PubChem	化合物全般
	ChEBI	化合物オントロジー
	KEGG COMPOUND	代謝化合物、生体外化合物
	LIPIDMAPS	脂質
	KNApSAcK	植物二次代謝化合物
	KEGG DRUG	医薬品
	KEGG GLYCAN	糖鎖
立体構造	PDBeChem	低分子立体構造
	3DMET	代謝化合物立体構造モデル
	LigandBox	医薬品立体構造モデル
化学反応	KEGG REACTION	生体内化学反応
	KEGG RCLASS	反応パターン